Что же заставило завоевателя покинуть Москву? На такое его решение повлияли многие факторы. И упорное нежелание русского правительства вступать в переговоры, и начавшееся разложение французской армии, и действия русских партизан и ополченцев (за пять недель войска Наполеона потеряли свыше 30 тыс. солдат и офицеров), и тревожные сообщения из Франции, где поднимала голову оппозиция, и нараставшая мощь русской армии, из Тарутина угрожавшей главной коммуникации Наполеона. В том или ином сочетании эти обстоятельства приводятся историками, когда они объясняют оставление французами Москвы.
Была и еще одна, может быть, наиболее веская причина. В середине сентября активизировались русские войска, находившиеся на флангах, Отдельный корпус под командованием П. Х. Витгенштейна перешел в наступление и овладел Полоцком. На Волынь прибыла Дунайская армия под командованием адмирала П. В. Чичагова. Французское командование внимательно следило за перемещением этой армии и пыталось определить ее предназначение. Наполеон считал ее немногочисленной и думал, что она будет направлена для подкрепления войск Кутузова. Командующий австрийским корпусом фельдмаршал К. Шварценберг, наступавший на Украину с северо-запада, считал, что Дунайская армия будет действовать против его войск. 12 сентября он доносил начальнику Генерального штаба маршалу Л. А. Бертье, «положение и сейчас затруднительно, но может сделаться еще более серьезным». Донесение Шварценберга поступило в наполеоновскую ставку 24 сентября и вызвало беспокойство. Первая мысль французского императора была об измене вассалов: «Австрийцы и пруссаки — враги, находящиеся у нас в тылу», — заявил он. Но особое опасение вызвало прибытие на Волынь Дунайской армии. Наполеон разгадал намерение русского командования встречным наступлением войск с севера и юга перерезать коммуникации французов, отрезать их от тылов. Бертье посоветовал императору «как можно скорее осуществить его первый проект: покинуть Москву и отойти поближе к Польше, так как это поставит преграду всяческим злым умыслам и удвоит наши силы».
С 24 сентября началась подготовка отступления. Наполеон отдал ряд приказов, отражающих его стратегический план ведения войны на новом этапе. Шварценбергу, под командованием которого находился еще и саксонский корпус генерала Ж. Ренье, Наполеон приказал удерживать занимаемые позиции и не допустить продвижения Дунайской армии на северо-восток. Два послания он направил своему тестю — австрийскому императору Францу I. В первом он просил «усилить князя Шварценберга, чтобы он не уронил чести австрийского оружия». Во втором, направленном через два часа после первого, потребовал двинуть в тыл русских войск корпус генерала Г. Рейсса, стоявший в Лемберге (Львове), и направить Шварценбергу 10-тысячное пополнение. «Я сам наметил послать 3 тыс. пехоты, чтобы возместить его потери», — заканчивал свое послание Наполеон. Следовательно, 30-тысячный австрийский корпус должен был получить пополнение в 13 тыс. человек. Своему «старому соратнику», как уважительно называл Наполеон маршала К. — П. Виктора, он подчинил все войска (свыше 40 тыс. солдат и офицеров), расположенные в Смоленской губернии и Южной Белоруссии. Они должны были поддерживать, в зависимости от обстановки, либо группировку Шварценберга, либо корпус маршала Л. Гувиона Сен-Сира, противостоявший войскам Витгенштейна.
В тот же день, 24 сентября, французский император предписал своему посланнику в Варшаве ускорить набор рекрутов в герцогстве Варшавском, сформировать отряды польских «казаков» численностью 30–40 тыс. человек и немедленно послать их Шварценбергу. Наполеона тревожили потери саксонского корпуса Ренье. «Напишите в Саксонию, — дал он указание своему министру иностранных дел Г. — Б. Маре, — чтобы прислали пехотинцев, кавалеристов и артиллеристов для пополнения саксонского корпуса», 15-тысячной дивизии генерала Дюрютта, расположенной под Варшавой, было приказано форсированным маршем следовать на соединение с австро-саксонскими войсками. В директиве Маре от 26 сентября Наполеон сетовал на бездействие австрийских войск в Галиции и предписывал своему министру через Шварценберга и французского посланника в Вене воздействовать на австрийское правительство. «Передайте, — требовал он, — что меня очень удивляет то, принц Рейсе не делает движения в тыл русских войск». В те же дни он просил свою супругу, дочь Франца I: «Пиши чаще своему отцу, рекомендуй ему усилить корпус Шварценберга». Заметим, что до этого с подобными просьбами Наполеон к Марии Луизе не обращался.