В 1860-е годы в Арзамасе священствовали два представителя из семейства Страгородских: отец и сын. Старший Страгородский — Иоанн Дмитриевич, протоиерей Воскресенского собора; а младший — Николай Иоаннович, старший священник в арзамасском Алексеевском женском монастыре. В Николаевском женском монастыре послушницей была и дочь Иоанна Дмитриевича — Еннафа Страгородская, принявшая впоследствии монашество с именем Евгения и ставшая игуменьей Алексеевской обители. Страгородские проживали в доме, принадлежавшем протоиерею Иоанну Дмитриевичу, который располагался напротив Святых врат Алексеевской обители.
Отец будущего патриарха, протоиерей Николай Страгородский, получил обычное для детей духовенства образование — в Арзамасском духовном училище и Нижегородской духовной семинарии. В ноябре 1864 года в Арзамасском Воскресенском соборе он венчается с семнадцатилетней Любовью Раевской. В начале же декабря 1865 года прибывший в Арзамас епископ Нижегородский и Арзамасский Нектарий (Надеждин) за Божественной литургией в Воскресенском соборе рукоположил Николая в сан диакона с последующим назначением на вакансию причетника в Николаевский женский монастырь.
Спустя два года, 19 января 1866 года, у отца Николая и Любови Дмитриевны Страгородских родился первый ребенок — дочь Александра. В 1867 году, 11 января, родился второй ребенок — мальчик. По церковной традиции, спустя несколько дней в Воскресенском соборе было совершено таинство крещения и дано ему имя — Иван. Восприемниками были его дед, протоиерей Иоанн Дмитриевич, и родная сестра его матери Варвара Раевская.
В сентябре 1868 года Любовь Дмитриевна скончалась от чахотки, и Николай Иоаннович остался один с двумя малолетними детьми. Овдовев, отец Николай вел строгую и скромную жизнь, поделив все свое время между церковью и семьей. В монастыре его любили за истовое служение Богу и всегдашнюю готовность к духовному руководству и помощи. В своем доме он установил распорядок жизни в строгом соответствии с уставами общецерковными и монастырскими. На помощь ему пришли родственники, основную заботу по воспитанию детей взяла на себя бабушка будущего патриарха — Пелагея Васильевна. Ей помогали в этом няня Анна Трофимовна и сторож Воскресенского собора Елизарыч, у которого малолетний Ваня порой пропадал целыми днями.
Можно сказать, что детство брата и сестры прошло в ограде Алексеевского монастыря, где священствовал их отец — иерей Николай Страгородский, назначенный в 1867 году старшим священником в обители. Монастырь, расположенный в конце Прогонной улицы, был примечателен тремя каменными храмами: Вознесения Господня, Успенским и больничным — во имя преподобного Иоанна Лествичника и великомученицы Варвары. Главной святыней общины была местночтимая икона Божьей Матери «Утоли моя печали» и образ святителя Николая Чудотворца. При обители существовали странноприимный дом, две больницы и разные мастерские. Воспитанницы обители обучались Закону Божьему, чтению молитв и псалтырей. Кроме этого, юных насельниц в обязательном порядке по два часа в день обучали различным рукоделиям: сначала вышивке по канве, затем — более сложному шитью золотом и жемчугом. Сестры Алексеевской общины славились изготовлением плащаниц, облачений и различных церковно-богослужебных вещей, вышитых золотом и серебром. Заказы на них поступали даже из Греции и Святой земли. Одна из изготовленных сестрами плащаниц, а также хоругви были пожертвованы общиной в новоосвященный храм Христа Спасителя в Москве, за что матушка Евгения была награждена «золотой медалью для ношения на груди на Александровской ленте».
На территории общины Иван и Александра бывали чуть ли не ежедневно, бегали и играли с девочками из монастырского приюта, ходили в гости к насельницам, которые были ласковы к сиротам.
Отец Николай усердно занимался воспитанием и образованием своих детей: учил их молиться, обучал грамоте и труду. В его доме была хорошая библиотека, в свободное время он переплетал старые книги, в чем ему всегда оказывал посильную помощь маленький Ваня. На церковные службы мальчик ходил к своему деду протоиерею Иоанну в Воскресенский собор и там прислуживал ему в алтаре.