Кеннеди начал подготовку к выборам 1964 года. Осенью 1963 года он планировал поездку в Техас. «Ты поедешь со мной в Техас в следующем месяце?» — спросил он жену. — «Конечно, Джек», — не задумываясь ответила она. В Техасе их встретили радушно, повсюду слышались возгласы: «Жеки! Жеки!» После ее приветствия на испанском языке ей устроили овацию. Когда в Форт-Уорсе Кеннеди как-то вышел из отеля один, толпа спросила его: «А где Жеки?» Президент ответил, что она еще одевается: «Ей же больше времени нужно, чем мне, поэтому она и выглядит лучше меня».
Узнав, что в Далласе прекрасная погода, он поехал в открытом автомобиле, чтобы «все в Техасе видели, какая красивая у меня Жеки».
Джона Ф. Кеннеди убили прямо на глазах у Жаклин. В этой удивительно трудной ситуации она сумела сохранить достоинство. Большое впечатление произвел на всех фильм, снятый случайным свидетелем, который запечатлел ее в этот ужасный момент. Трогательны и фотографии ее платья, забрызганного кровью президента.
В госпитале Парклэнд-Мемориал в Далласе ее вначале не допускали в операционный зал. Благодаря вмешательству личного врача президента она находилась около мужа, когда его сердце перестало биться. Тело президента положили в гроб, и она надела ему на палец свое обручальное кольцо. Возвращаясь из Далласа в Вашингтон самолетом, она все время сидела у гроба. Когда Линдон Б. Джонсон в том же самолете приносил присягу, Жаклин стояла рядом в розовом костюме, забрызганном кровью мужа. «Хочу, чтобы люди увидели, что сделали с Джеком», — сказала она Линдону Б. Джонсону.
Жаклин следила за приготовлениями к церемонии погребения мужа. Они должны были напоминать похороны Авраама Линкольна, первого президента США, которого убили.
По ее желанию на могиле Кеннеди на кладбище в Арлингтоне горит вечный огонь как символ вечной жизни, она сама зажгла его.
На похороны приехали представители многих стран мира, среди них были Шарль де Голль, японский премьер-министр Хайато Икеда, принц Филипп из Англии, ирландский президент де Валера, эфиопский император Хайле Селассие.
После траурной церемонии Жаклин поблагодарила по телевидению всех, кто выразил ей соболезнование.
Через четырнадцать дней после смерти мужа она покинула Белый дом. В спальне Линкольна, которую они занимали, над камином прикрепила доску с надписью: «В этой комнате жил Джон Фицджеральд Кеннеди с супругой Жаклин во время пребывания на посту президента Соединенных Штатов два года, десять месяцев и два дня». По указанию Пат Никсон эту доску впоследствии сняли.
После смерти мужа Жеки жила в Джорджтауне и посвятила себя воспитанию детей. Перед домом постоянно собирались толпы зевак, поэтому она продала дом и переехала в Нью-Йорк. Осенью 1964 года поселилась в большом особняке на Пятой Авеню.
11 декабря 1963 года в конгрессе был принят указ о содержании вдовы Кеннеди, согласно которому на 50 000 долларов она могла содержать бюро и необходимый персонал, ей возместили расходы на погребение. Кроме этого, она стала получать ежегодную ренту в 10 000 долларов, которая предусматривалась пожизненно в случае, если вдова не выйдет замуж во второй раз. Вдова президента имела также право на бесплатные почтовые отправления. В первые два года после смерти мужа ей и детям была предоставлена личная охрана.
Даже оставив Белый дом, Жаклин пользовалась большой популярностью. На президентских выборах 1964 года говорили, что она могла бы выставить свою кандидатуру. Было много предложений: добиваться должности в сенате, поехать послом в какую-либо страну, стать публицистом или телекомментатором, но все эти предложения она решительно отклонила.
Жаклин старалась сохранить память о муже и создать о нем легенду. Она уговорила президента Линдона Б. Джонсона переименовать американский центр космических полетов мыс Канаверал в «мыс Кеннеди», но в 1973 году мысу вернули его первоначальное название. Имя Кеннеди было присвоено центру космических исследований. В 1979 году состоялось торжественное открытие Библиотеки президента Кеннеди в Вашингтоне.
Когда в 1968 году брат Кеннеди, Роберт, решил: бороться за пост президента, Жеки воскликнула: «Это же великолепно! Мы снова вернемся в Белый дом». «Кого ты имеешь в виду под этим „мы“?» — ледяным тоном спросила Этель, жена Роберта. В июне 1968 года Роберта Кеннеди убили. Жеки, которая любила его, поспешила в Калифорнию, чтобы быть рядом. После этой трагедии она захотела покинуть Соединенные Штаты. «Ненавижу эту страну», — откровенно говорила она после похорон Роберта Кеннеди. «Презираю Америку и не хочу, чтобы мои дети здесь жили. Если здесь убивают Кеннеди, то мои дети станут следующей мишенью. Хочу уехать из этой страны».