Используя свой незаурядный ораторский талант, обманув восставших „милостью" и „кротостью", царевна Софья сумела вывезти царскую семью в село Коломенское. Между тем Шакловитый уже скрытно вел сбор дворянского ополчения. 2 сентября 1682 года царский двор бежал из Коломенского и, „странным путем" переезжая с места на место, вырвался из-под контроля восставших: теперь они уже не могли проводить свои решения от имени государей. 3 сентября была объявлена мобилизация дворянства на борьбу с „бунтовщиками". Главнокомандующим правительственной армией стал князь Голицын, который в течение нескольких недель поставил под ружье более 100 тысяч человек. Но крутой поворот в царских грамотах - от похвал восставшим как защитникам престола до объявления их „ворами и изменниками" - требовал объяснения. Совершенно необходимо было скрыть и тот позорный для правительства факт, что оно более двух месяцев вынуждено было выполнять указания „невегласов-мужиков". Наконец, в Москве оставался небезызвестный Иван Андреевич Хованский по прозванию Тараруй (Болтун), который в самое критическое время возглавил Стрелецкий приказ и служил своего рода „буфером" между восставшими и Кремлем. Боярин Хованский настолько вошел в роль „отца" своих „детушек"-стрельцов, что нередко кричал на бояр, требуя внимания к их „просьбишкам", стремился (как того требовал и инстинкт самосохранения) выполнять желания восставших даже при неодобрении их Боярской думой. Популярный в Москве Хованский становился опасен. Мы до сих пор не знаем, мог ли Хованский стать вождем восставших при ином повороте событий. Однако оставаясь в Москве, откуда бежало практически все дворянство, он придавал действиям восставших некоторую легальность. Софья и Шакловитый нашли выход из ситуации характерными для придворной борьбы средствами. Неизвестно откуда на имя царевны поступил донос, обвинявший Хованского и его сыновей в организации Московского восстания, стремлении захватить всю власть в государстве и даже воцариться на московском престоле. Он был датирован 2 сентября. До 14 сентября правительство заигрывало с боярином, посылая ему лестные грамоты и приглашая приехать ко двору. 17 сентября обманутый Хованский с сыном Андреем был схвачен на дороге, привезен в село Воздвиженское и немедленно казнен как государственный изменник.
Козел отпущения был найден. Народное восстание стало считаться в официальной пропаганде следствием злоковарного заговора Хованских. Цели восставших, их успехи, сам факт народного восстания удалось скрыть надолго, на столетия. В тот же день, 17 сентября, царевна Софья праздновала день своего ангела. Ее чествовал весь двор. Цари и придворные „в объяринных и цветных кафтанах" изволили отстоять в селе Воздвиженском, недалеко от залитой кровью Хованского, его сына и их товарищей плахи, „божественную литургию". „А после божественной литургии в хоромах… София Алексеевна изволила бояр, и окольничих, и думных людей жаловать водкой".
Однако пропагандистская победа еще не давала победы над восставшими. Младшему сыну Хованского и некоторым другим удалось бежать. Лесами и болотами, избегая дорожных застав, они пробирались в столицу. Вести о казни вызвали настоящий взрыв. Государственные арсеналы были вскрыты, столица ощетинилась стволами мушкетов и пищалей, орудия были подняты на крепостные валы, раздавались призывы к походу на истребление бояр. Паника охватила при этих известиях все многочисленное дворянское воинство. Царский двор спешно укрылся за толстыми стенами Троице-Сер-гиева монастыря, но даже и там царедворцы, располагавшие в несколько раз более многочисленной армией, не чувствовали себя спокойно. По свидетельству очевидца, многие при дворе готовы были капитулировать, приняв самые тяжелые условия московских стрельцов, солдат и горожан.
И вновь царевне Софье удалось успокоить двор, Голицыну - привести в порядок войска, Шакловитому - наладить канцелярскую работу. Сложнейшими дипломатическими маневрами, подкупом и лестью, угрозами и обещаниями правительство регентства сумело сначала разделить восставших, а затем навязать им перемирие. Шаг за шагом правительству удалось заставить восставших отказаться от наиболее опасных для феодального государства требований, пока в октябре двор в окружении многочисленных войск не смог вернуться в Москву. Одно из крупнейших городских восстаний закончилось миром.