12 октября 1946 г. доктор Теодор Бенцингер был объявлен обвиняемым на предстоящем процессе над врачами. А спустя всего одиннадцать дней, 23 октября 1946 г., Бенцингер был освобожден из нюрнбергской тюрьмы без дальнейших объяснений. Он был возвращен в распоряжение армейских ВВС, о чем говорится в его рассекреченном досье нюрнбергского заключенного. Проведя в нюрнбергской тюрьме чуть более месяца , Бенцингер вернулся в Гейдельберг и продолжил свою исследовательскую работу в армии США. Почему Бенцингер был исключен из списка обвиняемых на предстоящем процессе над врачами, не объяснялось. Прошло несколько десятилетий, прежде чем эксперт по Нюрнбергскому процессу, профессор истории медицины Пауль Вайндлинг раскрыл важную тайну. Оказалось, что осенью 1946 г. Бенцингер недавно закончил работу над статьей о физиологии пилотов стратосферных, или сверхвысотных, самолетов. "Военно-воздушные силы США ( Wright Field) распространили его доклад на эту тему в октябре 1946 года - всего через несколько недель после его задержания и освобождения" из тюремного комплекса Нюрнбергского дворца правосудия, поясняет Вейндлинг. Предполагается, что, возможно, кто-то в армейских ВВС посчитал, что экспертиза Бенцингера в большей степени отвечает "национальным интересам", чем привлечение его к ответственности за военные преступления. Один из обвинителей Нюрнберга, бостонский адвокат по имени Александр Г. Харди, был возмущен, узнав об освобождении Бенцингера, и настаивал на том, что "допросы были небрежными .".
Арест пяти врачей по обвинению в военных преступлениях в Гейдельберге привел к тому, что в медицинском центре AAF Aero Medical Center в Хайдельберге все были на взводе. Секретные программы, проводимые там, начали потихоньку сворачиваться. Пока доктора Руфф, Шефер, Герман Беккер-Фрайзенг и Шредер предстали перед судом в Нюрнберге, тридцать четыре врача, оставшиеся на сайте , готовились к отправке в США в рамках операции Paperclip. Одним из первых в группе врачей, отправившихся в Америку на работу в феврале 1947 года, был доктор Теодор Бенцингер.
В Нюрнберге, пока врачи из Гейдельберга находились в одном крыле тюрьмы в ожидании суда, шла подготовка и к другому. Суд над главными военными преступниками был закончен. Утром 1 октября судьи по очереди зачитали приговоры: девятнадцать обвинительных и три оправдательных из двадцати двух обвиняемых главных военных преступников (один, Борман, заочно). В тот же день трибунал огласил приговоры : двенадцать смертных приговоров, три пожизненных и четыре длительных срока заключения. Альберт Шпеер, единственный из подсудимых, признавший свою вину, был приговорен к двадцати годам заключения.
Врачи из Гейдельберга были помещены в отдельное крыло тюрьмы, где предварительные допросы будут продолжаться еще два месяца. В тюремном комплексе Дворца правосудия также находился доктор Отто Амброс. Амброс должен был предстать перед судом в рамках следующего процесса - "Дело VI" или "Процесс Фарбен", начало которого было запланировано на лето 1947 года.