У Кокрейна, однако, были свои методы. Корабль с казной Сан-Мартина — «Сакраменто» — только что отплыл из Кальяо в Анкон, следуя вдоль побережья. Убедившись, что экипаж его поддерживает, Кокрейн бросился в погоню за «Сакраменто», взял его на абордаж и забрал приличный груз серебра и семь мешков золота. Реально его добыча составила — в пересчете — около 285 000 долларов. Он расплатился со своими людьми, а 40 000 отдал армии — к чести Кокрейна, следует отметить, что себе он не взял ни гроша. Разъяренный Сан-Мартин приказал ему вернуться в Лиму, но вместо этого он бросился в погоню за испанскими фрегатами «Венганса» и «Пруэба», которые до сих пор постоянно ускользали от него. К январю 1822 года он добрался до Акапулько в Мексике, но так и не нашел их. Ему стало известно, что они укрылись в Гуаякиле, но, прежде чем он смог настичь их, они сдались представителям Сан-Мартина. Обозленный этим и опасаясь ареста и расстрела, Кокрейн предусмотрительно миновал Лиму и на всех парусах направился на юг — в Вальпараисо, где его ожидал восторженный прием. Он всюду твердил о вероломстве Сан-Мартина и его попытке обмануть Чили, захватив ее эскадру. Позднее, когда Сан-Мартин оказался в изгнании, Кокрейн сделал все, чтобы арестовать и посадить его. Сам же О’Хиггинс поддерживал обе стороны. Он писал Кокрейну:
«Я приношу Вам и доблестным офицерам под Вашим началом самую горячую благодарность за Вашу верность и героизм, проявленные в борьбе за дело Чили… У Вас нет более причины получать приказы из Лимы, ни прямые, ни косвенные, поскольку с момента провозглашения декларации о независимости этой страны под протекторатом Сан-Мартина предоставленные ему временные полномочия для командования флотом кончаются… Мы ни в коей мере не должны объявлять его пиратом, ибо он может прибегнуть к блокаде или же вступить в союз против нас с какой-либо другой страной».
Кокрейн видел, что О’Хиггинс все больше попадает под влияние коррумпированного, склонного к интригам советника Родригеса Альдеа. Кокрейн восхищался О’Хиггинсом, однако так написал о нем:
«Поскольку сам он никогда не был причастен к низким и грязным делам, то и в других всегда видел честность и порядочность. Хотя он, как и Бурке, был убежден, что „все, что нарушает нормы морали, не может быть правильным и в политике“, а следовательно, бесчестная политика — неизбежное зло правления; как таковая политика была противна его собственной натуре, и он с легкостью перекладывал администрирование на других, которые не были отягощены его совестливыми принципами».
Он попытался открыто предостеречь О’Хиггинса: «Я хочу представить вашему превосходительству еще одно свидетельство моей привязанности, умоляя вас открыть глаза на всеобщее недовольство как явными, так и тайными действиями министра Родригеса».
Кокрейн оставался в Вальпараисо, пытаясь добиться выплаты всех призовых денег, которые, как он полагал, ему причитались. Затем образовались перспективы новой авантюры: к нему обратились с просьбой оказать помощь в утверждении независимости Бразилии. 18 января 1823 года, вскоре после прибытия в Чили парохода «Восходящая звезда», который Кокрейн заказал еще до отъезда в Южную Америку, он вновь отправился в полное опасностей плавание вокруг мыса Горн, сделав краткое заявление: «Вы знаете, что независимость добывается острием клинка, а также и то, что свобода зиждется на доброй вере и законах чести. И те, кто преступают через них, являются вашими единственными врагами, среди этих имен вы никогда не найдете имени лорда Кокрейна». Это было редкое, несвойственное ему, мудрое и трогательное заявление человека, которого всегда считали лишенным политического чутья.