В эту дружную семью молодых энтузиастов-единомышленников, горячо любящих науку, входили совсем еще молодые тогда Хороших, Дебец, Герасимов, Попов, Сосновский, Ксенофонтов, Ходукин, ставшие позднее крупными учеными — антропологами, археологами, этнографами.
В 1926 году, когда Алексею Окладникову было восемнадцать лет, в записках студенческого кружка краеведения выходит его первая научная статья о неолитических стоянках на Верхней Лене — обобщение наблюдений и сборов в школьные годы. В этом же году, по поручению Петри, он выезжает в первую самостоятельную научную экспедицию в низовье реки Селенги на территорию Кабанского района. Экспедиция оказалась на редкость удачной — в окрестностях Кабанска, около деревень Бильчир и Нюки, а также в окрестностях Фофанова он нашел ряд никому не известных археологических памятников, проливающих новый свет на практически неизученные вопросы истории и быта племен позднего неолита и ранней эпохи бронзового века, живших в этом районе три-четыре тысячи лет назад. В последующем находки были обобщены и опубликованы в двух журнальных статьях. Но Окладникова постоянно влекло на Лену, в родные места, которые он часто с тоской вспоминал длинными зимними ночами в Иркутске.
Лена! Вот тот район, где находятся еще неведомые богатства неолитической культуры, где можно отыскать новые могильники каменного века, не менее, а то и более важные для доистории Сибири, чем прославленный Глазковский, открытый на Ангаре иркутским краеведом-археологом Михаилом Павловичем Овчинниковым. К такому выводу пришел Окладников после раскопок в верховьях Лены на Хабсагайском холме.
И еще важнее был другой вывод: в каменных кладках, открытых на Хабсагайском холме молодым ученым, наука получила драгоценную путеводную нить, надежный ориентир, который повел последующие поколения археологов к подземным сокровищам. Сколько раз, быть может, археологи ходили раньше над захороненными в земле костяками с их богатым погребальным снаряжением, но не могли об этом догадаться. Ведь не могут же они видеть "сквозь землю". А такие колдовские приборы, которые могли бы показать спрятанные на глубине хотя бы даже десяти-пятнадцати сантиметров нефритовые топоры и черепа неолитических охотников и рыболовов, и сейчас еще не изобретены.
Так началась охота Окладникова за погребениями и стоянками первобытного человека. Но уже и в то время он проявляет большой интерес к этнографии народов Сибири и их фольклору, заселению Сибири русскими и формируется как историк широкого кругозора. Этому способствовала и его работа в музее — заведующим этнографическим отделом.
Внимание молодого ученого привлекают архивные материалы конца XV — начала XVIII веков, связанные с общественно-экономической историей Восточной Сибири — прежде всего с историей русского крестьянства и западных бурят Приангарья и Ленского края. На основании чудом сохранившихся документов он пишет подробную историю ленского села Бирюльского. В судьбе столь, казалось бы, неприметного села отразились важные события, связанные с заселением и освоением Сибири русскими, бунтарский дух крестьян, боровшихся против притеснений со стороны властей, становление того специфического душевного склада, который выражается в слове "сибиряки". К сожалению, эта большая работа, оставшаяся незаконченной, была утеряна во время блокады в Ленинграде, и только материалы о западных бурятах Окладников опубликовал в 1937 году в большой монографии "Очерки из истории западных бурят-монголов (XVII–XVIII вв.)".
Каждое лето Окладников выезжает в археологические экспедиции. В постоянных скитаниях по Лене, Ангаре, Селенге молодой археолог все более и более расширял район своих исследований. И каждый год приносил новые удивительные открытия.
Долгие годы верным и надежным спутником в его нелегкой экспедиционной жизни была Вера Дмитриевна Запорожская — жена и опытный, знающий помощник. Она и после смерти мужа ведет важную работу по изданию того, что он не успел опубликовать.
В 1935 году А.П. Окладников поступает в аспирантуру ведущего в то время археологического учреждения страны — Института истории материальной культуры. Научным руководителем у молодого, но уже прошедшего суровую школу сибирской археологии ученого был П.П. Ефименко — известный советский археолог, создатель школы исследователей древнейшего прошлого человечества — палеолита. Окладников полюбил Ленинград всей душой, всем сердцем, полюбил и шумный Невский проспект, где жил долгое время, и Дворцовую набережную, где размещался институт, и пригороды с пушистыми елями и стройными соснами, так напоминавшими ему сибирскую тайгу.