Рассекреченные документы свидетельствуют о том, что Химический корпус хотел взять на работу Отто Амброса, но он оказался недоступен. Амброс находился в заключении в тюремном комплексе в Нюрнберге, ожидая суда над военными преступниками. Вместе с Амбросом в тюрьме находились члены правления компании "Фарбен" Фриц Тер Меер и Карл Краух, а также Герман Шмитц, влиятельный генеральный директор компании "Фарбен" и человек, который хранил в секретном стенном сейфе альбом "Освенцим". Бригадефюрер СС доктор Вальтер Шибер, связной Амброса с министерством Шпеера и человек, контролировавший работы в Дихернфурте, также был в списке целей "Скрепки", но с его вербовкой пришлось подождать. Шибер также находился под стражей в Нюрнберге. Процесс над IG Farben, официально называвшийся Соединенные Штаты Америки против Карла Крауха и др., должен был начаться через несколько месяцев, летом 1947 года. Время покажет, кто из гитлеровских химиков окажется на свободе, если вообще окажется.
Прошло чуть более четырех месяцев с тех пор, как газета New York Times рассказала об операции Paperclip, а негативное внимание к этой программе все не ослабевало. И вот 9 марта 1947 года журналист Дрю Пирсон сообщил самую возмутительную на сегодняшний день новость об операции "Скрепка". По словам Пирсона , армия США предложила руководителю компании Farben Карлу Краучу контракт на выполнение Paperclip, пока тот находился в заключении в Нюрнберге. Краух был главным обвиняемым на предстоящем процессе по делу о военных преступлениях. Он занимал должность уполномоченного Геринга по вопросам химического производства и на сайте выступал за применение против союзников нервно-паралитических веществ . Краух был тем человеком, который подтолкнул своих коллег-промышленников к мобилизации ресурсов для помощи нацистам в войне.
Колонка Дрю Пирсона "Вашингтонская карусель" была широко читаема и весьма влиятельна, а сообщение о Крауче вызвало такой скандал, что генерал Эйзенхауэр, начальник штаба армии США, потребовал сообщить, что происходит с операцией "Скрепка". Человеком, который информировал Эйзенхауэра , был начальник военной разведки Стивен Дж. Чемберлин. После двадцатиминутного совещания генерал Эйзенхауэр остался при своем мнении и поддержал программу Paperclip. Для военных руководителей внутри JIOA проблемы с восприятием Paperclip общественностью были почти повсеместно возложены на Государственный департамент. Дин Раск, работавший в офисе помощника военного министра, подытожил отношение JIOA к Госдепартаменту в меморандуме на следующий день после брифинга Эйзенхауэра. " Люди из отдела по связям с общественностью ощущают растущее давление на бизнес немецкого ученого. .... Наша позиция изначально слаба, поскольку Госдепартамент считает, что всю эту программу трудно поддержать".
В JIOA решили, что настало время избавиться от Самуэля Клауса . Директор Томас Форд написал генералу Стивену Чемберлину, что Клаус " несносно трудный " и его необходимо убрать. В течение недели Клаус был переведен из визового отдела Госдепартамента в офис юридического советника. Теперь он уже не имел никакого права влиять на политику и процедуры, связанные с операцией "Скрепка". Остается загадкой, имел ли Клаус какое-либо отношение к восприятию программы общественностью, но в последующие годы, по мере распространения маккартизма, Клауса будут обвинять в том, что он сливал в прессу негативные материалы о программе немецких ученых. Но даже после изгнания Клауса из программы, впервые с момента создания Paperclip весной 1945 г., вся операция оказалась под угрозой срыва. Помощник военного министра Говард Петерсен вместе с коллегами опасался, что военное министерство будет похоронено в скандалах с участием нацистских ученых. Петерсен предсказывал, что вся программа будет закрыта в считанные месяцы.
Вместо этого произошло обратное. После подписания президентом Трумэном 26 июля 1947 г. Закона о национальной безопасности была проведена реорганизация вооруженных сил и разведывательных служб Америки. Военное министерство было преобразовано в Министерство обороны, Координационный комитет "Государство - Война - Флот" стал Советом национальной безопасности, а на свет появилось Центральное разведывательное управление .
Для скандальной программы Paperclip наступала новая эпоха. С одной стороны, она изо всех сил старалась сохранить фальшивую личину научного мастерства, за которой скрывалась грязная группа аморальных оппортунистов, многие из которых были связаны с военными преступлениями. Но как фон Браун признался писателю Дэниелу Лангу из New Yorker, что его больше всего интересовало, "как можно наиболее успешно доить золотую корову", так и вновь созданное ЦРУ рассматривало ученых из Paperclip в аналогичных терминах quid pro quo. Было выгодно использовать людей, которым было что терять, и в то же время они были нацелены на получение уникальной личной выгоды.