Всячески старался отец Климент обратить к Православию и отца своего, и потому между ними была долгая полемика. Желая показать богатство истинно Святой Православной Христовой Церкви, отец Климент дал ему почитать беседы давно почившего профессора Киевской Академии Якова Кузьмича Амфитеатрова "Об отношении Церкви к христианам". Прочитав эту книгу, пастор-отец в недоумении проговорил: "А у нас-то что?". А у них нет ничего. И отец Климент своими доказательствами довел старика отца до того, что он сознался в превосходстве Православной Церкви перед лютеранской; но вовсе не извинительный стыд человеческий препятствовал ему принять Православие, так как он состарился в лютеранстве и притом был пастор очень умный и ученый. В последнее свидание с родителем отец Климент был очень любезно, сравнительно с прежними, принят им и даже получил от него денежное пожертвование на скит рублей 50. Все это очень радовало отца Климента и посеяло в нем надежду на присоединение отца-лютеранина к Церкви Православной. Но вскоре за тем получено было печальное известие о кончине его, что отозвалось в сердце любящего сына глубокой неутешной скорбью. И только старец батюшка отец Амвросий, этот великий врач духовный, мог разгонять налетавшее на отца Климента облако печали и успокоительно действовать на его огорченную душу, отягченную великим крестом, как понимал сам отец Климент.
К концу семидесятых годов отец Климент стал недомогать. Может быть, отчасти причиной тому была нежелательная смерть родителя в лютеранстве, не дававшая покоя по причине злополучной участи его души, отошедшей в вечность. До того отец Климент ходил вместе со скитскими братиями на утренние правила, а теперь он выслушивал их у себя в келлии, и притом лежа на койке под теплым одеялом. Чтецом у него был неизменный его келейник и друг монах Тимон. Несмотря на чувствуемую слабость здоровья, отец Климент не переставал ежедневно ходить к батюшке отцу Амвросию и помогать ему в письмоводительстве. И в свободное время для укрепления сил телесных он стал было делать прогулки по лесу. Однажды, встретившись в скитских воротах с близким ему монахом, он проговорил так серьезно-печально: "Хожу для моциона, да, кажется, уже поздно". В келлиях старца по вечерам он иногда, от ощущаемой им болезненности, издавал тяжелые стоны.
Настала Страстная седмица 1878 года. Отец Климент был еще на ногах, но уже на Светлой неделе его не было видно. Он слег в постель. Незадолго перед тем ему очень хотелось вызвать к себе старшего брата, бывшего в Тамбове инспектором врачебной управы, для свидания, а кстати и желая у него полечиться. Об этом отец Климент и писал ему, но брат-протестант не внял гласу своего родного брата, православного иеромонаха, не поехал. Отца Климента пользовали свой монастырский врач монах Нифонт, бывший в свое время военным доктором, и козельский врач Прусский. И первый определял болезнь воспалением легких, но второй не соглашался. Между тем у отца Климента открылась постоянная икота, которая, впрочем, по его словам, не мешала ему. Прусский для уничтожения икоты велел ему глотать лед малыми кусочками. Средство это хотя оказалось действенным — икота прекратилась, но после того отец Климент совсем уже ослабел, или, как выражался его келейник, как будто его варом сварило. В то время как больной уже не мог вставать с постели, старец батюшка отец Амвросий, видя его опасное положение, предложил было ему через людей принять постриг в схиму. Но отец Климент все еще, вероятно, надеялся на то, что будет чувствовать себя лучше, и потому сказал: "Поправлюсь, схожу к батюшке, сам лично поговорю с ним об этом". Однако он не поправился. Среди болезни его соборовали святым елеем и неоднократно сообщали Святых Христовых Таин. Прошла после Пасхи неделя. И вот 30 апреля, в день воскресный, в Неделю святых жен-мироносиц, отец Климент по окончании скитской литургии, причастившись в последний раз Пречистых и Животворящих Таин Христовых, мирно почил о Господе, оставив по себе добрую память и сожаление в сердцах многих преданных ему людей.