С Коронацией Павла Петровича связана одна историческая коллизия, которая вызывала толки и тогда, и потом.
В Законе о престолонаследии было сказано, что Императоры в России являются «главою Церкви». Это была традиция, восходящая ещё к Петру I, но юридически она была зафиксирована именно при Павле I. Собственно, специально данное положение не оговаривалось, фраза шла в контексте рассуждений о невозможности быть тронопреемником в России представителю того поколения, которое «царствует уже на каком другом престоле». Формулировка звучала следующим образом: «если отрицания от веры не будет, то наследовать оному лицу, которое ближе по порядку». Это объяснялось именно тем, что «Государи Российские суть главою Церкви» являются фактически это явилось перенятием протестантского отношения к христианству; в Западной Европе давно уже короли решениями различных собраний объявлялись «главами церкви». В Православии ничего подобного не существовало: у Церкви мог быть только один глава — Иисус Христос.
Здесь нет возможности анализировать природу столь многогранного христианского понятия, как «Церковь», но один аспект подчеркнуть необходимо. «Церковь» открывается людям, миру, проявляется в истории в двух главных ипостасях. Во-первых, как предмет веры, как вероучение, как «Храм Господень», главой которого является Иисус Христос. В этом высшем значении понятие «Церковь» раскрывает её абсолютное духовное предназначение. В Русской Православной Церкви, как и в других поместных православных церквах, Вселенская Церковь понимается и признается, согласно символическому учению, как «Богом установленное общество людей, соединенных православной верой, законом Божиим, священноначалием и таинствами».
Второе, этимологическое, толкование понятия «Церковь» сводится лишь к учреждению, к церковной организации в тех формах и видах, как она себя являла на протяжении веков. По большей части именно это людское установление, «учреждение общественного богослужения» (по Канту) и имеется в виду, когда употребляют слово «церковь» люди, не признающие ни в какой степени богословское учение. Подобное вторичное восприятие и стало утверждаться в сознании европейцев, особенно после торжества Реформации.
Определение, что Царь является «главой церкви», было явно неудачным. При подготовке к изданию в 1830 году Свода законов эта формулировка была уточнена, получив следующее выражение: «Император, яко Христианский Государь, есть верховный защитник и хранитель догматов господствующей веры, и блюститель правоверия и всякого в Церкви святой благочиния». Причем к этой статье было сделало отдельное разъяснение, гласившее, что только «в сем смысле Император, в акте о наследии престола именуется Главою Церкви».
Объявив при Коронации себя «главой Церкви», Павел I вознамерился отправлять в качестве священника литургию и возжелал стать духовником своей семьи. Это было покушением на непререкаемую традицию. Члены Синода с трудом отговорили его от подобных поползновений, приводя бесспорный контраргумент: канон Православной Церкви запрещает совершать святые Таинства священнику, женившемуся во второй раз.
Несмотря на указанные явно поспешные и неудачные решения и определения, Павел Петрович за четыре года правления успел проявить немало заботы о церковном благоустроении.
Почти в два раза были повышены оклады от казны духовенству, увеличены вдвое земельные наделы приходским священникам, установлено призрение вдов и сирот священников. В 1797 году духовное сословие было освобождено от сборов на содержание полиции, вдвое увеличены субсидии на содержание архиерейских домов, а также дополнительно им выделялись мельницы, рыбные и прочие угодья. За четыре года расходы из казны на содержание епархий возросли более чем вдвое: с 463 тысяч до 982 тысяч рублей.
Павел Петрович провозгласил веротерпимость к «раскольникам ъ. Была разрешена свободная деятельность старообрядческой общины, старообрядцам вернули отобранные у них книги и богослужебные предметы. Однако наказание «за совращение в раскол» было законом запрещено. В 1799 году общины старообрядцев-поповцев открыли свои церкви в Москве и Петербурге.
Перелом государственной политики наступил при Павле I и по отношению к монастырям. Проведённая Екатериной 11 секуляризация— изъятие земельной собственности, состоящей главным образом из дарений и пожертвований православных мирян, нанесло страшный моральный урон православным чаяниям.
Обычно суть проблемы секуляризации сводится к имущественной стороне дела. В светской историографии стало ритуальным выносить разоблачительные вердикты по адресу Церкви, во владении которой находилось около трети сельскохозяйственного земельного фонда. Все эти земельные угодья и около миллиона крестьян (почти 14 % сельского населения) при Екатерине II сделались собственностью государства. Духовенство отныне становилось на штатные должности, содержание которых определялось государственной властью.