Согласно Привилею, в учебную программу университета обязательно включались славянский, латинский и греческий языки, все основные гражданские и духовные науки, начиная от грамматики, поэтики, риторики, математики, астрономии, геометрии, диалектики, логики - до метафизики, этики и богословия. По примеру других университетов Европы в Москве должны были изучаться светская и церковная юриспруденция, медицина „и прочие все свободные науки, ими же целость Академии… составляется".
„Не подобает верным прельщаться через философию", - утверждали „мудроборцы". Русским, по их мнению, вполне достаточно начальной школы на греческом языке и с греческими учителями, чтобы правильно понимать и переводить православную церковную литературу с Востока, а не „забавляться около физики и философии". Нет, отвечал Медведев, россияне во всем могут и должны иметь свое разумение. Именно национальная наука и высшее образование для всех, желающих приобщиться к „свободным мудростям", есть источник силы и славы государства. Только собственными учеными людьми, только знанием „все царства благочинное расположение, и твердое защищение, и великое распространение приобретают!"
Автор Привилея, готовившийся стать ректором первого московского университета, но вынужденный оказаться вновь жалким беглецом, скрывающимся от врагов в далеком Бизюкове монастыре, понимал, что не политические его взгляды, а именно конфликт с „мудроборцами" стал причиной жестоких преследований. Еще не зная, сколь страшные обвинения будут ему предъявлены, еще до того, как следственная комиссия в Троице начала стряпать „заговор Шакловитого и Медведева", Сильвестр понял, что судьба его решена. Патриарх Иоаким, посланный Софьей в Троице-Сергиев монастырь для мирных переговоров с ее братом Петром, явственно выступил на стороне „петровцев", оказался среди победителей. Его вклад в ниспровержение правительства регентства был столь велик, что ему не составляло никакого труда испросить у царя головы своих противников. Медведеву оставалось только бегство.
Достаточно хорошо представляя методы „мудроборцев", Сильвестр, по его собственным словам, из Москвы „побежал августа против 31 числа от страха: опасался того, что святейший патриарх так же бы великому государю на него каких слов не принес". Этот мотив - страх перед патриархом - подтверждают и другие участники событий. Действительно, клеветнические обвинения против Медведева были добыты розыскной комиссией в Троице только 30 - 31 августа, и знать об их содержании глава Заиконоспасского монастыря не мог. Ловить его начали только через день после бегства, 1 сентября.
Заблаговременное бегство обвиняемого его противники, разумеется, максимально использовали. Розыскная комиссия постаралась представить это как признание им своей вины, то есть что „он, Сенька, ведая свое воровство, с Москвы побежал". „Мудроборцы", по обыкновению, пошли еще дальше, яркими красками живописуя в своих сочинениях картины злодейских замыслов: „Злоковарники, - по их словам, - мыслящие кровь невинную пролить, видя свою злобу и лесть от Бога обличенную и явленную, врозь предались бегству. Тогда Медведев с некими единомышленниками своими, солгав церкви православной в вере, царскому же пресветлому величеству изменив, как прежний лжемонах расстрига Гришка Отрепьев, побежал в Польское государство, желая ничего иного, только смущение воздвигнуть, и на православную нашу веру восточного благочестия брань возставить от римского костела, и всему благочестивейшему Российскому царству некое зло сотворить". „Бежал в Польское государство ради измены и смущения между государствами'' - коротко суммировано в другом мудрооорческом трактате [24].
Обвинения эти характеризуют более противников Медведева, чем его самого. Первоначально Сильвестр с сопровождающими его стрельцами Гладким и Стрижовым, певчим Лаврентием Бурмистровым и его братом Андреем, Михаилом Тульским и двумя работниками поехал в принадлежавшее Новодевичьему монастырю сельцо Микулино. Там, в семи верстах от Москвы, он хотел дождаться окончания схватки „в верхах" и явиться после того, как утихнут политические страсти. Но 2 сентября из Заиконоспасского монастыря приехал Сильвестров келейник Арсений с тревожными вестями. Обыск в монастыре, явный гнев патриарха, слух о том, что Медведева разыскивают по обвинению в „заговоре" вместе с Шакловитым, - все это заставило ученого старца искать более надежное убежище.