Во многих своих трудах он подвергнет резкой критике попытки европейских католических миссионеров найти "в китайских преданиях тождество с событиями библейской истории, не имевшими никакой связи с Востоком Азии". Столь же язвительно и резко он будет критиковать пангерманские теории о происхождении китайцев. Высмеивая утверждения немецких ученых, что племена Тянь-Шаня являются протогерманскими, он покажет, что в них "даже запаху германского не было".
С присущей ему страстью, а порой и запальчивостью он будет отстаивать честь и достоинство отечественного востоковедения, его приоритет во многих важнейших вопросах. Полемизируя с видными петербургскими учеными и модными литераторами, подхватывавшими на лету новейшие теории французских и немецких ориенталистов и выдававших их за последнее слово науки, Иакинф напишет: "Очень неправо думают те, которые полагают, что западные европейцы давно и далеко опередили нас в образовании и нам остается только следовать за ними. Эта мысль ослабляет наши умственные способности, и мы почти в обязанность себе ставим чужим, а не своим умом мыслить о чем-либо. Если слепо повторять, что напишет француз или немец, то с повторением таких задов всегда будем назади, и рассудок наш вечно будет представлять в себе отражение чужих мыслей, часто странных и нередко нелепых".
Глубоко принципиальный характер носила его многолетняя полемика с известным синологом Клапротом и неоднократно возобновлявшиеся споры с академиком Шмидтом, представителем немецкой школы, господствовавшей в те годы в Императорской Академии наук.
Во многих своих трудах он будет настойчиво разоблачать реакционных европейских ученых и литераторов, изображавших Китай страной варварской и отсталой. В эпоху, когда европейские, а затем и американские колонизаторы стремились прибрать к своим рукам одну азиатскую страну за другой, а католические веропроповедники и ученые оправдывали эти захваты необходимостью распространения более высокой христианской цивилизации, Иакинф возвысит свой голос в защиту китайской культуры, за признание прав азиатских народов на свое самобытное прошлое и настоящее, против использования религии и религиозной проповеди для оправдания и утверждения господства сильных держав.
Чуждый чувства расового превосходства и религиозной нетерпимости, с сердечным сочувствием и едва ли нэ влюбленным интересом воспринял он духовные ценности чужой культуры и всю оставшуюся жизнь будет ревностно трудиться над тем, чтобы возможно лучше и полней передать их своему народу.
За глубокое уважение к китайской культуре и ее настойчивую популяризацию в русском обществе его будут упрекать в непомерном восхвалении Китая. Слова упрека выскажет ему даже Белинский, высоко ценивший его как лучшего в Европе знатока Китая.
Эти упреки современников и друзей будут нередко справедливы. Посвятив свою жизнь всестороннему изучению Китая, открыв для себя и для мира почти несметные богатства его художественных и научных ценностей, Иакинф впадал порой в невольную идеализацию этой страны, ее культуры, порядков и обычаев, выдавал ее общественное устройство чуть ли не за образец справедливости, а ее законы, "проходившие сотни веков через горнило опытов", изображал "близкими к истинным началам народоправия". Нужно, однако, иметь в виду, что от жизни в Китае его отделяли тысячи верст и десятилетия. А недаром говорится: там хорошо, где нас нет. В Китае его уже не было, и поэтому многое там казалось ему столь прекрасным. Да и мало кто из его критиков понимал, что порой идиллическое изображение различных сторон китайской жизни было для заточенного в лаврские стены Иакинфа как бы мечтой об идеале, скрытым выражением недовольства николаевской действительностью.
Но если упреки друзей будут вызывать у Иакинфа лишь усмешку, то нападки недругов — ярость и язвительную отповедь. А эти нападки станут особенно резкими в сороковые годы, когда могущественные капиталистические страны поведут борьбу за раздел Китая, а Англия развяжет печально знаменитую опиумную войну. Опровергая ходячее обвинение китайцев в высокомерии, в прирожденной враждебности ко всему иностранному, в нежелании вступать в сношения с европейцами, Иакинф опубликует ряд статей в защиту Китая и его культуры. В изданной в 1848 году книге "Китай в гражданском и нравственном состоянии" он покажет высокий уровень китайской цивилизации и прямо напишет: "…европейцам есть чему поучиться у китайцев". Это произведет впечатление разорвавшейся бомбы. Многоголосый хор его критиков возглавит Сенковский, который еще недавно писал о выдающихся трудах отца Иакинфа, а теперь будет обвинять его в пристрастии к китайцам, в излишней доверчивости к китайским источникам, в "возмутительных" сравнениях Китая с Европой.