Перспектива еще одного боя на равнине приводила де Кантерака в ужас. Воспользовавшись наступившей темнотой, де Кантерак совершил, наверное, самое длинное отступление из известных в военной истории. За два дня его войско прошло семьдесят миль до своего штаба в Хаухе, а затем еще триста миль к реке Апуримак.
Это было захватывающее зрелище, похожее на схватку средневековых рыцарей: сражение возле озера на горной равнине. Бой длился не больше часа. И почти без выстрелов. Были слышны только топот копыт, лязг копий и крики раненых. Хорошо экипированные испанские драгуны, шлемы которых сверкали в лучах холодного горного солнца, были наголову разбиты объединенными войсками патриотов, состоявшими из полуголых длинноволосых льянерос, одетых только в набедренные повязки и шапки из шкуры ягуара, аргентинских всадников и перуанских полков в неизменных пончо.
Испанцы потеряли около тысячи человек убитыми и взятыми в плен. Патриоты захватили также семьсот мушкетов и большое количество боеприпасов. Испытанный кавалерийский маневр льянерос не подвел патриотов и в этот раз. Кавалерийская атака, доведенная до совершенства на венесуэльских равнинах, в сражении у Озера королей внесла сумятицу во вражеские ряды и не оставила испанцам шансов на победу.
Де Кантерак отступил в Куско. Ла Серна уже получил известие о его сокрушительном поражении. Утешила только блестящая победа генерала Вальдеса над Оланьетой в Верхнем Перу. Потеря Хунина привела Ла Серну в ужас. Он приказал Вальдесу немедленно возвращаться в Куско. Там он сосредоточил всю испанскую армию, насчитывавшую двадцать тысяч человек.
Узнав об этом, Боливар решил не вступать в бой с испанцами до конца сезона дождей. Оставив Сукре исполнять обязанности главнокомандующего, Боливар отправился на север. В октябре он прибыл в Уайлас, где его встретила страстная молодая подруга Мануэла Мадроньо. Несмотря на победу, одержанную в Хунине, Боливар был настроен пессимистически. Он хотел создать «свободное» государство в Северном Перу, но победить в горах огромную испанскую армию было очень трудно.
Сантандер, фактически управлявший Колумбией, по-прежнему мешал Боливару. Лидеры Новой Гранады были благодарны Боливару за освобождение своей страны, но они не желали объединения с Венесуэлой. Тот факт, что президент Венесуэлы стоял выше президента Новой Гранады, оскорблял их. Боливар убеждал их, что поражение патриотов в Перу станет угрозой существованию Великой Колумбии, но его аргументы не произвели должного впечатления. Колумбийцы вовсе не хотели посылать свою армию на помощь Боливару. Они также опасались, что люди, подобные Сукре, который стал командующим армией Боливара в Перу, по возвращении Освободителя будут назначены на командные посты в Колумбии.
Сантандер обратился к конгрессу с просьбой рассмотреть вопрос о законности получения Боливаром ассигнований для похода в Перу. Как Сантандер и предполагал, конгресс не только признал незаконным требование Боливара об ассигнованиях, но и лишил его самого звания главнокомандующего колумбийскими войсками в Перу. Таким образом президент Колумбии лишился официального военного статуса.
Узнав об этом, Боливар обратился к конгрессу со словами: «Я прошу принять мою предыдущую просьбу об отставке. И сообщу всем о ваших интригах против меня». Сукре и его офицеры отказались принять отставку Боливара. Сантандер, находившийся в Новой Гранаде, никак не мог этому воспрепятствовать.
Боливар вынужден был распрощаться со своей возлюбленной и спуститься с гор на побережье. Сукре предполагал, что испанцы тоже покинут горы и через Арекипу двинутся на побережье. Боливар считал такое развитие событий маловероятным. Он оказался прав: это был всего лишь обманный маневр. Роялисты на самом деле решили выступить из Куско и зайти в тыл войск Сукре, отрезав ему пути отступления на север. Однако Сукре разгадал намерения испанцев и тут же отступил, сумев избежать нападения с фланга. Отступающего Сукре преследовала испанская армия, превосходившая его численно. Испанцы пытались навязать Сукре боевые действия на невыгодной для него горной местности. Сукре же решил поиграть с испанцами в кошки-мышки: он осторожно отступал по горному хребту. Однажды, чтобы избежать засады, его солдаты всю ночь шли в полной темноте.