Введение декрета в действие сопровождалось всякого рода репрессиями. Церкви, многочисленные монастыри произвольно закрывались. Священников арестовывали прямо во время службы, иные принуждены были подметать улицы; из священнических одежд шили красные флаги. Меньше чем за год двадцать епископов, десятки священников, диаконов, монахов и монахинь были уничтожены. Чтобы бороться с религиозностью народа, устраивались целые антирелигиозные спектакли. Раки с мощами почитаемых святых были вскрыты. Есть действенное средство ... показать народу "нетленные" мощи, - утверждало коммунистическое руководство того времени. - Ничего нет лучше для того, чтобы разоблачить перед лицом легковерной массы низкий обман, на котором покоится всякая религия вообще, и русское православие в частности(18). Были осквернены и мощи преподобного Сергия, а монастырь, им основанный, закрыт и превращен в антирелигиозный музей. Городок, возникший вокруг монастыря получил имя революционера - Загорск (сегодня он вновь обрел название, которое носил прежде - Сергиев Посад). Гражданская война между Красной и Белой армиями вызвала разгул насилия. Что же касалось церковной администрации, то, принимая во внимание, что связи с отдельными территориями стали невозможными, Патриарх разрешил некоторым епископам в отрезанных от Москвы епархиях принимать все нужные решения, не докладывая Патриархии. После окончательной победы большевиков, хотя он и избегал всего, что касалось политики, ему пришлось вынести новые нападки на Церковь. В 1922 году обрушился страшный голод на страну. Власть приказала изъять все драгоценные предметы, хранившиеся в церквах, продать их и помочь жертвам голода. Патриарх сам решил сделать это, но воспротивился изъятию освященных предметов (таких, как священные сосуды). Власти с этим не посчитались, и когда во многих местах верующие пытались помешать изъятию ценностей, это стало предлогом для целой волны арестов среди духовенства. Начались процессы и казни. Из одного секретного письма Ленина видно, что это провокация, задуманная с тем, чтобы "расстрелять как можно больше духовенства"(19). Патриарх Тихон был вызван как свидетель на один из этих процессов, а затем обвинен и арестован.
Тем временем среди духовенства возникло несколько групп; их называли "обновленцами". Они выдвигали большую реформаторскую программу. Часть предлагаемых реформ, например, по модернизации литургии, возможно, была бы поддержана Собором 1917-1918 гг., если бы его работа не была прервана. Другие были абсолютно неприемлемы с точки зрения традиций православной Церкви. В частности, предлагалось посвящать в епископы людей женатых. В православной Церкви священники обычно женаты, имеют семьи. Но епископы избираются только из числа монахов и, следовательно, иметь семьи не могут. "Обновленцы" высказывались за новую ориентацию Церкви, более социальную, и выступали за сотрудничество с большевиками. Пользуясь ситуацией и получив поддержку властей, они учинили настоящий путч - организовали коллегиальный орган для управления Церковью, созвали Церковный Собор, который низложил Патриарха; обновленцы сделали все для того, чтобы привлечь на свою сторону епископов и приходы, не без помощи политической полиции, арестовавшей их противников. Всем этим они надолго скомпрометировали в глазах простых верующих саму идею о реформе Церковной жизни.
Патриарх Тихон под давлением международного общественного мнения и после того, как он выразил сожаление по поводу своей "антисоветской деятельности", был освобожден. И сразу же активно взялся за восстановление единства православной Церкви. Большинство епископов и священников из числа тех, кто встал на сторону "реформаторов", вновь подчинились его авторитету. Наряду с этим, он повторял во многих декларациях, что Церковь, не будучи ни красной, ни белой, признает и поддерживает Советскую власть. Патриарх умер в 1925 году, оставив завещание, где указал имена трех епископов, способных, как полагал, его заменить, до той поры, пока не будет созван Собор для избрания его преемника. Первые два уже были в ссылке, а третьего не замедлили арестовать, но он, в свою очередь, назвал своим преемником митрополита Сергия (20). И он тоже был арестован. Освобожденный спустя несколько месяцев, митрополит опубликовал вместе с несколькими епископами заявление о своем лояльном отношении к большевистской власти, что вызвало большие споры среди духовенства. Бесспорно, уже Патриарх Тихон начал налаживать отношения с большевистской властью, хотя при этом старался держаться ближе к нейтралитету. В своем верноподданическом заявлении митрополит Сергий употребил выражение, ставшее легендарным: "Мы хотим быть православными и одновременно признавать Советский Союз нашей гражданской родиной, радости и успехи которой - наши радости и успехи, а неудачи - наши неудачи". Он также благодарил советское правительство за его "внимание к духовным нуждам православного населения". Более того, многие считали, что он не имел права говорить от лица всей Церкви, т.к. был в это время лишь заместителем местоблюстителя, то есть, выражаясь не церковным языком, заместителем временно исполняющего обязанности Патриарха, в силу сложившихся обстоятельств. Его также упрекали в том, что, противозаконно перемещая епископов, несогласных с ним, он, подобно обновленцам, опирался на советскую власть. Несколько епископов порвали с митрополитом Сергием, считая, что временно должны сами руководить своими епархиями, как это уже было во время гражданской войны в областях, отрезанных от Патриарха. Так они дали толчок зарождению целого движения, смысл которого заключался в уходе в подполье.