При непосредственном участии Яна Карловича, как писал в конце 1950-х годов начальник 4-го управления ГРУ Н. Ляхтеров, «создавались легализационные резидентуры, которые помогали нелегальным разведчикам обустраиваться в странах назначения. Через эти резидентуры разведчики обеспечивались необходимыми документами, материальными средствами, оперативной техникой». Системой таких пунктов, которая называлась Мобилизационная сеть коммерческих предприятий Разведупра за рубежом, долгие годы руководил С. Мрочковский. Н. Звонарева, будучи секретарем начальника Управления, не раз встречалась с ним. «П.И. Берзина, как я уже говорила, окружали талантливые помощники и сотрудники. К каждому из них он относился по-отцовски внимательно и строго. Особенно бережно он относился к С.И. Мрочковскому — выдающемуся разведчику-нелегалу. Когда поступало сообщение об его приезде в Москву (примерно раз в год), Берзин вызывал меня и предупреждал: “Проследи, чтобы лишние люди не встречались с ним. В комнату, где он будет работать, пропускать только сотрудников, с которыми он связан по службе…” Стефан Иосифович приезжал рано утром, неизменно говорил мне: “Наташа, милая, здравствуйте”, — и проходил в комнату секретариата, в которой стояло два сейфа с его документами. Высокий, худощавый, с откинутыми назад пышными волосами, в прекрасно сидящем на нем костюме, он выглядел истинным западным коммерсантом. Поздно вечером он обычно заходил в кабинет Павла Ивановича, где они еще долго обсуждали служебные проблемы или просто беседовали. Мрочковский добывал ценнейшую информацию и снабжал управление крупными суммами валюты. Как-то, проводив его, Павел Иванович сказал: “Ты не представляешь, Наташа, какую помощь оказывает нам Стефан Иосифович. Не знаю, как бы мы обходились без него”… Берзин учил и требовал от работников управления соблюдения строжайшей конспирации и оперативной дисциплины, — говорила Наталья Владимировна, — и тяжело переживал неудачи и провалы в работе. Он проявлял большую заботу о семьях товарищей, попавших в беду. Так было, например, с С.Л. Узданским, семьей Маневича, семьей 3. Скарбека и другими разведчиками».
На новый, более высокий уровень вышла при Берзине, вероятно, вторая по важности служба военной разведки — информационно-аналитическая. М. Абсалямов, военный разведчик с 1920 года, а в то время (1940) начальник кафедры разведки Военной академии им. М.В. Фрунзе, писал: «Опыт показывает, что очень многое зависит от того, насколько сколочен аппарат, натренированы, культурны его работники, насколько знают они противника и театр войны. Качество разведывательных документов, сроки их выполнения целиком зависят от этого. Неслаженность информационных отделений, плохое знание противника и театра действий могут свести на нет любые усилия и успехи органов, добывающих разведывательные данные». По запросам руководства страны, армии, различных военных и гражданских ведомств, а также в соответствии с планами информационщики давали справки, сводки, доклады, издавали множество справочных и обзорных изданий по материалам агентурных и открытых источников за рубежом, переводили наиболее ценную иностранную военную литературу. С апреля 1926 года под грифом «Секретно» издаются «Военно-технические бюллетени», призванные «освещать новейшие технические достижения и их применение в области: а) артиллерии, б) ручного оружия, в) броневого дела, г) военной химии, д) связи и электротехники, е) военно-инженерного дела, ж) воздушного флота, з) морского флота, и и) военной промышленности».
Ян Карлович поощрял выступление своих сотрудников с публикациями по актуальным вопросам военного дела в стране и за границей в открытой советской печати. Их заметки и статьи появляются в газете «Красная Звезда», журналах «Война и революция», «Техника и вооружение». Выходят написанные ими брошюры и книги. Сотрудники Разведупра участвуют в составлении Большой советской энциклопедии.
Берзин и сам участвовал в научно-исследовательской работе Разведупра, был одним из авторов научного труда «Будущая война», в котором, на основании данных разведки, говорится и о «войне моторов», и о том, что война начнется без формального ее объявления. Кроме того, вместе с А. Никоновым под псевдонимами они написали работу о будущей войне против СССР (С. Дашиньский, Я. Ридопольский. Подготовка войны против СССР (1929). В книге отмечалось: «Действительная продолжительность будущей антисоветской войны, вероятнее всего, будет где-то между вышеуказанной теоретически минимальной и максимальной продолжительности», то есть в лучшем случае две летних кампании, в худшем — 3,5–4 года. «В общем, будущая война на западных границах СССР не может быть закончена в течение месяцев, не может быть закончена одними лишь военными методами. Исход будущей антисоветской войны определится сочетанием военного, экономического и политического факторов», война «потребует от пролетариата и всех трудящихся масс СССР колоссального напряжения сил, героизма военного и трудового, чтобы отстоять республику Советов».