Александр Павлович Болотников пошел по стопам отца; в год отставки последнего (1890) он поступил в морское училище, уже в 1893 г. на крейсере «Князь Пожарский» совершил первый выход в море. В 1895 г. он совершил плавание по Финскому заливу под командованием капитана II ранга Михаила Николаевича Беклемишева - одного из первых конструкторов мин и торпед для флота. Общение с Беклемишевым, очевидно, в значительной степени повлияло на выбор Болотниковым специальности минера. В августе 1895 г. Александр был произведен в гардемарины, а в 1896 г., по окончании училища, - в мичманы и зачислен в 6-й флотский экипаж. В 1897 г. на канонерской лодке береговой обороны «Ерш» он участвовал в проведении гидрографических работ на Балтике, заведовал отделением гребной команды, в 1898-1900 гг. на крейсере «Герцог Эдинбургский» участвовал в заграничных плаваниях, 2 октября 1900 г. его зачислили слушателем минно-офицерского класса, в следующем году произвели в лейтенанты и вскоре - в минные офицеры 2-го разряда. Болотников совершил несколько учебных плаваний, а в сентябре 1901 г. был назначен минным офицером на крейсер «Африка» и одновременно преподавателем минной школы. 17 ноября 1902 г. младший минный офицер A.П. Болотников «по воле начальства» был «назначен на суда эскадры Тихого океана». Там он вначале плавал на минном транспорте «Амур», а в сентябре 1903 г. получил назначение старшим минным офицером крейсера «Громобой». В декабре 1903 г. на этом крейсере он участвовал в заграничном плавании. Начало русско-японской войны крейсер встретил в Корейском проливе. В связи с попыткой прорыва отряда Тихоокеанской эскадры из Порт-Артура во Владивосток с целью отвлечения части сил японского флота в море 30 июля 1904 г. вышел владивостокский отряд крейсеров под командованием контр-адмирала К.П. Иссена. В состав отряда входили крейсеры «Россия», «Громобой» «Рюрик» и др. 1 августа он принял неравный бой, в котором минный офицер крейсера «Громобой» Александр Павлович Болотников погиб. В октябре 1904 г. Николай II утвердил представление командующего Тихоокеанским флотом о награждении А.П. Болотникова орденом Св. Станислава 3 ст. с мечами и бантом.