Pod koniec lat sześćdziesiątych naszego wieku odkryto w najstarszej dzielnicy Jerozolimy katakumby żydowskie z nietkniętym sarkofagiem z kamienia wapiennego. W pośrodku leżał doskonale zachowany szkielet ludzki. Były to, jak się okazało, szczątki młodzieńca, który niewątpliwie zginął na krzyżu jako skazaniec. Przemawiają za tym nie tylko ślady charakterystycznych uszkodzeń od gwoździ na stopach i przegubach rąk, ale także cztery gwoździe żelazne długości 17 centymetrów, luźno leżące w sarkofagu. Pod główką jednego z tych gwoździ zachowały się miniaturowe resztki drewna, wskazujące na to, że krzyż był wyciosany z drzewa oliwnego. Na pokrywie sarkofagu można było wyczytać, że młodzieniec miał na imię Yohannan (Jan). Archeolodzy izraelscy w wyniku szczegółowych badań wyrazili przypuszczenie, że był on uczestnikiem krwawego powstania przeciwko Rzymianom, które wybuchło za panowania króla judzkiego Aleksandra Janneusza (103-76 r. p.n.e.).
Męczeńska śmierć na krzyżu wywoływała oczywiście u ludzi uczucie grozy i obrzydzenia. Nawet Rzymianie, którzy przecież tej haniebnej karze nie podlegali, nie mogli oprzeć się podobnym uczuciom. Co więcej: zdarzało się, że egzekucja przez ukrzyżowanie spotykała się z ich strony z potępieniem. Cyceron na przykład nazwał ukrzyżowanie najokrutniejszym rodzajem śmierci wymyślonym przez człowieka, a Seneka podkreślał z odrazą, że skazańcom życie wyciekało powoli kropla po kropli.
W pierwszych latach chrześcijaństwa wyznawcy Jezusa czuli głęboką, nieprzezwyciężoną awersję do znaku krzyża. Mimo że już Paweł w swojej chrystologii uczynił z krzyża symbol zbawienia ludzkości przez ofiarną śmierć Chrystusa i tym samym ostatecznego triumfu chrześcijaństwa, krzyż długo jeszcze pozostał w ich odczuciu oznaką straszliwego poniżenia i śmierci. Trudno było im przywyknąć do niego jako symbolu zbawienia i nowego życia, skoro w życiu codziennym znali go jako potworne narzędzie tortur, a w V Księdze Mojżeszowej czytali, że „przeklęty od Boga jest, który wisi na drzewie” (21,23).
Chcąc jakoś obejść ten dylemat, niektórzy teolodzy twierdzili, że Jezus nie umarł na krzyżu, jak inni śmiertelnicy. Byli to głównie wyznawcy doketyzmu, herezji zwalczanej przez ojca Kościoła Ignacego Antiocheńskiego. Ich głównym argumentem było, że Jezus jako istota boska nie podlegał prawom przyrody i że wobec tego nie mógł umrzeć na krzyżu. Autor apokryfu Dzieje Jana (ok.170 r.) twierdzi na przykład, że Jezus ukazał się Janowi na Górze Oliwnej, podczas gdy na krzyżu wisiał jego fantom. Parę lat temu odkryto w Stambule wspomniany już w tej książce stary tekst pochodzenia nazarejskiego. Między innymi odczytano w nim fantastyczną historię, według której na skutek pomyłki ukrzyżowano zamiast Jezusa kogoś innego. A rzecz miała się tak. Judasz, przekupiony przez kapłanów, miał zidentyfikować Jezusa złożeniem na jego policzku pocałunku. Działo się to jednak nie na Górze Oliwnej, lecz na zatłoczonym rynku miejskim, gdzie łatwo było o pomyłkę. I rzeczywiście, Judasz wziął kogoś innego za Jezusa. Gdy przeto ujrzał na krzyżu jakiegoś obcego człowieka, zawołał: „On jest niewinny!” Potem w rozpaczy powiesił się. Jezus natomiast wstąpił do niebios, nie doznawszy cielesnej śmierci zwykłego człowieka. Wspomnijmy jeszcze tylko, że ową osobliwą wersję przyjął do swojej nauki islam.
