Идальго подружился с Игнасио Альенде, командующим в маленьком близлежащем городке Керетаро, и с его коллегой Хуаном Альдамой, с местным промышленником Мигелем Домингесом и его пылкой женой, позже известной как Ла Коррехидора. Все они были тайными революционерами. Ла Коррехидора была связана с ним в начале 1807 года по организации «Ла Сосьедад де лос Гуадалупес», объединявшей креолов среднего класса, и по сети «хунт безопасности», созданных якобы для предотвращения усиления влияния Франции на Мексику, а на самом деле занимавшихся тайной вербовкой людей, настроенных против правительства. Альенде пытался в письме Идальго объяснить:
«Мы решили действовать осторожно, скрывая свои цели. Если бы движение было откровенно революционным, оно бы не получило поддержки широких народных масс… Так как местные жители с безразличием относятся к слову „свобода“, необходимо заставить их думать, что восстание предпринимается в интересах короля Фердинанда».
Группа приступила к подготовке восстания, которое должно было начаться в декабре 1810 года. Цели восстания — независимость от Испании и улучшение жизни бедных. Состоятельные креолы, поддерживавшие отца Идальго, как и сам мятежный священник, думали, что они выступают лишь за давно назревшие политические и социальные реформы. Однако просочилось слово «заговор», и в сентябре несколько членов организации были арестованы. Идальго, Альенде и Альдама бежали из Керетаро и 16 сентября собрались в церкви священника в Долоресе. Опасаясь расстрела в случае их поимки, Идальго начал звонить в церковные колокола, созывая крестьян с полей. Собрались сотни людей. Идальго, священник бедного прихода, человек, которому уже было далеко за пятьдесят, обратился к ним со страстной речью, которая известна как «Клич Долореса». Не существует дословной записи этой речи, но он призывал к свободе, говорил о перераспределении земли и о поддержке Девы Гуадалупе, покровительницы всех индейцев. «Да здравствует свобода!» — провозгласил он. «Да здравствует Дева Гуадалупе!», «Смерть гачупинам!» — кричала толпа в ответ. Он спровоцировал народное восстание, масштабов которого сам не ожидал и которое не мог контролировать. Этот день — 16 сентября — считается первым днем мексиканской независимости, хотя ничего подобного на самом деле не было.
Неся знамя Девы Гуадалупе, Идальго вел фермерских рабочих и заговорщиков из среднего класса на город Сан-Мигель. Сотни людей с ближних шахт и ферм присоединялись к ним. Под влиянием Альенде гарнизон города Сан-Мигель присоединился к восставшим. Но как только толпа, уже разросшаяся до нескольких тысяч, вошла в город, она начала громить и грабить лавки и дома, принадлежавшие белым. То же самое произошло в городе Селайя и самом Керетаро. Загородные дома также подвергались грабежам, а урожаи уничтожались. Альенде призывал Идальго встать во главе революционеров и ввести дисциплину, но тот отказался, и бесчинства продолжались. Десятки белых жителей были убиты.
К 28 сентября толпа добралась до столицы провинции — города Гуанахуато. Командующий местным гарнизоном собрал все белое население в зернохранилище города, добротном складском помещении, и приказал милиции открыть огонь по повстанцам. Около двух тысяч человек были расстреляны, что привело людей в исступление. Разъяренная толпа снесла двери, ворвалась внутрь и буквально растерзала пятьсот человек. Лукас Аламан, первый историограф Мексики, который в восемнадцать лет пережил это побоище, так описывает его: «Когда повстанцы взяли Алондигу, зернохранилище, они дали волю ярости. Напрасно люди на коленях молили о пощаде… Здание являло собой ужасное зрелище: везде были разбросаны хранившиеся там продукты питания, обнаженные тела убитых были наполовину погребены где под зернами кукурузы, где под деньгами, все вокруг было залито кровью».