В сентябре тридцать девятого он возглавил Следственную часть НКВД СССР, а зимой следующего, сорокового, подписал обвинительное заключение по делу Ежова уже как начальник Следственной части. Меньше чем через месяц после расстрела Ежова Сергиенко отправили заместителем наркома НКВД УССР и одновременно начальником управления по недавно захваченной у Польши Львовской области. После репрессий тридцатых, несколько раз смывавших всю верхушку украинского НКВД, Хрущёв держал во главе наркомата своих людей. Берию, да и Сталина это не устраивало. В феврале сорок первого Сергиенко стал наркомом.
Безусловно, он был человеком Берии, его глазами и руками в Киеве, и свою лояльность доказывал не раз. Летом сорок первого, решением Хрущёва и командующего Юго-Западным фронтом Кирпоноса, штаб фронта был перемещён из Киева на левый берег Днепра, в Бровары. Сергиенко немедленно сообщил Берии, что Хрущёв готовит сдачу украинской столицы немцам. Берию не интересовало, так это или нет, он просто доложил Сталину.
На всю жизнь запомнил Хрущёв ночной звонок взбешённого Сталина. Его угроза расстрелять как предателя и в другое-то время вышибала ледяной пот, а в сорок первом звучала совсем уж жутко. Хрущёв тогда сумел оправдаться, но о сталинском звонке не забыл и свой панический испуг не простил Сергиенко никогда.
В сентябре, бросив подчинённых, Сергиенко пришел в родной Харьков и какое-то время жил в оккупации, сменив имя. Вскоре его объявили в розыск, немцам донесли, что глава украинского НКВД находится в городе. Отсиживаться дальше в Харькове стало опасно, так, наконец решившись, он перешёл линию фронта и явился в НКВД. Сергиенко должны были допросить, проверить и решить, как быть дальше, номинально всю осень он оставался наркомом, но не последовало ровно ничего — ни допросов, ни проверок. Берия прикрыл своего человека.
К тому времени работой структур, оставшихся от украинского НКВД, уже руководил замнаркома Савченко. К нему стекалась вся информация с оккупированной Украины, он управлял резидентурами, он же подписывал доклады в украинский ЦК и отчёты для союзного наркомата. Доступ к оперативной работе Сергиенко утратил и не решался что-то резко менять, его положение и без того было шатким.
Защищая Сергиенко, Берия отчасти защищался сам, но его содействие относилось только к прошлому, на текущую работу оно уже не распространялось. Кто знает, в самом деле, с кем встречался в оккупированном Харькове сбежавший нарком и не завербован ли он немцами? Больше месяца Сергиенко пытался понять, в каком он теперь статусе, и как в наркомате решили с ним поступить, в конце концов, именно от этого решения все зависело. Но внятных сигналов он не получал, да и никто не получал — зимой сорок первого года Москве было не до Сергиенко, а каждый день без видимой работы только приближал его перевод на какую-нибудь второстепенную должность и конец карьеры.
Сергиенко мало понимал в разведке, зато он был специалистом в репрессиях. На оккупированной территории остались сотрудники НКВД, не сумевшие выйти на советскую территорию и, по-видимому, не стремившиеся к этому. Конечно, каждый из них был предателем, но некоторые ещё и опасными предателями, потому что лично знали офицеров, оставленных для подпольной работы. Сергиенко не сомневался, что в Москве по-прежнему внимательны к разоблачениям. Он умел находить предателей и ликвидировать их, он знал, кому такую работу можно поручить.
Если Василий Сергиенко был человеком Берии, то Вениамин Карлин, определённо, человеком Сергиенко. Их карьеры начинались похоже — в тридцать восьмом Карлин ещё работал на пивоваренном заводе в Ленинграде. Он окончил четырёхмесячные оперативные курсы, около года служил в Краснодарском крае, в ноябре тридцать девятого получил назначение на Западную Украину. Весной сорокового, когда в управление НКВД по Львовской области пришел Сергиенко, Карлин занимал должность замначальника областного отдела контрразведки.
Больше миллиона украинцев, евреев, поляков из западных областей Украины, вдруг оказавшихся советскими гражданами, были депортированы в Сибирь и Казахстан или отправлены в лагеря в предвоенный год — уже тогда Сергиенко знал, чего ждут в Москве. На новом месте ему требовались люди без долгого чекистского прошлого, без связей и знакомств, молодые офицеры с чистыми биографиями, не отмеченные дружбой с расстрелянными врагами, способные быстро организовывать массовые акции. Карлин оказался именно таким. Весной сорок первого он возглавил областной разведотдел, а когда началась война и область заняли немцы, получил место заместителя начальника управления разведки республиканского наркомата.