В те же годы вместе с Богоявленским мы организовали в Таллине русские частные вечерние богословские курсы. Работали они три года. На них я впервые читал курс по ветхозаветной части Библии. В тот же период много проповедовал, вел систематические беседы в своей церкви, церкви пригорода Нымме, церкви пригорода Копли и в эстонском Преображенском соборе (на эстонском языке). Продолжал писать и печататься. Работал немного и в области светской литературы.
Но в душе у меня жила большая неудовлетворенность. Что меня томило, я и сам тогда как следует не осознавал…
Летом 1940 года Эстония воссоединилась с Советским Союзом. Советскую власть и падение капиталистического окружения воспринял я с глубокой внутренней радостью…
Через год началась Отечественная война. Был мобилизован в армию и я. В Таллине оставил жену в ожидании рождения ребенка и трехлетнюю дочку.
Год в армии. Демобилизация и трехлетняя работа священником в Перми (на Урале)… Кругом было столько горя народного. Утешал, поддерживал, помогал собраться с силами, выстоять в испытаниях, призывал крепить оборону страны. Вместе с приходом получил три благодарности Сталина за сбор средств на оборону. Ведь простые верующие были советскими людьми. С ними я чувствовал себя слитым воедино в наших общих чаяниях борьбы с врагом и желании победы над ним…
В конце войны я приехал в освобожденный Таллин. Семьи своей здесь не нашел. Запуганная фашистской пропагандой, получив ложные сведения о моей смерти (как я слышал, меня даже отпели), жена с двумя дочерьми и родителями выехала в Германию. После многих бесплодных попыток найти и вернуть семью через наши репатриационные органы (причем препятствовали им в этом главным образом зарубежные церковники-эмигранты) узнал, что жена развелась со мной, как с «красным попом», вышла замуж и увезла детей за океан.
В Таллине я работал в прежнем приходе и, кроме того, секретарем местного епархиального управления. В связи с последней работой в 1945 году был на соборе, на котором избирался патриарх Алексий.
В 1946 году я узнал о готовящемся открытии ленинградских духовных академии и семинарии. Появилась надежда вернуться к научной деятельности. Поехал в Ленинград к митрополиту Григорию. Я рассказал ему о всех этапах прошлой своей деятельности: о статьях, стихах, лекциях, работе в РСХД, книгах. Спросил, могу ли надеяться быть принятым на работу в духовные школы. Он сказал, что должен обо всем подумать. Через день я был принят вновь и услышал, к радости и смущению моему, что назначен не только профессором священного писания Ветхого завета и вспомогательной кафедры истории религий, но и инспектором, то есть проректором академии и семинарии.
За годы работы в церкви я возненавидел косность, ограниченность, тупость кастового духовенства и хотел воспитывать будущих служителей церкви всесторонне развитыми, глубоко советскими людьми, далекими от суеверного фанатизма. Не понимая всей наивности этих идеалов, я старался создать условия для более всестороннего развития воспитанников духовных учебных заведений.
Внушая стремление к умножению знаний студентам академии, лелеял я и другую мечту: возбуждать их живую мысль, расширять кругозор, побуждать искать, как и сам тогда искал, путей научного обоснования высоких истин религии, в которые еще верил. Но скоро мне пришлось убедиться в тщетности этих стараний, в невозможности осуществления моих идеалов… Меня стали упрекать в том, что я-де веду слишком светскую линию, мало отдаю времени бдениям и постам.
Сам патриарх в своей речи в храме Ленинградской духовной академии 6 декабря 1949 года сказал: «Горе тому пастырю, который и сам ищет мирских развлечений и семью свою увлекает на путь мирских соблазнов. Подвиг пастыря должен заключаться в том, чтобы отрешаться от прелестей и утех мира, и, если пастырь несвободен от этого соблазна, это признак, что у него нет истинного пастырского духа… И здесь, в духовной школе, все должно быть направлено к тому, чтобы создать цельный образ истинного, боголюбивого, благоговейного пастыря. И потому, когда мы слышим, что в духовной школе тоже бывают попытки ввести мирские обычаи и развлечения, мы не одобряем этого, потому что это постепенно отвлекает готовящихся к пастырству от того пути и от той цели, к которой они должны стремиться…»
Из этой речи и из других указаний, которые я начал получать, явствовало, что руководство церкви хочет, чтобы воспитанники жили, по существу, одной святоотеческой литературой и были, вместе с пресловутыми «отцами церкви», людьми, стоящими на уровне культурного развития и научного понимания первых пяти веков нашей эры. Я, однако, не хотел изменять идеалам «пастыря», которые еще жили во мне в то время и в которые я верил, и подал в отставку с поста инспектора.