Nie mniej skomplikowane jest zagadnienie autorstwa omawianej ewangelii. Od połowy drugiego wieku istniało na ogół przekonanie, że autorem jest Jan Apostoł, Galilejczyk, który wraz z ojcem i braćmi uprawiał rybołówstwo na Jeziorze Tyberiadzkim i został następnie uczniem Jezusa. Taki pogląd wyrażają pisarze kościelni Papiasz, Klemens Aleksandryjski i Orygenes, oczywiście także Kościół katolicki i niektóre konserwatywne odłamy Kościołów protestanckich. Według nich czwarta ewangelia została napisana przez naocznego świadka i dlatego stanowi wiarogodny dokument historyczny.
Jakie argumenty wysuwa się na poparcie tej tezy? Z Ewangelii Marka wiemy, że zarówno Janowi, jak i jego starszemu bratu Jakubowi Jezus nadał przydomek „boanerges”, co znaczy „synowie gromu” (Mk. 3,17), a to z racji ich porywczego, skłonnego do uniesień usposobienia. Jan Apostoł uprawiał rzemiosło rybackie i trudno przypuszczać, by posiadał jakiekolwiek wykształcenie. W samej rzeczy, tradycja przedstawia go jako człowieka prostego, nieuczonego. O jego losach po śmierci Jezusa informują nas źródła pozabiblijne. Ponoć wędrował z miasta do miasta wykonując powierzoną sobie misję apostolską, aż w końcu po wielu latach przygód i perypetii osiadł na stałe w Efezie. W chwili gdy zabierał się do pisania swoich wspomnień, był już sędziwym człowiekiem. Pamięć zawodziła go w wielu szczegółach, poplątał daty i kolejność wydarzeń, a przede wszystkim na skutek lat, które stanęły między nim a tym, co przeżył w młodości, widział postać Jezusa jakby przez mgłę, odcieleśnioną, w aureoli boskości. A jeżeli chodzi o wpływy filozofii greckiej w Ewangelii Jana, to ich obecność łatwo wytłumaczyć długoletnim jego pobytem w Efezie, gdzie przecież rozmowy i dyskusje na temat różnych koncepcji musiały mu się obić o uszy.
Zwolennicy Jana Apostoła podają na dowód jego autorstwa także szereg kryteriów tekstowych. Z ewangelii bowiem można wnosić, że autor był Żydem. Pewne określenia związane z judaizmem cytuje on w oryginalnym brzmieniu aramejskim, a wersety przytaczane ze Starego Testamentu nie pochodzą z Septuaginty, lecz z oryginału hebrajskiego. Ponadto orientuje się on znakomicie w instytucjach ustrojowych i obyczajach Żydów, a także w topografii świątyni jerozolimskiej i Palestyny. Wreszcie, sądząc po realistycznym opisie postaci apostołów, można przyjąć raczej za rzecz pewną, że znał ich osobiście.
Nie wszystkim jednak ta argumentacja wystarczała. Już nawet w II wieku byli chrześcijanie, którzy wyrażali wątpliwości co do autorstwa Jana Apostoła. Tak na przykład alogowie, sekta chrześcijańska, która odrzucała doktrynę logosu jako herezję, przypisywała ewangelię jednemu z wyznawców gnostycyzmu, niejakiemu Keryntosowi, a jeszcze w III wieku wątpliwości pod tym względem musiały być dość rozpowszechnione, skoro biskup rzymski Hipolit uważał za potrzebne wystąpić w obronie autorstwa Jana Apostoła. Od początku XIX wieku specjaliści od biblistyki badają to zagadnienie naukowo i przeważnie wyrażają przekonanie, że autorem nie mógł być rybak znad Jeziora Tyberiadzkiego. Sprawa nie została jednak dotąd ostatecznie rozstrzygnięta, spory i polemiki toczą się w dalszym ciągu, ale nawet pisarz katolicki ks. E. Dąbrowski w kilkakrotnie już cytowanej rozprawie Ewangelie, ich powstanie i rodzaj literacki przyznaje, że „poza nauką katolicką niewielka tylko grupa uczonych podtrzymuje twierdzenie o autorstwie Jana”.
