Возвращаясь от Преосвященного, отец Анатолий встретил своего старца, шедшего из скита и окруженного толпой инокинь и других лиц. Старец спросил отца Анатолия: "Ну, что же тебе сказал владыка?". Отец Анатолий в простоте души все передал старцу. Тогда он начал при всех бить его палкой, говоря: "Ах ты, негодяй, что вообразил о себе, что он такой умный! Ведь Преосвященный из любезности сказал тебе так, а ты и уши развесил, думая, что это правда!". Со стыдом отошел от старца молодой иеродиакон, а старец сказал бывшим с ним лицам: "Ведь вот как не пробрать, он монах внимательный, умный, образованный и уважаемый людьми, — долго ли загордиться? Вот и надо было смирить его". Так мудрые наставники оберегали своих питомцев от пагубного самомнения.
В 1874 году отец Анатолий был назначен братским духовником, благочинным скита, а затем и скитоначальником. Он принял свое назначение со смирением единственно из послушания своему старцу, к которому по-прежнему продолжал относиться с верой и покорностью; сделавшись начальником, он до конца жизни отца Амвросия не изменял своего обычая становиться перед ним на колени во время беседы. Одна особа приехала в Оптину; ее позвали к старцу. Когда она вошла в его келлию, то увидела стоявшего на коленях перед ним весьма представительного монаха, которого она не знала. Благословив приезжую и указав на монаха, старец сказал: "Рекомендую тебе, это — мой начальник". Особа эта была поражена смирением того и другого.
С должностью начальника скита отец Анатолий принял на себя и должность духовника, и все касавшееся внешней и внутренней жизни скитского братства он предлагал на рассмотрение старца; когда требовалось сделать какому-нибудь брату выговор или наложить наказание, он прежде спрашивал, что и как сказать. Таким образом, монастырь и скит с их начальниками и старцами составляли единое стадо с единым пастырем.
В своих новых должностях преподобный Анатолий был великим и самоотверженным тружеником. Ничто не ускользало от его взора, и он ревностно заботился о внешнем успокоении братии, стараясь получше устроить их жизнь с ее несложными, но строгими порядками. Для этого он внушал братии нести свое послушание с усердием и добросовестно. Так, однажды постом он сделал строгое внушение скитскому пекарю за то, что хлеб был испечен плохо; начальник пояснил ему при этом, как много огорчения доставила его небрежность истомленной постом и службами братии.
Теперь, когда отец Анатолий был обременен различными делами, заботами и неизбежной суетой, душа его еще более искала отдыха и, испытывая голод духовный, стремилась подкрепить себя молитвой и чтением. Поэтому, когда выдавалась свободная минута, отец Анатолий спешил уйти в лес и там, где-нибудь в глуши, зримый одним Богом, питал свою душу богомыслием и молитвой.
После открытия в 1884 году Шамординской Казанской Горской женской общины преподобный Амвросий, тяжелобольной, назначил туда духовником иеромонаха Анатолия. Преподобный Амвросий говорил шамординским сестрам: "Я редко беру вас к себе на беседу, потому что я за вас спокоен: вы с отцом Анатолием". Преподобный Анатолий имел необыкновенно милостивый, сострадательный характер. Если он узнавал о чьем-нибудь горе, то так волновался, что у него возникала сильная головная боль, а потом начинало болеть и сердце. 21 год отечески окормляя шамординских сестер, старец входил во все их нужды, как духовные, так и житейские; первым его вопросом всегда были слова: "У тебя все есть?".
Смотря на иноческую жизнь как наиболее приспособленную для всецелого служения Господу, старец Анатолий при каждом случае пояснял сестрам высокое значение этой жизни и ее частностей. На общежитие он смотрел как на прекрасную школу для выработки смирения и терпения:
"Общежитие умерщвляет страсти, а то в норе и змея тихо сидит. Если разных камней положить в мешок и трясти, то камни сделаются гладкими и круглыми, так и в общине монах сглаживается скорбями".
Он говорил:
"Дева, посвятившая себя Богу, должна всячески удаляться не только худых дел, но и мыслей; ее душа должна блестеть чистотою и предстать непорочною Жениху-Христу. Идя по монастырю, не размахивай руками, не гляди в окна, всем, кого встретишь, кланяйся, не ходи без дела по келлиям, сиди дома и будешь покойна. Если монах будет держаться келлии, то будет преуспевать в духовной жизни и молитве, а если он ходит по келлиям, то потеряет мир душевный и будет никуда не годным".