Переговоры были прерваны в связи с открытием военных действий: началась Крымская война. В посланном Путятину 16 января 1854 года предписании великого князя Константина говорилось: "По нынешним обстоятельствам государь император повелевает Вам итти немедленно при первой же возможности в гавань Де-Кастри близ устьев Амура и находиться там со всеми вверенными Вам судами в распоряжении генерал-губернатора Восточной Сибири, от которого получите дальнейшее назначение".
Строптивый Путятин, послав все корабли в соответствии с предписанием, сам с "Палладой" остался в Императорской гавани ожидать генерал-губернатора, который спускался по Амуру и на встречу с которым теперь уже вторично, после свидания с Римским-Корсаковым, спешил Невельской. Адмирал-дипломат был уверен в том, что обороняться от англо-французов нужно именно в Императорской гавани, которая не одного его пленила своеобразием, а в особенности многочисленными бухтами, а потому распорядился строить батареи на берегах бухты Постовой, где располагался Константиновский пост.
Между тем шедший далеко впереди всего сплава пароход "Аргунь" с Муравьевым на борту 12 июня прибыл в Мариинский пост. За неделю до этого по пути Николай Николаевич наметил место для будущего города. На месте слияния Уссури с Амуром он увидел высокий, густо поросший вековым лесом правый берег. "Вот где будет город", — сказал он, указывая рукой на отдельную, выступавшую из общего очертания берега, скалу. И действительно в 1858 году тут был заложен город Хабаровск.
Караван достиг Мариинска 15 июня. А накануне в семи верстах от поста состоялась встреча Муравьева с Невельским. Ни участники встречи, ни современники не оставили подробностей беседы двух главных деятелей той эпохи на Дальнем Востоке, однако совершенно ясно, что разговор был нелицеприятный и откровенный. Невельской получил приказ: сосредоточить все силы Амурской экспедиции в устье Амура, доступ к которому не был известен английским и французским морякам. Муравьев настаивал также на укреплении Петропавловска-Камчатского. Невельской хотя и был против, но безупречно распоряжался отправкой войск и снаряжения на Камчатку. С этой целью от озера Кизи, то есть от Мариинского поста, до гавани Де-Кастри проложили просеку, по которой отправились 350 человек, предназначенных для усиления Камчатского гарнизона. Туда их доставили транспорты "Иртыш" и "Двина" под командой капитана I ранга А. П. Арбузова. Конная казачья сотня и батарея горной артиллерии оставались в Мариинском, а полторы сотни казаков ушли в Николаевский пост.
Муравьев с Невельским прибыли в гавань Де-Кастри I утром 19 июня. Тут их встретили Н.М. Чихачев, Н.В. Буссе и начальник поста Я.И. Купреянов. В.А. Римский-Корсаков доложил о готовности шхуны "Восток". Вот каковы были его впечатления о генерал-губернаторе: "В половине первого показался из северной бухты вельбот, который вскоре пристал к берегу. Из него бодрою поступью выскочил на берег человек небольшого роста, крепкого сложения, с лицом, которое с первого взгляда мне не понравилось. Ласково приветствовал он Буссе, Чихачева, Купреянова, ожидавших его вместе со мною на берегу, и, приняв мой рапорт, протянул руку. Таково было мое первое свидание с этим замечательным человеком, который своими энергическими и дальновидными распоряжениями в короткое время двинул Сибирь во всех отношениях так, что заставил всю Россию обратить на нее внимание.
В доме начальника поста немедленно состоялся совет, на котором и было принято решение шхуне идти в Императорскую гавань, "Двине" и "Иртышу" с десантом — Я в Петропавловск, "Байкалу" — в Аян. Тут же приняли решение и о том, как оборонять Приамурье и Петропавловск. 20 июня рано утром "Восток" отправился в путь. Его командир отметил в своем дневнике любопытные черточки характера Муравьева: "Он бойко поздоровался с командою, и приветствие его ясно показало, что он умеет говорить с солдатом… Генерал весь день был очень разговорчив, весел и любезен. Он хорошо рассказывает, логически доказывает и в обращении очень прост, свободен и привлекателен. В разговорах касательно войны он выказывает пылкий и, даже можно назвать, мечтательный патриотизм и большую уверенность в храбрость и искусство русских войск. Это в нем доходит до пренебрежения к таким войскам, как английские и французские. Он немало путешествовал в последнее время по Европе, преимущественно по Франции и Испании, и рассказы его об этом приятно слушать".