В Наркомате продовольствия Совета Народных Комиссаров Отто Юльевич становится начальником Управления по продуктообмену, занимаясь практически тем же самым, что и при Временном правительстве. Теперь в его положении было не до проблем высшей математики, требовалось овладеть «боевым оружием алгебры революции» (из личного архива Шмидта). В отличие от героя светловской «Гренады», вместо того, чтобы постигать «грамматику боя, язык батарей», этот интеллигентный «попутчик», похоже, оказался еще и неисправимым романтиком. Но это не помешало ему собирать статистические сведения и обобщать их по отдельным регионам для принятия соответствующих решений не слишком опытными представителями новой власти как в центре, так и на местах.
Вместе с СНК в марте 1918 года он переезжает из Петрограда в Москву, где окончательно связывает свою судьбу с советской властью — судя по документу, впервые опубликованному И. Дуэлем: «В момент Октября у меня не было предвидения силы победившего пролетариата, но было достаточно образования в этой области, чтобы понять историческую закономерность явлений. В таком положении, в каком очутился я, было еще несколько товарищей… которые образовали группу социал-демократов-интернационалистов… В марте 1918 года на очередном съезде этой небольшой партии произошел раскол и образовалась группа левых интернационалистов, в которую вошел и я. Затем создалась организация, которая называла себя «ЦК», но, кроме членов ЦК, в этой партии не особенно много было людей. Эта левая группа приняла программу РКП и никакой другой программы РКП не противопоставляла, оставляя, правда, за собой право расходиться по тактическим вопросам, но расхождений у нас никаких не было. Настоящий ЦК смотрел на нас так: ребята там дурят, но ребята хорошие… Стало ясно, что такая группа ни к чему… Поэтому был поставлен вопрос о слиянии с РКП… Мы были приняты в коммунистическую партию, и ввиду того, что выполняли все поручения ЦК и никакой другой программы не пытались ему противопоставлять, то нам зачли весь стаж пребывания в партии левых интернационалистов» (1977, с. 50–51). С любой точки зрения членство в партии помимо первичной партийной ячейки ставило Шмидта в глазах многих коммунистов в положение «попутчика». Не случайно соратник Отто Юльевича по Главсевморпути М. И. Шевелев отметил, что позднее, в условиях 30-х годов «Шмидт… не очень хорошо себя чувствовал. Он ведь до революции был в группе социал-демократов — интернационалистов — это была крупная группа интеллигенции, примыкавшая к Горькому» (1999, с. 92). Нет оснований обвинять Шмидта в стремлении приобщиться к победителям из карьерных соображений, поскольку сами победители в то время таковыми себя не чувствовали — вплоть до поражения Колчака и Деникина.
С переездом в Москву Шмидт начал проработку постановления Совнаркома об эквивалентном товарообмене. Он наглядно продемонстрировал в своих работах специфику ситуации, сложившейся в разгар Гражданской войны: «Крестьяне, не получая мануфактуры, плугов, гвоздей и прочих предметов первой для них необходимости, разочаровываются в покупательной силе денег и перестают продавать свои запасы, предпочитая хранить вместо денег хлеб… Товарообмен уже и теперь повсеместно происходит в связи с мешочничеством. Прекратить этот стихийный процесс можно лишь одним способом, организуя его в масштабе государственном и тем превращая из средства дезорганизации продовольственного дела в могучее орудие его успеха» (Матвеева, 2006, с. 50). Однако на практике ведущая роль в товарообмене тех лет принадлежала командирам продотрядов, не изучавшим разработок Шмидта и руководствовавшимся революционной целесообразностью, усугубляя взаимную ненависть между городом и деревней.
На практике это означало, что не слишком компетентные представители советской власти на местах кое-как распределяли предназначенные для товарообмена ценности среди горожан, а крестьянам предпочитали продавать за деньги, обесценивавшиеся с каждым днем. На фоне отсутствия самого необходимого прибывшие по железной дороге вагоны с товарами не разгружались месяцами, а затем грузы нередко оказывались в кооперативных или частных распределительных пунктах. Реагируя на сложившуюся обстановку, ВЦИК и СНК приняли целый ряд постановлений (9 мая 1918 года декрет о введении продовольственной диктатуры, а 27 мая — о специальных органах снабжения). 11 июня 1918 года последовал декрет о создании в деревне комитетов бедноты 6 августа 1918 года — «О привлечении к заготовке хлеба рабочих организаций» с введением продразверстки и использованием вооруженных продотрядов: мероприятие, которое сельское население восприняло как попытку ограбления со стороны большевиков.