Таких сведений было достаточно, чтобы сыскной отряд капитана Артемия Непоставова нагрянул в подмосковные вотчины думного дьяка. Оцепив деревню Дрозжино, сыщики перевернули вверх дном дворы Домнина и его крестьян. Ничего не найдя, капитан Непоставов под угрозой смертной казни допытывался у крестьян, были ли здесь Медведев и его спутники, давно ли были и куда попрятались?! Не имея приказа о дальнейших действиях, но желая, как говорилось в инструкции, „порадеть и службу свою ему, великому государю, показать", Непоставов 7 сентября обыскал еще села Козмодемьянское, Ермолино и Михайловское. Тем временем особая воинская команда скакала в Москву, чтобы самого Домнина „взять и привезть к великому государю в Троицкой Сергиев монастырь тотчас. А дорогою, - гласил указ, - везти бережно и осторожно, за крепким караулом". Что и было исполнено. 10 сентября неожиданно взятый в собственном доме и доставленный в Троицу, думный дьяк вынужден был оправдываться за свое знакомство с Медведевым. Он сумел уверить грозную розыскную комиссию, что весь сентябрь не виделся с Сильвестром, не укрывал ни его ни его вещей,.и лошади ему никакой никогда не давывал". Так оно и было, но за случайно павшее на него подозрение будущий видный сподвижник Петра I поплатился отправкой в службу на далекий Терек.
Неудача с Домниным не привела в уныние розыскную комиссию, ибо она уже напала на след Медведева. Патриарху Иоакиму удалось выяснить, что Сильвестр со своим келейником объявлялся в Донском монастыре, бывший архимандрит которого, Никон, как раз собирался ехать на богомолье в Севск. Было установлено, что „с тем бывшим архимандритом Никоном поехал вор [*], и изменник, и всякого зла начинатель бывший Спасского монастыря, что за Иконным рядом, строитель чернец Сильверстко, что бывал в мире Сенька Медведев, с келейником своим с чернецом же Арсенкою". В погоню за Никоном и его спутниками был брошен отряд капитана московских стрельцов Михаила Данилова. Он должен был стать на след у Донского монастыря, далее „ехать в погоню до Севеска наскоро и дорогою про них разведывать всякими мерами: где, кто их видел и сколь давно проехали?"
[* Вор - по терминологии XVII века, государственный преступник (в отличие от татя - вора в современном смысле).]
Начальство в Троице полагало, что Медведев будет пытаться уйти из Севска за границу. В последнем случае бравый капитан должен был „ехать из Севеска и в другие места, где их догнать мочно, чтоб их кончав в даль не упустить". Но Сильвестр мог устремиться и на родину - в Курск. Тогда и погоне следовало повернуть к Курску. Престарелого Никона, как возможного соучастника, велено было схватить и заточить до времени в каком-нибудь монастыре, а Медведева с Арсением спешно везти в Троицу „с великим бережением, чтобы они с дороги не ушли и над собою и над стрельцами (!) какого дурна не учинили". Получив сыскную память, проезжую грамоту и подорожную, капитан Данилов умчался, однако ожидаемых от него подвигов не совершил.
Маленький обоз Никона настиг за Калугой отряд пятидесятника московских стрельцов Михаила Косого. Ворвавшись ночью на монастырский гостиный двор, сыщики избили и связали архимандрита Никона и его старого знакомого, бывшего дьякона царской дворцовой церкви Якова Яблонского, ехавшего на Украину „к матери своей родной, ко вдове Анне Тимофеевой дочери, для свидания с нею". Не найдя Медведева, лихие стрельцы ограбили задержанных, а Яблонского в качестве трофея приволокли к Троице-Сергиеву монастырю. При всем желании розыскная комиссия не могла найти криминала в поведении и прежней жизни Яблонского, уехавшего из столицы с высочайшего разрешения. После допроса он был отпущен и даже спас некоторую часть своего имущества (не считая денег и ценностей, уже поделенных между собой сыщиками).
Судьба Никона и других его спутников не установлена. Следствие не тратило на них чернил: выяснилось, что след Медведева вновь утерян. Старец оказался хорошим конспиратором. Он вовремя покинул обоз Донского архимандрита и успешно боролся со сверхмощным сыскным аппаратом.
Между тем все увеличивающееся число капитанов и стрельцов в полном вооружении скакало по дорогам страны в погоне за призраком. Только полковник Семеновского полка стольник Кривков выслал на сыскные работы трех пятидесятников и восемь десятников с людьми. По городам на площадях, по уездам на торж-ках, в селах и деревнях звенели крики глашатаев-биричей, читавших указ „о ворах и о бунтовщиках о Федьке Шакловитом и единомышленнике его о старце Селиверстке Медведеве". Население призывалось к ловле беглецов из Москвы, воеводы впадали в азарт.