Такие распоряжения были немедленно посланы с нарочным — есаулом Н. Мартыновым. Завойко получил их своевременно и сумел организовать дело таким образом, что весь гарнизон Петропавловска еще до начала навигации был погружен на корабли, которые по пропиленным во льду каналам, буквально под носом у крейсировавшей у берегов Камчатки англо-французской эскадры совершили смелый и дерзкий переход в устье Амура. Благодаря стараниям Невельского войска и гражданские лица смогли разместиться в Мариинском посту и в Николаевске. Часть войск осталась в гавани Де-Кастри и успешно отразила атаку пришедших сюда кораблей противника.
Еще раньше, чем были отданы распоряжения об эвакуации Петропавловска, Муравьев писал Завойко, чтобы тот всеми силами укреплял город и порт, и обещал ему, что весной по Амуру тронется второй сплав. Генерал-губернатор решил построить 60 новых плашкоутов и новый пароход. Предстояло перебросить к устью Амура сто тысяч пудов муки, пятьсот голов скота, артиллерийские орудия и не менее двадцати тысяч пудов боевых припасов, доставить туда определенное количество войск и — самое интересное — взять первых крестьян-переселенцев для размещения их на левом берегу Амура. Последним делом занимался юный князь М.С. Волконский. Готовили сплав Корсаков, Шарубин, Сеславин. Казакевича в августе 1854 года Муравьев отправил в командировку в США, чтобы закупить там три парохода и различное оборудование для устройства мастерских и "пароходного завода" в Николаевске. И все это предстояло проделать в течение нескольких месяцев.
Между тем Петербург чествовал защитников Петропавловска, восторгался умением и прозорливостью Завойко и Муравьева. Биограф Муравьева писал: "Итак, не спрашивая даже предварительного разрешения государя, Н.Н. Муравьев решился оставить Петропавловск и перевести эскадру и все учреждения на Амур. Вследствие такой замечательной находчивости неприятель, как мы увидим; далее, был чрезвычайно озадачен, не найдя нашей эскадры ни у берегов Камчатки, ни у берегов Татарского пролива. Это действие ярко обрисовывает характер Муравьева, который, зная хорошо государя Николая Павловича, осмелился, не спросившись его, взять на свою ответственность такую важную меру, как бросить на произвол судьбы целую страну, чтобы спасти то, что должно было спасти. Это решение его можно назвать поистине геройским".
Так думали многие. Но сам-то Муравьев хорошо знал, что это все ложь. Однако признать во всеуслышание правду было выше генеральских сил. Гораздо легче оказалось убрать подальше тех, кто осмелился перечить ему. И он начал изгонять людей, благодаря которым нажил немалую долю своего авторитета и популярности. Сначала вынужден был уйти Зарин, его правая рука в Иркутске, теперь Муравьев стал проявлять неудовольствие по отношению к Запольскому, им же самим выдвинутому на пост губернатора Забайкалья и атамана тамошнего казачьего войска. А затем наступила очередь Невельского. 25 февраля 1855 года в письме к Корсакову генерал-губернатор выразил резкое недовольство тем, что Невельской осмелился строить батарею не там, где показал Муравьев, а на другом месте. И вывод, как выстрел: "Он оказывается так же вреден, как и атаман: вот к чему ведет честных людей излишнее самолюбие и эгоизм!" К чину контр-адмирала своевольный офицер был уже представлен. Так что теперь, не теряя лица, можно было спокойно обдумать и способ избавиться от него.
Но пока еще Геннадий Иванович был нужен. Второй сплав состоял из трех отрядов, или отделений. В апреле 1855 года они начали свое плавание по Шилке и Амуру. С первым отделением, которое возглавлял сам Муравьев, на 26 баржах было доставлено основное продовольствие и часть войск. Второе отделение под руководством полковника Назимова состояло из 64 барж со 150-пудовыми крепостными орудиями — самая тяжелая и самая хлопотливая часть сплава, замедлявшая его продвижение частыми посадками на мель. Третье, порученное М.С. Волконскому, включало 35 барж, на которых располагались первые русские поселенцы на Амуре — иркутские и забайкальские крестьяне. Им предстояло освоить земли на левом берегу реки между Мариинском и Николаевском. И действительно, летом тут возникли пять русских сел, или, как еще их тут называли, станиц: Иркутское, Богородское, Михайловское, Ново-Михайловское и Сергиевское. Всего переселилось 51 семейство, общей численностью 481 человек. Со сплавом следовала и экспедиция Сибирского отдела Русского географического общества во главе с натуралистом Р.К. Мааком.