Франклин Рузвельт часто шутил по поводу власти супруги в Белом доме. Как-то он сказал одному из собеседников: «Никогда не начинай спорить с Элеонорой, ты не сумеешь победить». Он всегда выслушивал жену с большим интересом и уважением.
Мира Гатин пишет: «Элеонора Рузвельт имела на решения президента гораздо большее влияние, чем какая-либо другая Первая леди до нее. Она входила в правительство мужа, часто была его совестью, особенно что касалось „новых дел“».
Рузвельт назначил 28 женщин на высокие посты в правительстве, многих по инициативе Элеоноры. Американский публицист Артур Крок писал, что в 1940 году Элеонора сама могла бы бороться за президентство. Другой публицист, Раймонд Клаппер, в 1941 году причислил Элеонору к десяти самым влиятельным личностям в Вашингтоне и утверждал, что она фактически является министром без портфеля в кабинете Рузвельта.
На Ялтинскую конференцию Рузвельт приехал с дочерью Энн. Черчилля тоже сопровождала дочь. Все время переговоров Элеонора постоянно держала его в курсе событий в Вашингтоне. Из Ялты она получила от Рузвельта прекрасное, нежное письмо.
После его возвращения Элеонора высказала сомнения, правильно ли ее муж поступил, не настаивая на независимости Эстонии, Латвии и Литвы. На подобные упреки Рузвельт ответил встречным вопросом: «А сколько американцев готовы вести войну за освобождение Эстонии, Латвии и Литвы?», и аргументированно доказал, что на конференции был достигнут наиболее возможный компромисс.
В апреле 1945 года Элеонора находилась в одном из магазинов Вашингтона, когда по телефону потребовали, чтобы она немедленно вернулась в Белый дом. Причину не называли, но было ясно, что случилось «что-то ужасное». Франклин Делано Рузвельт в это время отдыхал в Уорм-Спрингс, где у него произошло кровоизлияние в мозг, и не приходя в сознание он умер.
Когда Элеоноре сообщили эту печальную весть, она сказала: «Я больше сочувствую нашей стране и всему миру, чем себе».
Вице-президента Гарри Трумэна вызвали из Капитолия в Белый дом. Элеонора, положив руку ему на плечо, сказала: «Гарри, президента больше нет». Некоторое мгновение Трумэн не мог произнести ни слова. Потом тихо спросил Элеонору, что он может сделать для нее. «Можем ли мы что-либо сделать для тебя? — ответила она вопросом. — Тебе предстоят большие трудности». Четырем сыновьям, находящимся на различных фронтах, Элеонора послала одинаковые телеграммы: «Мои дорогие. Сегодня пополудни отец ушел от нас. Он до конца выполнил свой долг, и вы должны поступать так же».
Когда она приехала в Уорм-Спрингс, чтобы доставить мужа в Вашингтон, ее ожидал новый удар. Она узнала, что его прежняя любовница, Люси Мэсер Рутерфорд, теперь уже женщина средних лет, но еще достаточно привлекательная, в момент смерти мужа была у него.
Кроме этого, ей сообщили, что в ее отсутствие Энн приглашала Люси в Белый дом. Этого она никогда не простила дочери, их отношения стали натянутыми. Рузвельт умер, когда позировал художнице Элизабет Саммер. Как жест великодушия Элеонора отослала портрет Люси.
В своих мемуарах «Это я помню», опубликованных в 1949 году, Элеонора довольно равнодушно пишет о смерти мужа и о его человеческих слабостях. По ее мнению, человека, с которым живешь, нужно принимать таким, какой он есть. Это было, по всей видимости, следствием неверности мужа.
В 1974 году Эллиот Рузвельт опубликовал книгу, в которой утверждал, что фригидность матери толкнула отца сначала в объятия Люси, а потом — к Маргарет Ле Хэнд, красивой секретарше, работавшей в Белом доме, которую называли «Мисси». Другой сын Рузвельта, Джеймс, в своей книге, вышедшей в 1976 году, хотя и соглашается с братом, но сомневается, что парализованный отец был способен на интимные отношения. По его мнению, романы с Люси и Мисси носили скорее платонический характер. Общество молодых, красивых женщин могло успокаивать его, расслаблять после тягот государственных дел. Франклин Делано Рузвельт, подобно Вудро Вильсону, ценил общество женщин.