…Утром 16 февраля 1918 года митрополит Сергий возвратился в Москву. Сразу же с вокзала он поспешил в Епархиальный дом, где, как ему сообщили накануне по телефону, должно было состояться первое совместное заседание новоучрежденных высших органов церковного управления. Митрополит вошел в соборную палату в тот момент, когда на кафедру поднялся секретарь Собора П. В. Гурьев для оглашения принятого 31 января после бурных споров проекта соборного определения о высших церковных органах. Голос его звучал твердо и убедительно:
— Священный синод и Высший церковный совет вступают в исполнение своего служения с 1 февраля 1918 года и принимают от Святейшего синода все дела церковного управления.
Сергий быстро прошел на свое обычное место. Его неприятно поразило значительное число пустующих архиерейских кресел. Чуть более тридцати насчитал он своих собратьев-архиереев. Да и в зале многие места пустовали: присутствовала едва ли треть членов Собора. Немного спустя заседание было прервано — в зале появился патриарх Тихон. Преподавая благословение соборянам, он прошел в президиум. Члены Собора стоя приветствовали его и воспевали: «Ис полла эти, деспота». Неспешно, но как-то приглушенно начал свою речь Тихон:
— Появившиеся в газетах сведения об убийстве в Киеве митрополита Владимира (Богоявленского), к несчастью, ныне подтвердились. — Члены Собора встали со своих мест и осенили себя крестным знамением. — Явившиеся в Киево-Печерскую лавру солдаты произвели обыск, а затем приказали митрополиту Владимиру одеться и следовать к коменданту. На следующее утро митрополит Владимир был найден вблизи лавры убитым. На трупе обнаружены две смертельные раны и несколько штыковых… Помолимся об упокоении чистой и святой души митрополита Владимира.
Святейший патриарх при общем пении членов Собора совершил панихиду по убиенному. По окончании патриарх в сослужении нескольких архимандритов и протоиереев совершил молебствие. Затем с краткой речью обратился к собравшимся, призывая их к жертвенной совместной с ним работе на пользу святой Церкви Христовой в настоящие «лукавые дни».
Вновь на трибуну взошел П. В. Гурьев и дочитал текст соборного определения о правах и обязанностях открываемых церковных учреждений. После этого патриарх попросил остаться в зале членов этих учреждений, и началось первое совместное заседание Священного синода и Высшего церковного совета.
Митрополит Сергий, как и остальные члены этих органов, ощущал всю необычность происходящего. Подводилась черта под целой эпохой жизни России, церкви и российского народа. Почти 200 лет назад, в 1721 году, Петр Великий учредил Святейший правительствующий синод, и вот теперь его полномочия передавались новым церковным органам. Церкви же предстояло жить вне государственной поддержки, в неведомом доселе государственном строе.
Говорили в тот день о предстоящих первоочередных работах Синода и совета, о текущих хозяйственных и организационных проблемах Поместного собора, о действиях пастырей и мирян в защиту попираемой церкви.
Неоднократно в тот день выступал и митрополит Сергий. Ссылаясь на свои впечатления от поездки во Владимирскую епархию, он указывал, что в условиях революционного хаоса во многих местах народ, опасаясь репрессий безбожной власти, отхлынул от церковных советов, и стоят церковные здания, не опекаемые и не оберегаемые в должной мере, что создает для власти повод обирать храмы, ссылаясь на их бесхозное состояние, а народ церковный их не защищает. Потому необходимо, призывал Сергий, укреплять церковные советы верными православию людьми, чтобы было кому взять храмы под свою ответственность. «Надо, — говорил он, — на местах архиереям и приходскому духовенству вырабатывать принципы и условия существования приходов применительно к ситуации, не ждать чуда, чтобы потом не оказаться в положении людей, всегда на пять минут опаздывающих на поезд».
Будучи в течение всей сессии в Москве, митрополит Сергий был чрезвычайно активен, участвуя постоянно в службах в храме Христа Спасителя, совершая богослужения в храме на Валаамском подворье и по приглашению верующих в иных храмах Москвы. Много внимания он уделял руководству отделом «О церковном суде», где разрабатывались проекты соборных определений по церковно-дисциплинарным вопросам.