Третья эскадра, Чичагова, шесть кораблей, пять фрегатов и четыре транспорта, перевезла часть русских войск, предназначенных для Голландской экспедиции, и приняла участие в задержании голландского флота.
Эскадра Ушакова, шесть линейных кораблей, три фрегата и три вестовых судна с 1700 человек войска, соединилась в августе 1798 года в Дарданеллах с турецкой эскадрой, состоявшей из четырех кораблей, шести фрегатов и десяти канонерских лодок, поступивших под начальство русского адмирала.
В этот момент, после Абукира (1 августа 1798 г.), англичане держались в Средиземном море, блокируя Александрию и Мальту и охраняя королей Сардинского и Сицилийского, из которых один продолжал укрываться в Кальяри, а другой в Палермо. Ушакову было поручено прогнать французов с Ионических островов, а затем оказать вооруженную помощь Англии для восстановления власти королей Сардинского и Неаполитанского и папы.
Гений Питта осуществлял здесь одну из самых странных комбинаций, когда-либо встречавшихся в истории: войска православного царя, соединенные с солдатами преемника Магомета, должны были трудиться над возвращением главе католичества областей, отнятых у него старшей дочерью его Церкви!
Ушаков блестяще выполнил первую половину своей задачи. Острова Чериго, Занте и Санта-Маура были взяты с 28 сентября по 5 ноября 1798 года, к великой радости Павла, который щедро осыпал почестями и наградами победителей. После более упорного сопротивления сдался и Корфу, 19 февраля 1799 года. Но, желая тогда поддержать в южной Италии дело, так победоносно начатое Суворовым на севере, Ушаков натолкнулся на нерасположение и австрийцев, и англичан.
Направив корпус Ребиндера к Неаполю, фельдмаршал предписал Ушакову блокировать Анкону, откуда французы могли беспокоить австрийские транспорты при переправе их через Адриатическое море. Со своей стороны. Неаполитанский король послал на остров Корфу с просьбой о помощи.
Русский адмирал сформировал два отряда, из которых один, с капитаном Сорокиным во главе, отправился к берегам Терра д’Отранто, а другой, под начальством вице-адмирала Пустошкина, подошел к восточному берегу Апеннинского полуострова севернее, около Анконы.
Когда Сорокин приближался к Бриндизи, французский гарнизон обратился в бегство. Первые успехи Суворова уже давали себя чувствовать. Высадив на берег 600 человек с 6 орудиями, капитан продолжал триумфальное плавание к северу, в то время как высаженный им небольшой отряд легко овладел Фоджией и направился прямо к Неаполю. Он вступил в город 9 июня во главе милиции, пришедшей с кардиналом Руффо. Но вскоре прибыл на рейд Нельсон с семнадцатью кораблями и королем, которого он привез из Сицилии, и русские стали играть уже второстепенную роль, чем гордость Павла не желала довольствоваться.
В сентябре 1799 года стало хуже. Появившись тоже у Палермо, Ушаков намеревался атаковать Мальту, как того требовали от него настоятельные распоряжения из Петербурга. Англичане этому воспротивились, дав понять, что присутствие русского адмирала в Средиземном море им так же неприятно, как продолжительное пребывание Суворова в Северной Италии неприятно австрийцам. Ушаков великодушно предложил свое содействие для взятия Рима и быстро переправил туда часть десанта. Но англичане, опередив его в Чивита-Веккии, заставили 27 сентября французский гарнизон сдаться на капитуляцию и овладели крепостью. Неаполитанцы получили на свою долю Рим, русские – ничего.
В это время под Анконой, за неимением в достаточном числе десанта, Пустошкин был вынужден блокировать город, защищаемый 3000 частью французских, частью цизальпийских войск, под начальством генерала Монье. Только в октябре, с прибытием Фрелиха и 8000 австрийцев, он получил необходимое подкрепление. Но тотчас же, потребовав себе все права главнокомандующего, австрийский генерал совершенно вытеснил русского адмирала, и 13 ноября (новый стиль) подписал вместе с Монье капитуляцию, которая, передавая город одним австрийцам, запрещала даже вход в него русским и туркам!