Z drugiej strony mamy jego rzekomego sekretarza. Czyż mógł on być do tego stopnia wyprany z wszelkiej ludzkiej ciekawości i zbyć milczeniem takie wspomnienia, w razie gdyby usłyszał je z ust Piotra? Zwykła znajomość natury ludzkiej nie pozwala nam wierzyć w taką możliwość, tym bardziej że właśnie w owym czasie pęd do bliższego poznania życia Jezusa we wszystkich jego aspektach wzrastał wśród wyznawców do tego stopnia, że luki w jego biografii zaczęto wypełniać legendą. Piotr mógł oczywiście ten powszechny głód wiedzy zaspokoić autentycznymi wspomnieniami, a jednak tego nie uczynił, przynajmniej tak należy sądzić z rzekomo przezeń inspirowanej ewangelii.
Istnieją jeszcze inne, równie ważkie okoliczności, podważające tezę, jakoby autor Ewangelii Marka był sekretarzem apostoła. Mianowicie po ściślejszej analizie tekstu zarysowało się wyraźnie, że nie był on zbyt dobrze obznajomiony ze sposobem myślenia Piotra, który jak przecież wiemy skądinąd, pozostał wierny judeochrystianizmowi.
Chodzi o to, że ewangelia ta zdradza wyraźnie wpływy Pawła, jest więc odbiciem sytuacji, która nastała wiele lat po śmierci Piotra, kiedy to po długoletnim zaniku nastąpił renesans wpływów Pawła wśród wyznawców Chrystusa. Mniej więcej na dziesięć lat przed zburzeniem Jerozolimy Paweł po swoim aresztowaniu w 58 r. począł tracić do tego stopnia zwolenników, że nawet jego listy o mało nie zaginęły. Dopiero na przełomie I i II wieku zostały one wydobyte z zapomnienia. W tym okresie założone przez niego gminy opowiadały się jedna po drugiej na rzecz jerozolimskiej judaistycznej odmiany chrystianizmu, a w Italii, gdzie osiedliło się mnóstwo żydowskich wyznawców Jezusa, istniała silna opozycja wobec jego nauki.
Pod wpływem paulinizmu autor Ewangelii Marka w wielkiej dramatycznej narracji usiłuje wykazać, że Jezus, wysłaniec Boga, wziął na siebie cierpienie i śmierć dobrowolnie, by odkupić grzechy świata. A właśnie pojęcie „śmierci zastępczej” pojawia się w teologii Pawła. W ten sposób udzielono odpowiedzi tym wszystkim, którzy zadawali sobie niepokojące pytanie, jak to było możliwe, że Mesjasz i Syn Boży doznał tylu upokorzeń i zginął haniebną śmiercią na krzyżu. Pełen wymowy jest przy tym fakt, że w Ewangelii Marka nie jest jeszcze wyraźnie zarysowana idea zmartwychwstania. Z tekstu oryginalnego dowiadujemy się jedynie tylko, że Jezusa w grobie nie ma i że ma on spotkać się z uczniami w Galilei. To wszystko! Cały bowiem końcowy ustęp zawierający relację o zmartwychwstaniu i wniebowstąpieniu wszyscy bez wyjątku uczeni zgodnie uznali za interpolację, włączoną do pierwotnego tekstu przez kogoś innego znacznie później, co nawiasem mówiąc jest jednym dowodem więcej, że ewangelia ta ma charakter kompilacyjny.
