При известии о взятии Мантуи и походе Суворова, французский военный совет со своей стороны высказался за отступление, пока еще не поздно. Но Жубер не мог решиться, а Моро не был способен взять верх над его колебаниями, обыкновенно сам очень нерешительный в стратегии, как и в политике. Таким образом, один день был потрачен на обдумыванье, а на следующий Суворов был уже там. Смертельно раненый при первом столкновении, Жубер передал командование Моро, и упрямый бретонец храбро оспаривал победу, колебавшуюся, несмотря на неравенство сил, в течение шестнадцатичасового в высшей степени кровопролитного боя, но решенную в пользу союзников подоспевшими свежими австрийскими войсками, пришедшими из Ривальты, под начальством Меласа.
Потеряв 6500 человек убитыми и ранеными, французы оставили в руках победителей 4500 пленных, в числе которых были генералы Периньон, Груши, Колли и Партуно. Но несколько раз возобновлявшаяся атака с высот Нови обошлась также очень дорого и союзникам, и несогласий в их лагере было больше, чем когда бы то ни было. По мнению австрийского генерального штаба, Суворов, несмотря на победу, совершил много ошибок, грозивших привести его к полному поражению. Не понимая намерений Жубера и принимая войска, подошедшие к Нови, за отряд, предназначенный для маскировки движения главной неприятельской армии, он упорно настаивал на том, чтобы передвинуть к этому пункту лишь небольшую часть своих сил, рискуя почти совершенно утратить выгоду их превосходства и, не подойди Мелас, который, не получив приказания, поспешил на выстрелы, день был бы потерян, фельдмаршал чистосердечно в этом сам признавался в письме к Францу II.
При таких условиях для победителей становилось трудно воспользоваться плодом этой победы. Спасаясь в беспорядке в горы, французы не имели больше возможности защищать Ривьеру, единственную территорию, остававшуюся в их руках в этой части Италии, и Суворов получил надежду осуществить план, мысль которого была подана Веной Петербургу, и который составил себе, сохраняя по свойственной ему привычке в глубокой тайне, сам фельдмаршал, постоянно лелея его в сокровенной глубине своего воображения. С завоеванием Генуи перед ним открывалась дорога на Париж через юг Франции. Вечером после сражения, которое, как плохо он его ни начал, было, однако, на этот раз решающим, он составил диспозиции завтрашнего похода. Увы! Два дня спустя он послал следующее распоряжение Меласу: «Мы не будем преследовать неприятеля далее; армия вернется на свои прежние позиции».
Немецкие историки приписывают общим голосом этот внезапный поворот инструкциям, будто бы полученным Суворовым из Петербурга и давшим ему понять, что Павел охладел к коалиции или, по крайней мере, к Австрии. Указание в таком смысле могло быть действительно дано в этот момент фельдмаршалу. Однако оно не было таково, чтобы побудить его отказаться от приобретенных выгод, купленных столь дорогой ценой. Русские историки, обвиняя по этому поводу австрийский генеральный штаб или Венский двор, кажутся ближе к истине. В действительности, даже при Нови, Суворов поручил генералу Цаху и полковнику Вейротеру подготовить один за другим два плана движения на Геную. Первому, касавшемуся всех союзных войск, австрийский генеральный штаб противопоставил формальное veto: распоряжения, полученные им из Вены, не согласовались с такого рода операцией; сам главнокомандующий имел тоже распоряжения, предписывавшие ему выделить 10 000 человек для умирения Тосканы и Романьи, другими словами – для подчинения их Австрии. Суворов еще не оставил своего замысла. Он пойдет на Геную с одними своими русскими! Но сейчас же австрийское интендантство, в свою очередь, встало ему поперек дороги: оно не могло собрать в достаточном количестве продовольствия и необходимых мулов.