По пути в Иркутск неотложные дела ненадолго задержали губернаторский кортеж в Нижнеудинске. Быстро расправившись с обнаруженными здесь беспорядками, Муравьев появился в столице Восточной Сибири, где его с тревогой ожидали власть имущие. Стояла ночь. Была середина марта. Буквально на следующий день, ровно в девять часов утра Николай Николаевич приступил к делам. В числе первых он принял иркутского губернатора Л.В. Пятницкого, который до его приезда "исправлял должность" (обычная формулировка того времени) генерал-губернатора Восточной Сибири. Еще по дороге Муравьв убедился в его недобросовестности и прямом участии в махинациях золотопромышленников и первыми же словами приказал немедленно подать прошение об отставке.
А в десять часов состоялся общий прием, на котором и произошла уже описанная сцена с Мангазеевым. В последующие дни новый генерал-губернатор произвел строевой смотр войскам, побывал в присутственных местах и казенных заведениях. Основное же время уходило на разбор многочисленных, порой запутанных дел по управлению краем. Людей честных, преданных делу и бескорыстных, Муравьев всячески поддерживал и приближал к себе, доверял, продвигал по службе. Но, доверяя, присматривался к каждому их шагу. И требовал безоговорочного выполнения его распоряжений, его воли, допуская инициативу лишь в рамках собственных своих предначертаний. Если же кто-либо осмеливался перечить ему, критиковать его действия или приказы, тем более делал это не раз и не два, то такому чиновнику в лучшем случае была обеспечена почетная отставка. Впрочем, все эти черты характера не были чертами самодура, но скорее свидетельством натуры пылкой, а потому и нетерпеливой. Благожелательность к людям, свойственная Муравьеву, не раз отмечалась его современниками. С полюбившимися ему сотрудниками он не расставался. И даже после отъезда из Иркутска всегда их поддерживал.
После того как были приняты радикальные, как казалось Муравьеву, меры по пресечению злоупотреблений на золотых приисках, он уже 25 марта 1848 года докладывал Царю (тот перед отправлением разрешил в нужных случаях писать лично ему), что как "старший блюститель законов и первый защитник казны" будет стоять и впредь "на страже интересов его величества" и всеми силами бороться с "корыстью и любостяжанием".
Беригард Васильевич Струве — один из немногих чиновников, имевших повседневный доступ к Муравьеву, — вспоминает, что все они с большим нетерпением ожидали Распоряжений относительно того, как вести себя по отношению к декабристам и петрашевцам, многие из которых находились на поселении в Восточной Сибири. Но этот вопрос разрешился как-то сам собой. Хорошо знавший многих участников выступления на Сенатской площади, Муравьев разрешил жившим до того в окрестностях Иркутска декабристам — С.Г. Волконскому, А.А. Быстрицкому, А.В. Поджио, П.А. Муханову, С.П. Трубецкому, А.Н. Сутгофу, В.А. Бесчасному, А.А. Веденяпину и другим — свободный въезд и проживание в сибирской столице. Там уже и в это время постоянно жили жены декабристов М.Н. Волконская и Е.И. Трубецкая. Сын Волконских Михаил учился в местной гимназии, а три дочери Трубецких воспитывались в Иркутском институте благородных девиц.
С приездом Муравьева положение политических ссыльных, преимущественно декабристов, а также петрашевцев и ссыльных поляков, изменилось к лучшему. Сохранилось много свидетельств, что декабристов принимал в своем доме сам генерал-губернатор и что вскоре по прибытии он вместе с женой Екатериной Николаевной навестил семьи Трубецкого и Волконского и собственным примером как бы поощрил на сближение с декабристами людей из своего окружения. Неудивительно поэтому, что декабристы и петрашевцы охотно приняли участие в преобразованиях, проводимых Муравьевым.
Вот что пишет по этому поводу известный советский исследователь П.И. Кабанов: "С момента своего приезда в Иркутск он (Муравьев. — А.А.) установил тесное общение с Волконским, Трубецким, Бестужевым, Горбачевским, даже с Завалишиным. Привлекал многих из них, а также петрашевцев — самого Петрашевского, Львова — к административным делам в Сибири. Разрыв с некоторыми из них (с Завалишиным, Петрашевским, Львовым) объяснялся либо личными мотивами (например, со стороны Завалишина), либо столкновениями на местной почве". И далее: "Министр внутренних дел Бутков в беседе с Буссе заявил, что Муравьев избаловал политических преступников, что генерал-губернатор не должен быть в одном обществе с ними".