В Кронштадт отправился Преосвященный Кирилл, епископ Гдовский, о чем просил его сам Батюшка пред своей кончиной.
Вечером тело почившего было положено в дубовый гроб и отслужена панихида Преосв. Кириллом, при участии местного духовенства.
В тот же день весь Петербург уже знал о кончине Батюшки. Немедленно во всех почти церквах началось служение панихид.
Ранее других церквей получено было печальное известие в Иоанновском монастыре. Тотчас все сестры собрались в церковь и их рыданиями сопровождалось все служение панихиды.
Утром 21 декабря на Балтийском вокзале несметные толпы народа брали билеты, устремляясь в Кронштадт. Никаких разговоров слышно не было; все ехали молча, изредка перекидывались отрывочными замечаниями. Создалось особое, благоговейное настроение. До самых сумерек поезда подвозили все новых паломников. В Ораниембауме спрос на извозчиков был огромный. Кибитки, дровни, сани тянулись по льду вереницей целый день.
В 9 часов утра на квартире почившего совершили последнюю панихиду. После панихиды гроб на руках духовенства был вынесен из квартиры. Под печальный перезвон колоколов собора процессия, в предшествии икон и хоругвей, направилась по Андреевской улице к Андреевскому собору. Окна, заборы и даже крыши домов были усеяны народом, жаждавшим взглянуть на перенесение тела высокочтимого пастыря.
Собор был переполнен, но тысячи народа толпились еще на площади и Николаевском проспекте. Началась литургия, которую совершал Преосв. Кирилл, при участии многочисленного духовенства. После литургии служили панихиду. Трогательное впечатление производила эта панихида. Рыдания народа, порою заглушавшие возгласы священнослужителей, производили потрясающее впечатление. После панихиды началось прощание с почившим пастырем. В собор впускали по очереди. В самом соборе панихида идет за панихидой.
Гроб стоит на высоком помосте. Ярко горят свечи вокруг него. Лицо почившего закрыто воздухом, как это делается у всех умерших священников; видно только исхудавшие руки, к которым сегодня приложились многие тысячи народа. В правой руке небольшой, позлащенный крест.
В 6 час. утра 22 декабря Андреевский собор закрыли, и впуск желавших проститься с Батюшкой был прекращен. Сегодня предстоял длинный путь – перевезение тела почившего пастыря в С.-Петербургский Иоанновский женский монастырь.
В 7 часов началась литургия. Ровно в 11 час. 30 мин. утра начался вынос тела из собора. Дубовый гроб был обнесен крестным ходом вокруг собора и под перезвон колоколов установлен на колесницу. Лютеранская церковь на берегу моря почтила память дорогого покойника продолжительным погребальным звоном. Далее предстоял путь через море. По приказу Главного Начальника Кронштадта всем желавшим проводить усопшего по морю предписано следовать рядами друг от друга не менее, как на два шага, ввиду непрочности льда.
Епископ Кирилл с некоторыми священнослужителями проехал вперед в Ораниенбаум, чтобы там встретить процессию на вокзале.
Местное духовенство, во главе с Преосвященным Кириллом, отправилось крестным ходом на встречу процессии на берег моря. По всему Ораниенбауму раздавался перезвон колоколов. Гроб внесли на платформу и поставили в траурный вагон специального поезда.
Началась краткая лития. Платформа огласилась рыданиями ораниенбаумцев. В 4 часа поезд тронулся. Многие на коленях крестились вслед уходящему поезду. На всех станциях была масса народа, встречавшего последнее путешествие дорогого Батюшки по Балтийской дороге, по которой он за всю свою жизнь совершил множество поездок.
Около 5 часов дня траурный поезд прибыл в Петербург.
Полна скорбного умиления и величественной печали была процессия перевезения тела о.Иоанна с Балтийского вокзала в Иоанновский женский монастырь, на место упокоения.
Когда поезд остановился под сводами Балтийского вокзала, из салонвагона вышли Преосв. Кирилл и сопровождавшие тело священники и присоединились к встречающим. Сонмом епископов и священников пред открытым траурным вагоном совершена лития.
На руках духовенства дубовый гроб был вынесен из вагона и поставлен на печальную с серебряным балдахином, увенчанным митрою, колесницу.
Лишь только печальное шествие двинулось с вокзала, как пронесся в воздухе печальный удар колокола; народ на площади начал креститься, раздались рыдания, которые перешли в общий плач, когда печальное шествие выступило на площадь.
Процессию открыл отряд конной полиции, что было необходимо ввиду громадного стечения народа. Шедший за гробом народ образовал несколько хоров, которые пели «Святый Боже», «вечную память» и другие духовные песнопения.