Непоправимый удар был нанесен монашеству и монастырям, исстари являвшимся центрами призрения больных и немощных, а наиболее крупные из них — центрами христианского просвещения. К началу XIX века в России имелось 452 монастыря, притом что несколькими десятилетиями раньше их насчитывалось 1072.
Фактически секуляризация не столько история «перераспределения ресурсов», сколько — трагедия русского церковно-православного мировоззрения. При сложившейся исторически на Руси высокой степени сакрализации жизни речь шла совсем не об «имуществе», «праве собственности», «хозяйственно-экономических нуждах». Секуляризация, или государственное ограбление Церкви, принципиально противоречила устоявшейся системе миропонимания.
«Церковное имущество» по большей части — дарения и вклады верующих Церкви, и власть от Бога покусилась на Божественное право, соблюдение которого было абсолютно обязательным. Ведь то, что находится в Церкви, то, что принадлежит монастырю, то — у Бога и принадлежит Ему Одному, Со времени Апостолов церковное имущество воспринималось как принадлежащее Всевышнему, назначение его — служить угодным Богу целям, в соответствии с задачами деятельности, основанной в мире Христом Спасителем Церкви. Оно призвано обеспечивать не личные нужды клириков сами по себе, а только в их связи с общими задачами Церкви, т. е. богоугодно. Отнять церковное имущество — значит поставить человеческое выше Божеского. Это и было сделано «Екатериной Великой».
Общее число монашествующих в России резко сократилось: если в 1764 году таковых насчитывалось 12 392 человека, то к началу 1796 года их осталось только 5861. В результате секуляризации монастыри настолько обеднели, что многие влачили жалкое существование и закрывались один за другим. Когда в 1796 году Митрополит Платон вознамерился вернуть к жизни некогда достославную обитель — Оптину пустынь, то там оказалось только три престарелых монаха и полуразрушенные постройки.
Дело принимало порой просто скандальный характер. В 1788 году правительство закрыло в Москве древний Симонов монастырь, передав его здания под казармы. В Москве началось общественное брожение, верующие молились и слезно просили вернуть им обитель благочестия. Деятельными ходатаями стали Митрополит Платон и Московский генерал-губернатор П. Д. Еропкин. В 1789 году Екатерина II «милостиво разрешила» монастырь восстановить…
При Павле впервые за несколько десятилетий наметился процесс восстановления монастырей и монашества; за годы его правления в России возникло 20 новых монастырей, а в 29 обителях, из числа ранее упразднённых, возобновилось монастырское подвижническое служение. Все они получили земельные угодья, что позволяло монастырям иметь хоть какую-то экономическую самостоятельность. По Указу Императора от 18 декабря 1797 года на каждый монастырь было отведено не менее 30 десятин выгонной земли, им было предоставлено право устраивать мельницы и заводить рыбные пруды.
Император Павел во главе всего армейского и флотского духовенства поставил в 1797 году обер-священника Павла Яковлевича Озерецковского (1857–1807), предоставив ему, минуя Синод, право личного доклада. Пользуясь расположением Самодержца, Озерецковский создал отдельную корпорацию армейского священничества, а для подготовки кадров учредил особую семинарию.
Самодержец стремился поставить священство вне зависимости от прихоти местных должностных лиц и крупных землевладельцев, ранее часто ставивших на священнические должности «удобных» им лиц. В 1797 году Император отменил право приходов избирать священников, сделав священнические должности наследственными. Должность наследовал старший сын священника, окончивший семинарский курс. Остальные сыновья, получившие духовное образование, становились кандидатами на вакантные места в иных приходах, или довольствовались должностями дьяконов в приходе отца, а иногда исполняли обязанности причётника.
Заметные сдвиги произошли в области развития системы духовного образования. В 1797 году Петербургская главная семинария и семинария в Казани были преобразованы в духовные академии. Было открыто восемь новых семинарий: в Каменце-Подольском и Вифанская семинария в Троице-Сергиевой Лавре (1797); в Остроге на Волыни и в Калуге (1799), в Перми, Пензе, Оренбурге и военная семинария (1800). В царском Указе от 31 октября 1798 года задачи семинарий получили точное определение. «Доставить Церкви хороших слов Божий проповедников, которые бы бездельнейших приуготовлений могли учить народ ясно, порядочно, убедительно и с приятностью». Епархиальным архиереям вменялось в обязанность регулярно докладывать Святейшему Синоду о состоянии преподавания и научной квалификации учителей. В последний год царствования Павла I Синод издал постановление об открытии в епархиях «русских начальных школ» для подготовки псаломщиков, ставших прообразами народных духовных училищ, получивших распространение уже в XIX веке. Субсидии на казенные духовно-учебные заведения за 1797–1800 выросли в три раза, достигнув к 1801 году почти 200 тысяч рублей.