Вместо казней стрельцам и солдатам было выплачено вознаграждение за „раскаяние", причем вина за восстание в значительной степени переложена на Хованских. Это произошло уже в ноябре, когда положение правительства регентства стало критическим: большинство вернувшейся из бегов Боярской думы хотело избавиться от него, выступая за царя Петра. Однако народ, поставивший на царство Ивана, оставался еще грозной силой. Волнения утихли (хотя отдельные вспышки возникали и позже), но возможность нового восстания как домоклов меч висела над головами „верхов". Правительство регентства удержалось. Без него было не обойтись. Назначенный в Стрелецкий приказ Шакловитый воплощал в жизнь обширнейшую программу „перебора" полков, по одному выводимых из столицы и заменяемых тщательно проверенными „верными" частями. Софья укрепляла свои позиции во дворце и к лету 1686 года получила все формальные признаки регентши при двух царях, она даже стала писать свое имя в царском титуле5. Голицын вытеснял из государственного аппарата родовитую знать, заменяя ее деловыми и преданными ему людьми. Немало внимания правительство уделяло городскому торгово-промышленному населению, были уточнены меры веса и длины, изданы „Новоторговые статьи" и расширен Новоторговый устав, принят новый тариф за перевозки. Во избежание возмущений народа приходилось немало делать для упорядочения управления и суда.
Крупные успехи были достигнуты на внешнеполитической арене.
Период регентства (1682 - 1689 годы), когда сама расстановка социальных сил вынудила „верхи" временно отказаться от „закручивания гаек" (или, по крайней мере, делать это замаскированно и осторожно), стал яркой страницей в истории России. Вот как писал о нем один из образованнейших русских людей того времени, видный сподвижник Петра I князь Борис Иванович Куракин: „Правление царевны Софьи началось со всякою прилежностью и правосудием и ко удовольствию народному, так что никогда такого мудрого правления в Российском государстве не было; и все государство пришло во время ее правления через семь лет в цвет великого богатства, также умножились коммерция и ремесла, и науки почали быть латинского и греческого языка… и торжествовала тогда вольность народная".
Действительно, торговля и промышленность процветали, по всей стране широко развернулось каменное строительство (в одной Москве тогда построены были тысячи каменных зданий), крупные шаги сделала литература (и особенно поэзия), живопись и музыка, к слову Москвы внимательно прислушивалась вся Европа, налицо было множество признаков прогресса страны. Но восторженные оценки „милостивого" правления царевны Софьи, Голицына и Шакловитого в немалой мере стали следствием крутого поворота политического курса в 1689 году, после формального прихода к власти Петра (в действительности вплоть до смерти царицы Наталии Кирилловны в 1694 году он не был допущен к делам государственного правления). Воспользовавшись результатами укрепления идеологического и карательного аппарата самодержавия в период регентства, реакция перешла в решительное наступление на последние народные „вольности". Тогда „не стало" „ни в чем-де путного рассмотрения", сетовали горожане; тогда разобщенные и ослабленные стрельцы возмечтали о возвращении былых времен, а передовые представители „верхов" вынуждены были констатировать: „Правление оной царицы Наталии Кирилловны было весьма непорядочное, и недовольное народу, и обидимое. И в то время началось неправое правление от судей, и мздоимство великое, и кража государственная, которая доныне продолжается со умножением…"6 Такой разворот событий, безусловно, способствовал идеализации правительства регентства, которое, в сущности, преследовало те же цели, что и предыдущие, и последующие, а в борьбе за власть проявляло аналогичную неразборчивость в средствах.
Чем больших успехов добивалось правительство регентства во внутренней и внешней политике, чем более укрепляло оно феодальное абсолютистское государство, тем менее необходимым представлялось оно „верхам", спешившим перейти к новому „закручиванию гаек", обогащению и возвышению за счет унижения народа. Чем больше власти приобретали Софья, Голицын и Шакловитый, тем больше у них становилось врагов и меньше единства в собственных рядах.
Стремясь удержаться на гребне успеха, царевна Софья приказала Шакловитому начать подготовку к венчанию ее царским венцом. Шакловитый через верных людей среди стрелецких командиров уже подобрал „представителей народа" для подачи об этом прошения, но дело получило огласку и вызвало такое сопротивление при дворе, что сама царевна сочла за благо повременить с коронацией. Даже Голицын, который в это время как главнокомандующий находился в военном походе, получив шифровку из Москвы, „писал, что тому делу удивляется и насилу пришел в память, что то дело необычайное". Утверждение Софьи на царском престоле сделало бы ее в значительной степени независимой от тесного союза с Голицыным и другими придворными.