W Ewangelii Jana spotykamy się z całkowicie odmiennym Jezusem, raczej nic nie mającym wspólnego z Jezusem synoptyków. Różnice są tak drastyczne, tak wybitnie merytoryczne, że mamy prawo zapytać, kto właściwie mówi prawdę. Jeżeli bowiem Marek, Mateusz i Łukasz mówią prawdę, to w takim razie nie może mówić prawdy Jan, no i na odwrót. Zygmunt Poniatowski podaje dwie liczby statystyczne, które ów stan rzeczy uwypuklają dość poglądowo. Otóż Ewangelia Jana tylko w 8 proc. jest identyczna z synoptykami, pozostałe 92 proc. tekstu to wyłącznie jego osobisty wkład do relacji o Jezusie.
Jezus ewangelii synoptycznych to postać mocno osadzona w bieżącym życiu, obdarzona wszystkimi cechami człowieka z krwi i kości. Rzadko i zresztą raczej niechętnie mówi o sobie samym i właściwie nigdy nie wypowiada się kategorycznie, czy jest Mesjaszem. Jest pod tym względem tak powściągliwy i tajemniczy, że uczniom, którzy wyrażali swoje przekonanie, iż jest Synem Bożym, nakazał milczeć.
Jakże odmienny jest Jezus w Ewangelii według Jana! Już Jan Chrzciciel uznał w nim Syna Bożego, któremu nie jest godzien rozwiązać rzemyka u jego sandałów. Gdy ujrzał go nadchodzącego, rzekł: „Oto Baranek Boży, oto, który gładzi grzechy świata”. Jeden z pierwszych jego uczniów, Natanael, zwrócił się do niego tymi słowy: „Rabbi, tyś jest Synem Bożym, tyś królem izraelskim”. A Jezus bynajmniej nie odżegnywał się od tych otwarcie przypisywanych mu atrybutów, które wznosiły go ponad śmiertelników. Na każdym kroku podkreśla swoje synostwo Boże i nie pozostawia żadnej wątpliwości, kto i po co go przysłał na ziemię.
Autor czwartej ewangelii nie ma najmniejszego zainteresowania dla faktów historycznych. Jego niezmiennym dążeniem jest udowodnienie boskości Jezusa, bronienie tej swojej wizji przed zakusami niedowiarków i wyrażenie radości, że Bóg za pośrednictwem swego Syna ofiarowuje ludzkości żywot wieczny. W konsekwencji Jezus Jana niewiele ma wspólnego z historią. W jego interpretacji jest to postać raczej bezcielesna, zjawiskowa, ukryta za tajemniczą zasłoną mistyki. Wybitny francuski biblista, Alfred Loisy, w pracy Czwarta ewangelia (1903) tak oto scharakteryzował ów stan rzeczy: „Autor znał tylko Chrystusa liturgicznego, przedmiot kultu chrześcijaństwa,.. W tych fragmentach boskiej biografii nie ma żadnego odbicia rzeczywistości...” Krytyka liberalna kwestionuje historyczność postaci Jezusa z Ewangelii Jana. Jej stanowisko w omawianej kwestii tak oto rekapituluje ks. prof. E. Dąbrowski w swej książce Ewangelie, ich powstanie i rodzaj literacki: „Właściwie chodzi w niej... o jakąś mistyczną zjawę, będącą refleksem raczej rozmyślań teologicznych, aniżeli rezultatem trzeźwego do faktów stosunku. Chrystus Jana to jakiś twór metafizyczny, będący produktem filozoficznych poglądów swej epoki, a nie prorok galilejski nauczający rzesze i spieszący im z pomocą. ...u podstaw opisu Jana szukać trzeba nie tyle zdarzeń historycznych, ile poglądów pierwotnej gminy chrześcijańskiej”.
Ów nierzeczywisty i niehistoryczny Jezus jest oczywiście w wizji Jana postacią na wskroś majestatyczną. Każde słowo, które wypowiada, jest namaszczone, pełne sakralnego dostojeństwa, podszyte tajemnym znaczeniem i nastrojone na ton nieodwołalnej wyroczni. Jest to postać powołana do fikcyjnego życia jedynie w tym celu, by przez jej usta lansować pewne określone doktryny teologiczne, postać jednowymiarowa, odczłowieczona, w której jeżeli zachowały się jakieś związki z historią, to tylko w stanie nader szczątkowym.
Kolebką tego Jezusa były mistyczne rojenia ubóstwiających go wyznawców. Toteż, gdy mówi o sobie, wyraża się w enigmatycznych, mistycznie brzmiących metaforach, których sensu niełatwo się domyślić. Czwarta ewangelia jest wręcz naszpikowana tego rodzaju samookreśleniami. Oto niektóre z nich: „jam jest światłość świata”, „jestem bramą dla owiec”, „jam jest pasterz dobry”, „jam jest prawdziwy krzew winny”, „jam nie jest z tego świata”, „jam jest początek” itd. Niepodobna przypuszczać, że ów prosty cieśla z galilejskiego miasteczka, przecież mocnymi węzłami złączony z samorodną wyobraźnią swego ludu, mógł tak celebrować siebie samego. Jest rzeczą jasną, że są to wszystko wyszukane ozdobniki stylistyczne, używane w ferworze kaznodziejskim przez członków dawnych gmin chrześcijańskich i wkładane bezceremonialnie w usta Jezusa, aby otoczyć go nimbem boskości. W czwartej ewangelii naliczono aż 120 tego rodzaju deklaratywnych zwrotów, co daje nam wyobrażenie o tym, jak były one wówczas modne i jak nie znano miary w ich użyciu.
W podobny sposób ustosunkował się autor do substancji fabularnej swojej ewangelii. Epizody z życia Jezusa, u synoptyków potraktowane jako rzeczywiste i godne zanotowania fakty historyczne, w Ewangelii Jana spełniają rolę z gruntu odmienną. Są one tylko pretekstem do wyrażenia jakiejś doktryny teologicznej lub maksymy moralnej, a więc środkiem do celu, a nie celem samym w sobie. Co więcej, wydaje się, że niektóre epizody anegdotyczne Jan skomponował sobie ad hoc dla zilustrowania swoich wywodów i dotarcia w ten sposób do wyobraźni swoich czytelników. Do takiego przypuszczenia skłania nas fakt, że epizody te nie są znane synoptykom. Ewangelia Jana, jak z tego wynika, nie jest relacją historyczną, lecz luźnym zbiorem alegorycznych przypowieści zakończonych pointą w postaci jakiegoś aforyzmu, a jako całość – rozprawą teologiczną ujętą w dramatyczną formę opowieści o życiu, męce i śmierci Jezusa Chrystusa.
Metodę alegoryzacji możemy u Jana zaobserwować w opisie rozmowy, jaką miał Jezus z Żydami po wypędzeniu przekupniów ze świątyni. Na ich pytanie, czy miał prawo to uczynić, Jezus odpowiada: „Zburzcie tę świątynię, a ja w trzy dni ją odbuduję”. Żydzi na to z niedowierzaniem: „Czterdzieści sześć lat budowano tę świątynię, a ty w trzy dni chcesz ją odbudować?” I tu zabiera głos sam autor i powiada: „Ale on mówił o świątyni ciała swego. I gdy powstał z martwych, przypomnieli sobie uczniowie jego, że o tym mówił”. Mamy tu więc typowy przykład zabiegu, dzięki któremu dosłowne proroctwo zburzenia Jerozolimy zamienia się w przenośnię zapowiadającą zmartwychwstanie Jezusa na trzeci dzień po jego ukrzyżowaniu.