Иными словами, Невельскому не разрешалось исследовать лиман и устье Амура. Он должен был только проверить — можно или нельзя переносить порт из Охотска в Константиновский залив. Невельской обо всем этом написал Муравьеву перед выходом в плавание. В Иркутск пришла из Морского штаба и копия полученной им инструкции.
Получив почту от Меншикова и письмо от Невельского, Николай Николаевич — опять-таки через Меншикова — направил на утверждение царя проект собственной инструкции командиру "Байкала", которую просил утвердить и доставить как можно скорее в Иркутск с тем, чтобы отсюда успеть переправить ее в Петропавловск к тому времени, когда там должен появиться транспорт. Одновременно, 14 сентября 1848 года, Муравьев изложил обстановку в Иркутске в письме к министру внутренних дел Л.А. Перовскому. Он сообщал, что по приезде в центр генерал-губернаторства застал там англичанина Гиля, путешествовавшего под видом туриста. Тот уже несколько месяцев находился в Иркутске, сумел втереться во все слои общества и собирал сведения об Амуре и о возможностях плавания по нему.
Муравьев постарался сделать так, чтобы спровадить любопытного англичанина подальше от Амура, рекомендовав ему побывать в Охотске и даже на Камчатке. Летом 1848 года, когда генерал-губернатор отправился в путешествие по Забайкалью, в Иркутске объявился второй "турист", тоже англичанин, некий Остин с супругой. Воспользовавшись данным ему в Петербурге разрешением и не встретив нигде возражений, Остин переправился через Байкал и через Читу прибыл в Нерчинск, где начал строить плоты, намереваясь спускаться по течению Амура.
Только на обратном пути из Кяхты, в Верхнеудинске, Узнал Муравьев об этом "путешественнике". Он немедленно отправил своего адъютанта В.В. Ваганова с приказанием ни под каким видом не допустить исполнения намерений лазутчика. Молодой поручик блестяще исполнил деликатное поручение и вернул "путешествующую" пару в Иркутск. Муравьев писал по этому поводу Перовскому, что англичанам стоит лишь только узнать о том, что "эти места никому не принадлежат" и "они непременно займут Сахалин и устье Амура: это будет делом внезапным, без всяких сношений о том с Россиею, которая однакож лишится всей Сибири, потому что Сибирью владеет тот у кого в руках левый берег и устье Амура". И дальше с горечью и обидой предупреждал министра: "Давно соображения эти занимают меня, давно собираю я сведения об этих важных для России предметах; вдруг, как снег на голову, является Остин в Нерчинск… ему стоит только спуститься по Амуру — и к будущей же весне пара английских пароходов займет Сахалин!"
Не дожидаясь ответа из Петербурга, Николай Николаевич послал Невельскому в Петропавловск свою собственную инструкцию, в которой в качестве наиболее необходимой задачи ставилось подробное описание северной части острова Сахалина (в том, что Сахалин — остров, Муравьев не сомневался) с восточной и западной его стороны; пролива, отделяющего этот остров от материка; лимана и устья Амура и залива великого князя Константина. Генерал-губернатор также извещал мореплавателя, что проект полученной им инструкции выслан на утверждение царя и что, как только документ будет утвержден и вернется в Иркутск, он будет со специальным курьером доставлен ему в Петропавловск.
Правитель Восточной Сибири имел все основания давать от своего имени такую инструкцию, так как был совершенно уверен в окончательном исходе дела в столице. Он беспокоился лишь о том, чтобы утвержденная царем инструкция успела вовремя. Беспокоился не зря: лишь 29 января 1849 года Особый комитет, назначенный по "высочайшему" распоряжению для рассмотрения амурских дел в связи с запиской Муравьева, изложил свое мнение, которое сводилось к необходимости произвести все то, что полагал необходимым восточно-сибирский губернатор. Решения комитета были утверждены царем 8 февраля. Исполнение соответствующих исследований возлагалось на экипаж военного транспорта "Байкал", командиру которого посылались соответствующие инструкции, причем предписывалось "осмотреть сколь возможно тщательнее места близ устья Амура лежащий (берег материка по северную сторону Амура и северную часть острова Сахалина) с главною целию отыскать в сих местах пункт удобной к заселению".