Как бы то ни было, при всем старании розыскной комиссии быстро состряпать дело о злокозненных, преступных замыслах и деяниях Медведева не удалось. Писатель умело и твердо отверг все обвинения и обошел десятки приготовленных для него капканов. Это никак не могло удовлетворить патриарха. Ознакомившись с протоколом допроса, Иоаким немедленно послал своему казначею Паисию Сийскому указ разобрать ранее опечатанные бумаги Медведева на разных языках - и буде их немного, прислать все в Троицу, а „буде тех писем многое число, и ты бы с книгопечатного двора игуменом Сергием и монахом Иовом, который учится в греческой школе, все, что есть, пересмотрели - и которые письма явятся приличные к обличению воровства и злоначинательства строителя Селивестра Медведева… и такие письма отобрать особо и… прислать к святейшему патриарху в поход… тотчас!" [45]. Такой приказ проще было отдать, чем исполнить, - ведь у Медведева в келье даже на глаз было более тысячи книг и огромное количество рукописей, в том числе писем на разных языках46. Иоаким получил желаемое только к 30-му числу. Работа была выполнена спустя рукава: уж на что подозрительно выглядела заграничная переписка, о которой упоминал сам Сильвестр, и ту патриаршие грамотеи не выделили! Похоже, они вообще не утруждали себя чтением и взяли только то, что бросалось в глаза: печатные картинки, немецкое письмо с голландской подписью и русское письмо со списком каких-то стрельцов. Патриарх в свою очередь поверил своим людям и представил все эти вещи как явное доказательство изменных замыслов Медведева.
30 сентября по присланным материалам Медведеву был устроен допрос - и вновь заплечных дел мастерам не удалось обнаружить в действиях Сильвестра криминала. Медведев подробно рассказал об истории создания политических гравюр в России и за границей „к похвале великой государыне" царевне Софье. Проверяя его слова, розыскная комиссия провела множество допросов причастных к этому делу людей, выяснила все в подробностях. Но результат свидетельствовал против обвинения - он подтверждал, что Медведев совещался с Шакловитым действительно „о рацеях" (подписях к гравюрам, в которых не было ничего предосудительного), а не о политических убийствах, как хотелось доказать следствию. „Не сработали" и письма. Медведев сказал, что „не ведает", как они у него объявились. Список стрельцов не включал фамилий лиц, привлеченных к розыску, а письмо голландского купца розыскная комиссия оказалась не в силах перевести.
Ретивость в изобретении обвинений против ученого старца проявлял не только патриарх. Пришедшие к власти политиканы отрабатывали долг перед Иоакимом добросовестно и со своей стороны подготовили к 30-му числу подробнейшие „вопросные статьи", буквально высасывая из изветов и допросов все, что мало-мальски годилось для обвинения в „измене". Например, из истории с юродивым Ивашкой, присланным Шакловитым для освидетельствования к Медведеву, розыскная комиссия вынесла такой вопрос: „И тот юродивый не раскольник ли, и не для какого ли воровства, умысла и раскола его Федька присылал?" На допросе Сильвестр рассказывал о „смятении" в Москве (подстроенном „петровцами", о чем обвиняемый не знал), в том числе о событиях, о которых только слышал. А почему Медведеву рассказывали об этом „и ему… до того какое дело?" - интересовалась комиссия. Медведев упоминал о совершенно нелепом доносе патриарха царевне Софье, когда хотел объяснить, почему уже давно собирался удалиться в дальний монастырь. Комиссия из этих слов сделала вопрос: „На Дон Селиверстко к казакам писем о возмущении каких не посылал ли?"
Не брезговали следователи и передергиванием, прямым искажением смысла слов свидетелей. Келейник Медведева старец Арсений говорил, что у Сильвестра „умысла… никакого на государское здоровье не слыхал", „а о церкви божией он, Сильвестр, говорил многократно: напрасно-де смутили душу святейшего патриарха приезжие греки; а он, святейший, человек бодрый и добрый, а учился мало и речей богословских не знает" (иными словами, не виноват в ошибке с евхаристией). Арсений особо подчеркнул, что „на святейшего патриарха умысла никакого не бывало и не слыхал". А вот как звучал составленный розыскной комиссией вопрос Медведеву:
- Про него, Сильвестра, старец Арсений сказал, что он, Сильвестр, говорил про святейшего патриарха, что он учился мало и речей богословских не знает. И он, Сильвестр, для чего такие непристойные слова про него, святейшего патриарха, говорил?
Далее из слов Арсения комиссия сделала вывод, „что у Сильвестра противность церкви и святейшему патриарху. А какая противность, про то ведает он, Сильвестр?"