Вторично его арестовали 1/14 апреля 1927 года, в день памяти преподобного Варсонофия Оптинского, и сослали в Архангельскую область. Три года провел преподобный Никон в лагере "Кемперпункт". В ссылке он вел обширную переписку как с чадами, так и с некоторыми оптинскими отцами. Чад он всячески утешал, поддерживал и укреплял духовно, ни минуты не поддаваясь ни унынию, ни духовному расслаблению, грозившим в нелегких условиях ссылки. Вот строки из его писем духовным чадам, написанные из тюрьмы и из ссылки:
"Христос посреде нас! Волею Божиею нам, чада мои, должно разлучиться. Так судил Господь. Покорно и смиренно примем эту волю Божию. Если кто желает, чтобы постигшая нас скорбь была ему на пользу, тот должен винить в ней самого себя, и больше никого. Каждый должен думать, что страдает за свои грехи. Так думающий и смиренно терпящий получит милость Божию. Кто будет винить кого-либо другого, и потому немирствовать на него, тот выкажет этим свое неверие Богу, и сам до себя не будет допускать милости Божией. Пусть совесть каждого скажет ему самому, есть у него грехи или нет. Если есть, то пусть только себя и винит, и молчит, не осуждая и не укоряя других. Таков закон духовный. Любовь к Господу, и в Господе ко мне грешному, выразите общею любовию и миром между собою. Бог есть любовь, и всякая злоба, какой бы благовидной причиной она ни прикрывалась, противна Ему; противна она и мне. Слово мира и любви о Господе говорю вам всем на прощание, и Бог мира буди с вами. Еще раз прошу прекратить всякие свои догадки человеческие, а потому ошибочные, о причинах нашей скорби. Смиритесь пред Господом и содевайте свое спасение, понуждая себя на всякое исполнение заповедей Божиих, соблюдая и душу, и тело от всякого греха. Не забывайте молитвы. Буду молиться о всех по силе моей. Прошу и ваших св молитв. Всем все прощаю и сам прошу прощения. Все епитимии разрешаю. Божие благословение да пребывает над всеми вами. Аминь.
Терпение скорбей и прощение обид доставляет человеку разум истины, по слову преподобного Марка Подвижника. Кротко и смиренно потерпим все — и Господь нас вразумит и не оставит Своею милостию. Сказано: Блажени есте, егда разлучат вас (Лк. 6, 22)".
"Мир тебе и Божие благословение. Слышу, что ты все скорбишь. Не скорби, чадо мое, не скорби. Веруй, что близ Господь, близ Его помощь, Его заступление. А если эта помощь как бы медлит прийти к тебе, то значит, так нужно и полезно. Потерпи поэтому и не унывай, Бог даст, или я буду в Козельске, то навещу тебя, или тебя как-либо привезем сюда. Тогда лично подробно побеседуем. Мир тебе и спасение. Молюсь о тебе…".
"Боголюбивая раба Божия и чадо мое N.! Божие благословение да пребывает над тобою во веки! Если Господь судит мне покинуть дорогие моему сердцу места и близких мне людей — да будет Его святая воля! Сейчас и не имею возможности писать много и не знаю, пошлет ли эту возможность Господь Бог мне в будущем. Да будет и в сем св воля Господня! Пишу же тебе, желая преподать тебе Божие благословение и прощение в твоих погрешностях и немощах. Бог тебя да простит и разрешит. Разбирать твои поступки и судить подробно не имею возможности. Одно напишу: не оправдывай себя и не вини никого ни в чем. Прощение преподается тем только, кто считает себя виновным. Смирись пред Богом и людьми, и Господь тебя никогда не оставит. О тебе я молюсь по силе моей. Я ничем не подал никакого вида, но видел тебя на станции, когда нас везли сюда, и видел, как беззвучно шептали что-то твои губы. Я понял, что это было выражение твоих внутренних чувств. Да хранит тебя Господь! О чаде моем, девице Л., всегда молюсь. Мне ее сердечно жаль. Да управит Господь жизнь ее во спасение. Вручаю тебя покрову Царицы Небесной! Мир ти и спасение".
По окончании срока отца Никона приговорили к ссылке в Архангельскую область. Перед отправкой врач нашел у него тяжелую форму туберкулеза легких и посоветовал просить о перемене места ссылки. Привыкший все делать за послушание, он попросил совета у отца Агапита (Таубе), сосланного вместе с ним. Тот посоветовал не противиться Божией воле, и преподобный Никон смирился.
Много скорбей пришлось испытать преподобному Никону:
"Я пришел к заключению, — писал он, — что скорбь есть ничто иное, как переживание нашего сердца, когда что-либо случается против нашего желания, нашей воли. Чтобы скорбь не давила мучительно, надо отказаться от своей воли и смириться пред Богом во всех отношениях. Бог желает нашего спасения и строит его непостижимо для нас. Предайся воле Божией, обретешь мир скорбной душе своей и сердцу"