Ogromnie rozbudowaną argumentację przeciwko autorstwu Jana siłą rzeczy możemy sprowadzić tylko do paru punktów:
1) Na ogół przyjęto za rzecz pewną, że czwarta ewangelia powstała w latach 95-100, czyli 65-70 lat po śmierci Jezusa. Ileż lat mógł mieć wtedy Jan Apostoł? Jeżeli założymy, że w chwili zetknięcia się z Jezusem miał 20 – 25 lat, to w takim razie ewangelię musiał napisać starzec liczący co najmniej od 85 do 95 lat. Prawdopodobieństwo, że tak wiekowy człowiek mógł napisać ewangelię, która przecież odznacza się wysokiego lotu wyobraźnią, jest raczej nikłe. Na domiar istnieją pewne poszlaki, że Jan Apostoł padł ofiarą prześladowań żydowskich, że więc takiego wieku nie zdołał osiągnąć.
2) Jan Apostoł był, jak to wynika z ewangelii Marka i Łukasza, Galilejczykiem. Tymczasem wszystkie okoliczności wskazują na to, że autor chyba musiał być stałym mieszkańcem Jerozolimy lub też jej najbliższej okolicy, bo wyznaje się w topografii tych regionów bardzo dokładnie, natomiast Galilea jest mu obca.
3) Idea logosu to wielka koncepcja kosmologiczna, usiłująca wyjaśnić sens świata, ducha i materii, zła i dobra. Jan Apostoł, człowiek nieuczony, mógł ją co prawda zaadaptować dla swoich celów w tej sprymityzowanej formie, z jaką spotykamy się w ewangelii. Uchwycił po prostu krążący naówczas modny termin i zrozumiawszy go powierzchownie, nadał mu treść nie mającą nic wspólnego z Heraklitem i gnostykami.
Niestety, sprawa nie jest tak prosta, bo autor ewangelii był w istocie rzeczy obeznany z terminologią platońską i ze sposobem myślenia Platona, w ogóle zdradza wykształcenie i kulturę helleńską. Tak np. pod wpływem Platona posługuje się czasami w swoich relacjach metodą dialektyczną. Jezus zadaje swoim rozmówcom pytania, wysłuchuje uważnie odpowiedzi, a potem wykazując w nich sprzeczności, rzuca nowe, niespodziewane światło na przedmiot dyskusji. Mniej więcej tak, jak to czyni Sokrates w dialogach platońskich. I tutaj nasuwa się pytanie: czyż prosty rybak z prowincjonalnej Galilei mógł przyswoić sobie tak zaawansowaną, wyrafinowaną technikę pisarską? Większość badaczy odpowiada na to pytanie negatywnie.
Wobec tego z autorem ewangelii próbowano zidentyfikować innego Jana. Chodzi tu o tego nie nazwanego po imieniu ucznia, którego Jezus miłował. Występuje on w ewangeliach parokrotnie. On to podczas Ostatniej Wieczerzy opierał się na piersiach Jezusa, on jedyny z uczniów nie opuścił swego Mistrza w godzinie śmierci, a pod krzyżem Jezus powierzył jego opiece swoją matkę.
Ów uczeń nie tylko nie należał do grona dwunastu apostołów, ale poza tym różnił się od nich pod wieloma względami. Przede wszystkim wolno nam wnioskować, że był on zamożnym obywatelem Jerozolimy. Jako znajomy arcykapłana (J.18,15) mógł wprowadzić na dziedziniec pałacu Piotra, którego odźwierny nie chciał poprzednio wpuścić. Biskup Efezu Polikrates (koniec II w.) twierdzi, że Jan, ukochany uczeń Jezusa, był kapłanem żydowskim i że pochowano go w Efezie. W rozdziale 21 Ewangelii według Jana czytamy, że właśnie ów uczeń, którego miłował Jezus, jest jej autorem i że „świadectwo jego jest prawdziwe” (J.21,24). Niestety, rozdział 21 to późniejsza interpolacja napisana przypuszczalnie przez redaktorów ewangelii, jego wartość dowodowa jest więc raczej wątpliwa.