Dodatkowy argument przeciwko tezie głoszącej, że autor ewangelii był sekretarzem Piotra i wyrazicielem jego myśli, to jego bardzo zastanawiający stosunek do apostołów. A stosunek ów jest tego rodzaju, że Mateusz, który przecież z Ewangelii Marka czerpał pełną garścią, uważał za konieczne poddać ją korekcie i charakterystykę apostołów podaną przez Marka łagodzi i tuszuje. Zaparcie się i żałość Piotra na dziedzińcu Sanhedrynu jest wprawdzie przedstawiona u Marka jako głęboko przejmująca tragedia osobista apostoła, niemniej uwydatniona została w tej wstrząsającej scenie także słabość jego charakteru. Uderzające jest ponadto jeszcze to, że apostołowie odstępują Jezusa na Górze Oliwnej i od tej chwili już więcej nie pojawiają się na scenie wydarzeń. Nie odważyli się stanąć pod krzyżem, gdy ich ukochany Mistrz konał, o ciało zmarłego zatroszczył się postronny człowiek, Józef z Arymatei, a z wonnościami do grobu przybyły jedynie tylko kobiety, które za życia mu służyły. Ta rażąca nieobecność poniekąd sprawia wrażenie świadomego, milczącego oskarżenia: Jezus umiera w opuszczeniu wśród obcych, obojętnych ludzi, pozostawiony własnemu losowi nawet przez najbliższych towarzyszy.
W Ewangelii Marka Jezus jest Mesjaszem, ale uczniowie, mimo dowodów jego nadprzyrodzonej potęgi, nie wiedzieli o tym. A nie wiedzieli dlatego, że Jezus im się nie objawił jako Mesjasz. Autor, stawiając sprawę w ten sposób, wpada w dość paradoksalną sytuację. Nie mógł bowiem rozwinąć przed czytelnikami swojej doktryny bez ujawnienia im tego, co przecież pozostało tajemnicą dla uczniów Jezusa. Toteż w rezultacie autor ewangelii i my, jej czytelnicy, wiemy więcej o Jezusie, niż jego najbliżsi uczniowie. W ten sposób obraz apostołów nie wypadł zbyt pochlebnie: wydają się oni w tej wersji ludźmi nierozgarniętymi i małego ducha, którzy zgoła nie dorośli do czekającego ich zadania.
Wydaje się rzeczą wykluczoną, by tak krytyczny osąd roli apostołów w życiu Jezusa, a szczególnie w dramacie pasyjnym, mógł sugerować Piotr swemu sekretarzowi. Raczej należy przypuszczać, że ocena ta jest odgłosem rozdźwięków, jakie w tych czasach istniały między zwolennikami paulinizmu a przedstawicielami tradycyjnego, z judaizmem związanego chrześcijaństwa, między nauką Pawła a nauką głoszoną przez bezpośrednich spadkobierców apostołów. Oczywiście nie potrafimy już dzisiaj stwierdzić, czy ta wersja o roli apostołów była tendencyjna, czy też odpowiadała prawdzie.
Można jednak przypuszczać, że autor Ewangelii Marka świadomie angażuje się w tym sporze, a zatem, że był zwolennikiem Pawła. Wypowiada się przecież jednoznacznie w innych sporach, które za jego czasów były aktualne. Jak to już mieliśmy okazję zaznaczyć poprzednio, faryzeusze, rozproszeni po świecie na skutek klęsk w Palestynie, uważali za swój obowiązek ratować to, co się dało z judaizmu. Szczególnie namiętnie zwalczali chrześcijaństwo jako sektę renegatów i odszczepieńców, stanowiących dla żydostwa największe niebezpieczeństwo. Ta pełna zawziętości walka polemiczna między gminami chrześcijańskimi a faryzeuszami znalazła również odbicie w Ewangelii według Marka. Autor bierze w tej walce bezpośredni udział i nie owija w bawełnę, co myśli o faryzeuszach. Piętnuje ich jako układnych świętoszków, którzy intrygami i matactwem sprowadzili zgubę na Jezusa.
Ten polemiczny element doszedł do głosu również w stosunku do sekty joanitów, która Jana Chrzciciela czciła jako Mesjasza i bynajmniej nie przyznawała, że jest on tylko prekursorem zapowiadającym pojawienie się Jezusa, że jest on owym Eliaszem z proroctw biblijnych, który miał wrócić na ziemię, by utorować drogę prawdziwemu Mesjaszowi. Autor ewangelii usiłuje zwolennikom tej sekty udowodnić, że nie mają racji, a czyni to wkładając w usta Jana Chrzciciela następujące słowa, rzekomo przezeń wypowiedziane: „Idzie za mną mocniejszy, niźli ja, któremu nie jestem godzien, padłszy na ziemię, rozwiązać rzemyka u sandałów jego”.