Кратер — вселенная в миниатюре, как в отношении фауны, так и типов местообитаний. Верхняя часть кратера характеризуется типичной горной флорой и фауной, тогда как на дне его представлены характерные равнинные виды.
Прогулка по краю кратера для приехавшего из лесов Абердэр кажется возвращением в родную стихию: в воздухе носятся старые друзья — нектарницы, ткачики и мухоловки, на деревьях висит тот же «испанский мох», так же прохладно и туманно. Угольно-черные огромные буйволы, бродящие около гостиниц, словно полуручные, в лесах Абердэр чувствовали бы себя как дома. Здесь водятся даже большие лесные свиньи, хотя они и менее заметны, чем их соплеменницы в Абердэр.
Помимо названных птиц в Нгоронгоро представлены и другие виды, которые свидетельствуют, что горные леса в разных частях Восточной Африки оказались обособленными достаточно давно, чтобы там развились специфические виды. Наиболее яркий пример — турако. В отличие от турако Хартлауба, который в лесах Абердэр часто сидит на дереве у всех на виду и кричит, обыкновенный турако в Нгоронгоро более робкий и молчаливый. Зато со своим длинным элегантным хохолком и блестящими красными крыльями он выглядит импозантнее, чем турако Хартлауба с его одноцветным зеленым оперением с металлическим отливом.
Когда край кратера окутан дождевыми облаками и непроницаемым туманом, озеро на дне его часто освещено солнечными лучами. Розовая пена, словно окаймляющая озеро, при близком рассмотрении оказывается тысячами фламинго. Уровень воды зависит от количества выпадающих над кратером осадков (не более 760 миллиметров в год — примерно как в Серенгети), кроме того, ее запасы пополняются за счет ручьев, стекающих по лесистым стенкам кратера. Иногда над кратером льют проливные дожди, что оказывает пагубное воздействие на природу. Наибольшее количество осадков, выпадающих в этом районе, — 1150 миллиметров. Избыток влаги отражается на растительности. Леса Ле-рай частично затапливаются на длительное время, и гибнет много эвкалиптовых деревьев.
В кратер спускаются по двум тропам, искусно вырубленным в его стенке и предназначенным только для туристов. У масаев есть другие тропинки, по которым они перегоняют вниз скот, а дикие животные заходят в кратер и выходят из него своими путями. В кратере не встретишь жирафов, но это не значит, что они не могут-спуститься туда, — просто там нет всего необходимого для их пропитания. Зато много жирафов встречается на окружающих кратер возвышенностях.
Таким образом, происходит постоянное движение в кратер и обратно, хотя он во многих отношениях и представляет собой обособленную экосистему, то есть некоторые животные проводят там всю жизнь. Среди них в: первую очередь надо назвать гиппопотамов, обитающих в озере. Полагают, что предки их проникли в кратер тысячи лет назад во влажный период. Хотя озеро располагается на 600 метров ниже окружающей территории, Нгоронгоро следует рассматривать как экологический остров, обитатели которого находятся в равновесии с окружающей средой, пока функционируют механизмы природного контроля.
Отдельные виды животных изучены в Нгоронгоро обстоятельно, поскольку этот ограниченный и обозримый район идеально подходит для данной цели, однако миграции здесь еще исследованы довольно плохо. По поводу гну можно лишь сказать, что только некоторые особи мигрируют из кратера, а большая часть популяции постоянна. Что же касается носорогов, то некоторые из них иногда покидают кратер и им плохо приходится в обжитых местностях, большинство же всю жизнь проводят там. О миграционных движениях можно судить по извилистым тропинкам, проложенным дикими животными на стенках кратера.
На дне кратера удивительное многообразие местообитаний. В нижнем ярусе кратера, чуть выше озера, в сухой каменистой местности, поросшей колючими кустарниками, живет пара дикдиков. Ниже, на равнине, водятся гну, зебры и газели. Здесь мы снова встретим большеухую лисицу и два вида шакалов, обитающих и в Серенгети, они разделяют общество третьего вида — полосатого шакала. Нгоронгоро — одно из немногих мест, где есть шанс в течение одного часа увидеть все виды африканских шакалов. Самая глубокая часть кратера занята упоминавшимся озером, окруженным болотами, куда приходят слоны и буйволы. Вблизи болот, в зарослях кустарников можно встретить больших редунок, или тростниковых козлов, а также крупных антилоп — канн. Наконец, здесь есть два небольших лесных массива, в которых обитают импалы, конгони, бушбоки, водяные козлы и павианы. Изредка попадается и леопард.