Единственно возможным выходом из создавшегося положения было, по мнению П. Г. Смидовича, создание общесоюзного органа, ответственного за «церковную политику», принятие общесоюзного акта по регулированию деятельности религиозных организаций. В январе 1934 года в записке в Президиум ЦИКа СССР он отмечает ненормальность сложившегося положения, когда в республиках не было единства в решении одних и тех же вопросов, связанных с законодательством о религиозных культах, как не было и единой системы органов, отвечающих за проведение этого направления советской работы. И предлагает «расширить деятельность Постоянной культовой комиссии при Президиуме ВЦИК, развернув ее в орган союзного значения при Президиуме ЦИК Союза ССР».
…В условиях антирелигиозного и административного разгула все труднее удавалось Сергию удерживать «на плаву» церковный корабль, которому раз за разом наносились удары. На начало 1930 года 37 архиереев отказались от административного подчинения его церковной власти. В храмах ряда областей духовенство «не поминало» за богослужением имени его как заместителя местоблюстителя. Он вынужден был отрешать от кафедр тех епископов, которых власть, инкриминируя им политические или уголовные деяния, осуждала на тюремное заключение. Заменить их было некем, ибо немногие в те годы решались на пастырское служение.
На страницах «антирелигиозной» прессы вновь появились призывы расправиться с религиозными организациями, творящими «вражеское дело», распространяющими «реакционные, враждебные социализму идеи».
Раскручивающийся в стране маховик репрессий не обошел стороной православное духовенство. Только среди иерархов церкви в 1931–1934 годах было арестовано более тридцати человек. Как правило, им предъявлялось обвинение в «контрреволюционной и шпионской деятельности». Дальнейшая судьба большей части из них трагична.
Доставалось в эти годы и самому митрополиту Сергию. То ему угрожают судебным преследованием за то, что «посмел» разрешить добровольные пожертвования на помощь пострадавшим от стихийных бедствий, то пытаются отобрать здание Елоховского собора в Москве, то выдвигают на страницах «антирелигиозной» литературы вздорное обвинение в шпионаже в пользу японских спецслужб.
И тем не менее Советское государство, фактически тоже вынужденно, пошло на некоторые уступки: временно приостановился процесс закрытия храмов, частично были возвращены ранее закрытые; разрешено издание «Журнала Московской патриархии» и совершение епископских хиротоний: с 1930 по 1934 год в сан епископа были посвящены 22 человека, в 1932 году Сергий был награжден предношением креста при богослужении, а в 1933 году все члены Временного патриаршего синода были возведены в сан митрополитов.
Свои нападки на церковь власть нередко оправдывала ссылками на деятельность «карловацкого раскола», лидеры которого исповедовали и привносили в ряды русской эмиграции идеи реставрации монархии, борьбы с «большевизмом и Советами». В одном из своих посланий в феврале 1930 года митрополит Антоний (Храповицкий) говорил, обращаясь и к тем, кто был в России: «Идите же смело, други, за веру, царя и отечество!.. Русские люди, я вновь призываю вас на борьбу с врагами Христовыми — большевиками и прочими богоборцами; готов первый умереть в этой борьбе».