Через несколько дней Сантандер узнал о восстании, вспыхнувшем в гарнизоне Лимы. Восстание было направлено против патриотов. Его возглавлял офицер из Новой Гранады Хосе Бустаманте. Мануэлита переоделась солдатом и проникла в гарнизон, чтобы помочь подавить восстание. Ее узнали, схватили и посалили на корабль, отплывающий в Гуаякиль. Там она безуспешно попыталась обольстить Кордову, героя Айякучо. Вместе они отправились в Кито.
Санта-Крус подавил восстание, но Бустаманте удалось скрыться. Он бежал в Гуаякиль и там вновь поднял восстание. Трудно сказать, имел ли Сантандер прямое отношение к восстанию Бустаманте. В любом случае оно не огорчило его. Он ликовал в Санта-Фе-де-Боготе.
В Лиме старая перуанская аристократия воспользовалась восстанием как предлогом для отмены конституции Боливара. С момента учреждения конституции прошло всего пол-года. Президентом Перу был избран маршал де Ла Мар. Он занял место ставленника Боливара Санта-Круса. Старая гвардия блокировала радикалов.
Боливара возмутило то, что Сантандер поддержал восставших. «Коварный Сантандер… Я не верю ни его нравоучениям, ни его чувствам», — говорил после этого восстания Боливар. Огорченный, он написал Сантандеру, что больше не нуждается в его помощи. Сантандер, в свою очередь, заявил, что больше никогда не будет ему помогать.
Империя, созданная Боливаром, трещала по всем швам. Семейные дела также шли не лучшим образом. Боливар всегда уделял много внимания родственникам. Забота о них — одна из самых привлекательных черт его характера. Он усыновил детей своего умершего брата Хуана Висенте. Боливар был не особенно близок со своей сестрой Хуаной, но ее дочь Бенигну просто обожал. С особой нежностью он относился к сестре Марии Антонии. Она вела имущественные дела семьи в его отсутствие и стойко переносила неприятности, связанные с ее неблагополучным сыном Анаклето. Он бросил жену и детей, связался с нечистыми на руку людьми и по уши влез в карточные долги. Для Анаклето Боливар был суровым дядей. Он писал ему:
«Так вот чем ты отплатил мне за то, что я послал тебя получать образование в Европу, а своей матери за то, что она старалась сделать из тебя хорошего человека! Стыдись! Посмотри на бедных, необразованных льянерос. Они не учились в школе, но война за независимость сделала их благородными людьми и добропорядочными гражданами. Они заслужили уважение, и это уважение никак не связано с моим именем. Стыдись! Ведь ты мой племянник. У тебя такая замечательная мать! Неужели тебе не стыдно быть хуже бедных партизан, у которых вообще нет семьи, для которых семьей стало наше отечество?»
Свою племянницу Фелисию, дочь одного из братьев, Боливар под угрозой лишения наследства заставил выйти замуж за одного из офицеров-мулатов — генерала Лауренсио Сильву. Свадьба была скромной. Возможно, Боливар выдал свою племянницу за мулата по политическим соображениям. Он хотел показать, что цвет кожи человека для него не имеет значения. Но в то же время жестоко было выдавать девушку замуж против ее воли. Она считала этот союз позорным. Ее семейная жизнь не принесла ей счастья. Брат Фелисии Фернандо Боливар был отправлен учиться в университет Виргинии. Оттуда он регулярно посылал своему дядюшке письма.
Боливар посвятил свою жизнь служению обществу. Он был абсолютно бескорыстен и неподкупен. Ему нужна была только слава. Он никогда не задумывался об увеличении своего богатства. Деньги не имели для него ценности. От других он также требовал предельной честности в финансовых делах. Вот что написал об этом О’Лири:
«Какой-то человек однажды пожаловался, что министр Унануэ задолжал ему значительную сумму денег. (Боливар) немедленно приказал, чтобы эта сумма была выплачена из его собственных фондов. Он не любил, когда ему предъявляли счета торговцы, кроме тех случаев, когда их нанимало государство. С торговцами он был не просто экономен, а даже жаден. А вот случай с ремесленником, который делал саблю, подаренную Боливару. Ремесленника нанял муниципалитет Лимы. По окончании работы городские власти вычли у бедняги тысячу песо. Ремесленник пожаловался Боливару, и тот тут же заплатил ему…»