Вероятно, это и послужило одной из причин, по которой она, к удивлению и разочарованию американцев, открыто объявила о помолвке с крупным греческим судовладельцем Аристотелем Сократом Онассисом. Свадьба состоялась 20 октября 1968 года на острове Скопелос, у побережья Греции, и была торжественно отпразднована по греко-ортодоксальному обычаю. Жеки было тогда 38 лет, Онассису — 61.
Это бракосочетание с греческим мультимиллионером широкая общественность восприняла отрицательно, считая, что Жаклин должна была дольше скорбеть о первом муже. Ее многолетние сотрудники, забыв о лояльности и правилах хорошего тона, начали распространять удивительные истории о совместной работе с Жаклин Кеннеди. Когда Жеки поведала одному из друзей, что намеревается выйти замуж за Аристотеля Онассиса, он ответил ей: «Но Жеки, этим браком ты сама столкнешь себя с пьедестала». «Лучше упасть, чем остаться стоять на этом пьедестале в камне», — ответила она.
Детей она оставила в Нью-Йорке, сохранив за собой квартиру. Многие считали, что это брак по расчету, а не по любви, даже подсчитывали, сколько Жаклин получит от этого брака. Ее друзья пытались встать на ее сторону, объясняя, что Жеки всегда чувствовала влечение к пожилым мужчинам, доказывали, что дома ей привили основной жизненный принцип: замуж нужно выходить за богатого. Жаклин много потеряла в глазах общественности.
В 1971 году, впервые после смерти Джона Кеннеди, она посетила Белый дом. Ее пригласила Пат Никсон посмотреть новые портреты Кеннеди и ее самой, которые должны были развесить в Белом доме.
Гармоничная вначале жизнь с Онассисом вскоре была нарушена скандалом из-за расходов Жаклин. Сын Онассиса погиб в автокатастрофе, и он выразил сожаление о том, что не женился на более молодой женщине, которая еще могла бы подарить ему наследника. Его здоровье ухудшалось, и после очередной размолвки он изменил завещание, уменьшив долю Жаклин в наследстве. Вначале она должна была после его смерти получить 100 миллионов долларов, теперь ей причиталось всего лишь 200 000 долларов в год.
В конце жизни Онассис даже хотел расторгнуть брак. 15 марта 1975 года он умер в возрасте 68 лет, когда Жаклин была у детей в Нью-Йорке. Ее упрекали в том, что во время болезни она не ухаживала за мужем. После похорон Жаклин сделала следующее публичное заявление: «Аристотель Онассис спас меня в тот момент, когда все вокруг было погружено во мрак. Он слишком много значил для меня. Он открыл мне дверь в мир, где можно найти счастье и любовь. Мы пережили много прекрасных незабываемых минут, за них я ему всегда буду благодарна».
Жаклин возбудила процесс против Кристины, дочери Аристотеля Онассиса, за наследство. В конце концов ей присудили 20 миллионов долларов.
В 1975 году Жеки вернулась в Нью-Йорк и начала работать редактором «Викинг Пресс». В 1977 году издательство опубликовало рассказ об убийстве Кеннеди, который она не могла одобрить, поэтому оставила работу.
В 1978 году была принята на работу в крупное издательство «Даублдей» и участвовала в акциях по спасению памятников архитектуры в Нью-Йорке.
Она следила за фигурой, регулярно занималась гимнастикой, консультировалась у психиатра. Чаще всего в это время ее видели в обществе богатого коммерсанта Мориса Темпельсмана, владельца алмазных копей в Южной Африке.
Постоянно жила в Нью-Йорке и избегала любого внимания к своей персоне. Один из ее друзей сказал как-то: «Она не хочет запомниться людям как супруга президента Соединенных Штатов или одного из самых богатых мужчин мира. Она хочет быть такой, какая есть, самой собой. Конечно, она тщеславна и не хочет стоять в тени, хочет играть в обществе важную роль». Однажды на вопрос, что самое важное ею сделано в жизни, она скромно ответила: «Что после всего, что я пережила, я все еще нахожусь в здравом уме и твердой памяти».
28 июня 1989 года Жеки отметила свое 60-летие. Она избегала всех средств массовой информации, хотя о ней было достаточно слухов, как о звезде Голливуда. «Чувствую себя наиболее счастливой, когда я одна», — часто говорила она.
В апреле 1993 года впервые за три десятилетия Жаклин дала интервью прессе. В беседе с редактором «Публикации недели» рассказывала подробности своей 15-летней деятельности в издательстве «Даублдей». Еще во время учебы она специализировалась по литературе, всегда охотно и много читала, любила свою работу, которая дала ей возможность познакомиться со многими писателями. Жаклин Кеннеди-Онассис редактировала многие бестселлеры, среди них книга Била Мойерса под названием «Здоровье и память» и автобиография «Мои беседы» Майкла Джексона.