Вернувшись в Преображенское, Петр бросился упрашивать мать отпустить его пожить в Переславле. Наталья Кирилловна сперва только удивилась. В Переславль? Зачем? Но, услышав, что он собирается строить там корабли, разволновалась не на шутку. Святая Богородица, он утонет! Строить корабли — что за блажь! На что они ему? Верно, немцы надоумили неразумное дитя… Нет, ни за что! Она изведется тут от страха за него… Петр подбежал к ней, обнял, зацеловал. Пусть матушка отпустит его, ну пожалуйста, иначе он умрет от тоски. Ничего плохого с ним не случится, ведь он не сможет плавать по озеру, пока не готовы корабли, а строят их на берегу, на суше… Его умоляющие глаза были неотразимы. Наталья Кирилловна, прослезившись, дала добро на поездку.
На этот раз вместе с Петром и Брандтом поехали товарищ Брандта, Корт — другой строитель «Орла», и дворцовые плотники. Кроме того, пришлось согласиться на присутствие целой оравы стольников и спальников, которым Наталья Кирилловна наказала беречь царя пуще глаза. Расставаясь с сыном, царица надела ему на шею образок и заклинала всеми святыми почаще слать ей с проклятого озера грамотки в утешение.
Новое увлечение Петра осталось без внимания со стороны Софьи. Пусть прешпурхский царь балуется, думала она, пусть колобродит, авось уходит себя.
Царевна была поглощена другими событиями. В Православной церкви внезапно разгорелся спор о времени пресуществления святых даров. Зачинщиками его были греческие монахи братья Лихуды, приглашенные преподавать в Славяно-Греко-Латинскую академию. Под влиянием киевских монахов и переведенных католических книг на Руси распространилось мнение, что на литургии чудо пресуществления совершается после того, как священник зачитывает слова Христа, с которыми Он раздал ученикам хлеб и вино во время Тайной вечери. Но Лихуды противопоставили этому мнению традицию греческой церкви. Согласно ей пресуществление происходит в конце молитвы о ниспослании Святого Духа на Святые Дары. Авторитет греческой церкви был чрезвычайно силен среди русских иерархов. Патриарх Иоаким поддержал и одобрил братьев Лихуд. Здесь он впал в ту же ошибку, что и патриарх Никон, принявший новогреческие обряды, возникшие в Константинопольской церкви в XIV веке, за истинное, «неиспорченное» православие.
Чисто церковный спор взволновал, однако, и массу мирян. Раны, нанесенные расколом русскому обществу, еще кровоточили. Не только старообрядцы, но и многие православные увидели в попытке патриарха Иоакима заменить старорусский обычай новогреческим повторение событий тридцатилетней давности. Князь Голицын открыто заявлял, что дивится патриаршей дурости. Хотя сам вопрос представлялся ему несущественным, но он опасался возникновения внутренних неурядиц накануне нового похода против татар. Впрочем, ни он, ни Софья не желали раздражать патриарха и готовы были подчиниться его решению. Однако, против их воли, дело дошло до жестокой ссоры, виновниками которой стали Шакловитый и справщик Печатного двора Сильвестр Медведев.
Медведев был земляком и другом Федора Леонтьевича; вместе с ним служил когда-то подьячим в Тайном приказе. Позже, приняв постриг, он сблизился с Симеоном Полоцким. Воспитателю царских детей понравился образованный, начитанный монах, и он взял его к себе в Заиконоспасский монастырь. Здесь Медведев познакомился с Федором Алексеевичем, бывшим тогда еще царевичем; впоследствии став царем, Федор собственноручно переписывался с ним. Со смертью Симеона Полоцкого отец Сильвестр занял его место возле Софьи в качестве духовного учителя и собеседника. Особое расположение и доверие царевны он заслужил после того, как преподнес ей сочиненное им похвальное слово ее правлению, где, помимо прочего, полностью отрицал какое-либо ее участие в стрелецком мятеже и убийствах бояр. Обремененный изрядной польско-греко-латинской ученостью, Медведев презирал патриарха Иоакима, который не мог похвастаться большой образованностью. Мысленно отец Сильвестр примеривал на себя патриарший куколь. Разговоры, которые вела с ним Софья о своем венчании с Голицыным, подогревали эту надежду.
Теперь Медведев, конечно, не захотел упустить случай посрамить патриарха на богословской ниве. Он выступил в защиту устоявшегося мнения, против братьев Лихуд и Иоакима. Стороны обменялись несколькими бранчливыми и грубыми памфлетами. Спор достиг такой остроты, что для его разрешения потребовался авторитетный посредник. Было решено обратиться к киевским ученым старцам. Из Москвы к гетману Мазепе отправили несколько возов богословских книг с просьбой передать их в Киево-Печерскую лавру для проверки и справы.