«Только и живу причастием Св. Таин», – говорил он всем посетителям. Вместо всяких лекарств Батюшка пользовался св. водою из источника Преп. Серафима, Саровского чудотворца.
В последние три дня болезнь приняла особенно тяжелый характер. 17 декабря он пожелал быть на воздухе и поехал покататься в экипаже случайного извозчика, который привычек Батюшки не знал, катал его очень долго, и Батюшка простудился. Болезнь осложнилась. На другой день он почувствовал сильную слабость, и 19 декабря утром уже не мог выйти в переднюю, чтобы встретить священника со Св. Дарами, как делал это ежедневно, и причастился только Св. Крови. Весь этот день пастырь-мученик находился как бы в забытии, с закрытыми глазами, оставаясь почти все время в кресле. По временам были слышны его стоны, которые говорили присутствующим о тяжких страданиях. Однако сознание было ясным у Батюшки до конца. Последнее свое распоряжение он сделал 19 декабря в 8 час. вечера. Настоятельница Иоанновского женского монастыря игуменья Ангелина, проведшая при Батюшке весь этот день, просила у него благословения освятить храм-усыпальницу, который был давно готов, но не освящен. На эту просьбу Батюшка ответил: «Да, да, освятить», и поднял руку в знак благословения. Игуменья, приняв благословение, уехала в монастырь готовиться к освящению. (Освящение храма было совершено 21 декабря благочинным монастыря архимандритом Макарием).
По просьбе престарелой и больной супруги о.Иоанна Елизаветы Константиновны, в квартире Батюшки остались на ночь священник Иоанн Орнатский, а также Р.Г. Шемякина (сродники почившего), которые вместе со слугами Батюшки не отходили от него всю ночь. Но они не могли облегчить страдальца. От всякой врачебной помощи Батюшка решительно отказался, и после 8 часов только два раза согласился принять по нескольку капель св. воды. В 10 часов Батюшка выразил желание встать с кресла. Его подняли и помогли лечь в постель, но через несколько минут он опять пожелал встать и оставался в кресле до часу ночи в том же положении как прежде.
Во втором часу ночи Батюшка дрожащею рукою сделал знак, что он желает встать. Его опять подняли; на этот раз ноги отказались служить ему. Болящего уложили в постель. Вместе с тем, видя тяжелое его положение, просили ранее обыкновенного времени совершить Литургию, которая и началась в 3 часа утра, а около четырех часов священник Иоанн Аржановский, заменявший болящего духовника Батюшки, и соборный священник Николай Петровский прибыли со Св. Дарами. Батюшка в последний раз причастился Св. Крови. После причастия он сам утер уста свои и некоторое время был совершенно спокоен, потом произнес последние слова: «душно мне, душно» и знаками просил освободиться от лишней одежды, будучи в теплом подряснике. Просьба была исполнена. Вскоре Батюшка впал в забытье. Дыхание было спокойное, но становилось тише и тише. Священник Иоанн Орнатский стал читать канон на исход души, а затем отходную, и когда подошел к одру умирающего, он лежал неподвижно с руками, сложенными на груди; едва заметны были последние вздохи, и великий пастырь совершенно спокойно предал Богу дух свой. Глаза, доселе закрытые, чуть-чуть приоткрылись и из них показались чистые как хрусталь слезинки. Это были последние слезы великого молитвенника-страдальца. Стало очевидно, что праведная душа его перешла в тот мир, где нет болезни, печали и воздыхания, но жизнь бесконечная.
Первым прибыл к одру почившего ключарь Андреевского собора, протоиерей А.Попов, сам заболевший в этот день воспалением легких, и другие члены причта Андреевского собора. Все они вместе со священниками Орнатским и Аржановским совершили положенное для священников по уставу Церкви помазание елеем всего тела почившего, причем дивились крайнему истощению страдальца; желудка как будто совсем не было – одни косточки.
После помазания в Бозе почивший одет был во все священные одежды, им самим для этого предназначенные; на главу возложена митра, как победный венец. Лик почившего принял величавый и спокойный вид; и весь он, одетый в полное священническое, белое облачение и в белой митре, напоминал собою светлого ангела. Верим и надеемся, что Господь принял ангельскую душу верного раба Своего в светлые обители Свои, и что православная Русь будет иметь в Нем молитвенника и предстателя у Престола Господня.
После облачения почивший на руках священнослужителей, в предшествии клира, перенесен был с ложа смерти в другую комнату, где и отслужена была тотчас же первая панихида. В то же время торжественно-печально загудел колокол Андреевского собора, извещая жителей Кронштадта о великой, невознаградимой утрате.