Wszystkie tego rodzaju doktryny teologiczne i twory bujnej fantazji, jakkolwiek naiwne i niekiedy prostackie, są o tyle znamienne, że odzwierciedlają nastroje, jakie panowały wśród ówczesnych chrześcijan. W ich odczuciu krzyż wciąż jeszcze był tabu jako symbol haniebnej śmierci, a nie triumfu. Świadczą o tym między innymi malowidła ścienne, w katakumbach rzymskich. Spotykamy na nich jako symbol Chrystusa postać dobrego pasterza, baranka ofiarnego w nawiązaniu do Izajasza (53,7) oraz Jeremiasza (11,19), najczęściej jednak tajemniczy znak ryby, natomiast nigdy znaku krzyża.
Ryba od zamierzchłych czasów była symbolem wielu pogańskich bogiń, między innymi syryjskiej Atargatis, aramejskiej Atari, kananejskiej Asztarot (Astarte). Chrześcijanie drogą znanej nam już synkretyzacji religii przyswoili sobie ten znak, a stało się to tym łatwiej, że przypadkowym zbiegiem okoliczności litery greckiego wyrazu „ryba” („ichthys”) tworzą równocześnie inicjały imienia i tytułów teologicznych Jezusa: „Jezus Chrystus, syn Boga, Zbawiciel”.
Natomiast krzyż jako symbol Chrystusa wchodzi w powszechne użycie dopiero w V czy VI wieku. Stało się to przeszło sto lat po zniesieniu przez Konstantyna Wielkiego kary śmierci przez ukrzyżowanie. Obraz krzyża jako narzędzie katowskie spłowiał już znacznie w pamięci ludzkiej i przestał budzić dreszcz grozy.
Kult krucyfiksu powstał w krajach Bliskiego Wschodu. Tamtejsi artyści przedstawiali ukrzyżowanego Jezusa nago z opaską tylko, przypuszczalnie w opozycji do monofizytów, heretyckiej sekty, która głosiła, że Chrystus posiadał tylko jedną, boską, naturę.
Do krajów Zachodu kult krzyża dostał się dzięki pośrednictwu kupców i niewolników syryjskich, którzy znaleźli się w Italii. Z tą jednak różnicą, że Jezus Chrystus, chociaż ukrzyżowany, odziany był w szaty i otoczony chwałą boskości, nie tknięty ludzkim cierpieniem. Dopiero w połowie X wieku, kiedy za panowania skłonnego do mistycyzmu cesarza Ottona I i jego syna Ottona II zacieśniły się stosunki kulturalne Zachodu i Bizancjum, rozpowszechnił się krucyfiks z odartym z szat i udręczonym Jezusem, ofiarnie ginącym dla zbawienia ludzkości. Ten ortodoksyjny realizm znalazł najbardziej pogłębioną i przejmującą ekspresję w rzeźbie i malarstwie epoki gotyku.
W 1939 r. dokonano w Herkulanum odkrycia, które zdawało się obalać twierdzenie historyków, że znak krzyża tak późno został zaadaptowany jako symbol wiary chrześcijańskiej. Bowiem na ścianie jednej z will mieszkaniec tego miasta wyrył w dość nieporadny sposób krzyżyk. Jak wiadomo, Herkulanum wraz z Pompeją zostało zasypane przez popioły Wezuwiusza w 79 r. n.e., toteż niektórzy historycy, między innymi sławny francuski orientalista Parrot, poczytują za rzecz możliwą, że krzyż był symbolem chrześcijaństwa już w drugiej połowie I wieku. Większość jednak badaczy nie zgadza się z tym wnioskiem. Zauważają oni słusznie, że ten, kto ów krzyż wyrysował, niekoniecznie musiał być chrześcijaninem. Wiadomo przecież, że jako symbol religijny krzyż pojawił się w zaraniu kultury ludzkiej. Przedmioty z ornamentem krzyża rozmaitego kształtu znaleziono w ruinach sumerskich i babilońskich miast Mezopotamii, w Indii, Syrii, Persji oraz w wykopaliskach Europy z czasów epoki kamiennej. Bardzo często spotyka się go nawet wśród wypukłych ornamentów zdobiących budowle starych kultur indiańskich obu Ameryk. W Egipcie krzyż z kółkiem na szczycie był hieroglifem oznaczającym pojęcie boskości. W Galii Zaalpejskiej, czyli na obszarze późniejszej Francji, były w obiegu monety z krzyżem umieszczonym w kole.