В Новой Гранаде произошло особенно много мятежей. Они были не столь значительны, но Боливару уже трудно было с ними справляться. Целью «черной революции» генерала Падильи в Картахене было свержение Сантандера с президентского поста. Страшным ударом для Боливара стало восстание генерала Кордовы в Антиокии. Молодой герой Айякучо поднял мятежное знамя против Боливара и был убит британским легионером. Почти наверняка это произошло не по приказу Боливара. О’Лири подавил восстание в Антиокии. О Кордове он написал: «Его самомнение было безграничным, а знание жизни недостаточным… сражаясь, как лев, он упал и, суровый, гордый и нераскаявшийся, испустил дух».
Боливар не очень охотно занимался выгодным размещением финансов Великой Колумбии и делал все, что было в его силах, для оживления экономики страны.
Однако в то время экономическое положение государства мало интересовало элиту. 25 сентября 1828 года в Боготе в доме некоего Луиса Варгаса Техады собралось много людей. Среди них были командующий артиллерийским батальоном подполковник Карухо и двое штатских активистов — Аугустин Эрмет и Флорентино Гонсалес. Эрмет и Гонсалес были руководителями оппозиционного Боливару «комитета общественного спасения». Это собрание происходило с молчаливого согласия начальника штаба армии полковника Герры и самого Сантандера, который, правда, не принимал активного участия в заговоре. Он хотел, чтобы активные действия начались после его отъезда в Соединенные Штаты Америки.
Гонсалес писал об этом: «Необходимо, чтобы пролилась кровь. Без крови не обходится ни одно великое восстание народа против тиранов. Мне было нелегко принять это жесткое решение. Двадцать гражданских лиц и двадцать пять военных под командованием Карухо в полночь должны будут ворваться во дворец правительства и захватить Боливара живым или мертвым».
…Они убили двух сторожевых собак возле дворца, закололи стражу и прорвались во дворец, тяжело ранив личного телохранителя Боливара Ибарру. Молодой британский легионер Уильям Фергюссон, защищая спальню Боливара, погиб от ножа заговорщика.
Мануэлита Саэнс была в это время вместе с Освободителем в спальне. Она оставила воспоминания об этой ночи:
«Я услышала странные звуки. Это, должно быть, убивали стражу. Я разбудила Освободителя. Он сразу же схватил саблю и пистолет и бросился к запертой двери. Я удержала его и заставила одеться. Он быстро оделся и сказал: „Что ж, теперь я готов к бою!“ — и вновь попытался открыть дверь. Я опять остановила его. „Помнишь, как ты сказал Пепе Парису, что из этого окна можно легко выпрыгнуть?“ — напомнила ему я. Спальня находилась на первом этаже. „Ты права“, — кивнул он и подошел к окну. Мимо окна проходили какие-то люди, поэтому я посоветовала ему подождать. Когда люди исчезли, я подала ему сигнал. Дверь продолжали выламывать.
Я хотела задержать заговорщиков, чтобы Боливар успел скрыться. Когда я появилась перед заговорщиками, они тут же схватили меня. „Где Боливар?“ Я сказала, что он в зале заседаний. Это было первое, что пришло мне в голову. Они обыскали дальние комнаты. Войдя в спальню, обнаружили открытое окно и закричали: „Он бежал! Он скрылся!“
Я поспешила успокоить их: „Уверяю вас, джентльмены, он здесь, в зале заседаний“. „А почему открыто окно?“ — продолжали допрашивать меня ворвавшиеся в дом заговорщики. „Это я только что открыла его, чтобы узнать, в чем дело“, — пояснила я».
Один из заговорщиков предложил убить Мануэлиту, но остальные начали ее избивать. Они так сильно избили женщину, что она не могла встать с постели двенадцать дней. Боливар пробирался по темным улицам города в сопровождении верного слуги Хосе Паласио. Они спрятались под мостом Кармен, соединявшим берега реки Сан-Аугустин. Через два часа Паласио отправился на разведку. Затем вернулся и отвел Боливара в штаб полка, которым командовал верный ему командир Варгас. Порядок тем временем был восстановлен.
Захватив чью-то лошадь, Боливар вместе со своими солдатами отправился на площадь. Там его уже ждала Мануэлита. Едва встав на ноги, она тут же отправилась на его поиски. «Вы освободили Освободителя», — обращаясь к ней, Боливар повторил слова, когда-то сказанные им Бермудесу.
По дороге домой Боливар предотвратил казнь людей, которых обвиняли в покушении на его жизнь. Боливару сказали: «Эти люди хотели убить вас». Но Боливар возразил: «Они хотели убить не меня, а страну». Генерал Рафаэль Урданета, один из самых преданных командиров Боливара, настаивал на казни зачинщиков заговора. Но Боливар был за то, чтобы сохранить Сантандеру жизнь. Сантандер тем временем скрывался в доме Урданеты, спасаясь от гнева толпы, жаждавшей расправиться с заговорщиками. Его сослали во Францию. Он вернулся оттуда только в 1832 году — уже в качестве президента Колумбии. Боливар наконец-то избавился от своего недруга.