Колчаковские власти отвечали жестокими репрессиями: казнями, расстрелами и массовыми, повальными арестами. Кровавые расправы колчаковцев отталкивали от них все слои общества, даже их союзников. Колчаковцы могли опираться теперь только на оголтелых контрреволюционеров, бандитствующие элементы и преступников. А эта опора была ненадежной.
В городах и селах Сибири рождалась огромная ненависть к Колчаку. Земля горела под ногами его приспешников. В Бурятии росли и крепли подпольные большевистские организации. Тайга стала союзником народных мстителей — партизан, делала их неуловимыми.
Для армии Колчака таежная тропа превратилась в страшного врага, где из-за каждого дерева можно было ждать выстрела или удара в спину. Летом 1919 г. в Приангарье началась активная партизанская война. В каждой партизанской группе, в каждом отряде появились представители большевистских комитетов, цементировавшие партизанские силы и направлявшие их деятельность на борьбу за восстановление Советской власти.
Из таежных зарослей Саянских гор вышли партизаны Н. А. Каландарашвили. Начали организованную борьбу па берегах верхней Ангары отряды Рютина и Карнаухова. Встало под знамена партии и революции население бурятских улусов Приангарья — партизанские отряды во главе с Балтахиновым. На железной дороге, в районе Нижнеудинск — Тайшет — Шитка, активизировались партизанские отряды Баерского и Шиткинского фронтов. В низовьях Ангары действовал отряд Бурлова. Подняли восстание против колчаковцев солдаты карательного отряда Мамаева, и под руководством большевика Д. Е. Зверева выступили партизанские отряды и группы Степана Романова и Василия Перфильева.
Уже с середины лета 1919 г. партизанская борьба получила такой размах, что из партизанских отрядов были образованы полки, дивизии, а затем Северо-Восточный фронт Сибири.
События развивались с такой молниеносной быстротой, что за каких-нибудь полгода политическая активность трудящихся достигла небывалого уровня, гигантское партизанское половодье залило всю Сибирь, мощное партизанское движение во взаимодействии с войсками Восточного фронта к концу 1919 г. окончательно разгромило колчаковщину.
Победа над колчаковщиной и восстановление в Иркутской губернии Советской власти поставили перед партийными организациями губернии, уездов, районов и аймаков много неотложных и трудных задач по строительству мирной жизни. Для этого периода было характерно укрепление влияния партийных организаций среди трудящихся, рост их рядов.
При Иркутском губкоме РКП (б) была создана Бурятская секция. Основной ее опорой стала Ангарская аймачная партийная организация. Бурятская секция РКП (б) и аймачные комитеты уделяли большое внимание правильной расстановке сил, использованию, выдвижению и подготовке кадров. Организовывались и работали кружки политграмоты, был утвержден перспективный план учебы коммунистов н актива: коммунисты-буряты посылались на учебу в Иркутск, Москву и Ленинград.
Бурятские коммунисты возглавили широкое народное движение за создание национальной государственности, организацию местных органов власти, они обогащались опытом во всех областях общественно-политической жизни. С помощью губернской партийной организации бурятские коммунисты провели немало важных мероприятий по приобщению местного населения к строительству новой жизни.
Партийная организация Бурятии выдвинула в эти бурные годы из своей среды таких крупных партийных и государственных деятелей, как М. М. Сахьянова, М. Н. Ербанов, С. X. Николаев, В. И. Трубачеев, М. М. Амагаег, И. С. Архинчеев, Г. Г. Данчинов, Ф. М. Осодоева, А А. Маркизов, Д. Д. Доржиев и др.
Уже в первой половине 1920 г. в губернии, в том числе в национальных бурятских округах, были решены вопросы административного устройства. В частности, была создана советская система управления аймаками. В административном отношении аймаки делились на хошуны, хошуны — на булуки. В аймаках были созданы аймачные, в хошунах — хошунные и в булуках — булучные ревкомы. Большую помощь бурятским аймакам оказывала Черемховская партийная организация.
В ноябре — декабре 1920 г. были проведены выборы в Советы, а 20–21 декабря — первые съезды Советов рабочих и крестьянских депутатов в Ангарском и Эхирит-Булагатском аймаках. Советы приступили к решению самой неотложной и самой сложной задачи — к восстановлению народного хозяйства, развитию сельского хозяйства, национально-культурному строительству.
В 1920 г. с территории Монголии в Бурятию проникли отряды ставленника Колчака — «кровавого барона» Унгерна. Совместно с частями 5-й армии трудящиеся Бурятии, в первую очередь коммунисты и комсомольцы, разгромили банды Унгерна, потерпевшего окончательное поражение на территории Монгольской Народной Республики.