Не избежала допроса и царевна Софья, правда, без пыток. В Новодевичий монастырь Петр прибыл не один, он захватил с собой пятисотенного Артюшку Маслова и стрельца Ваську Игнатьева, а также их письменные показания с признанием, что главари движения получили письмо от Софьи.
Петр не встречался с сестрой в течение девяти лет, то есть с того дня, когда она была заточена в монастырь после событий 1689 года. Жизнь царевны в монастырской келье в эти годы не отличалась суровым режимом – Софья имела возможность общаться с внешним миром, располагала прислугой, получала от родственников подарки к столу. В этих деталях проявлялся тоже характер Петра – он не мстил своим поверженным противникам, утрачивал к ним всякий интерес. Безразличие к их судьбам можно проследить не только на примере Софьи, но, как увидим ниже, и на примере первой супруги, постриженной в монахини, но при попустительстве властей продолжавшей вести светскую жизнь.
При встрече брата и сестры столкнулись два одинаково сильных и непреклонных характера. Ни к примирению сторон, ни к раскаянию обвиняемой встреча не привела. Не помогла и очная ставка царевны с привезенными братом стрельцами. Софья, зная, что в распоряжении Петра нет прямой улики в виде письма, упорно отрицала какие-либо связи со стрельцами. Можно догадываться, что объяснение было бурным, насыщенным драматизмом, вспышками гнева, упреками, взаимной ненавистью, причем собеседники находились не в равном положении – один выступал в роли обвинителя, другому надо было парировать обвинения, изощренно защищаться. Протокольная запись этого разговора выдержана в эпически спокойном тоне: в ответ на обвинение Петра «царевна Софья Алексеевна ему, государю, сказала: „такого де письма, которое явилось в розыску от ней, царевны, в те стрелецкие полки не посылывано, а что де те ж стрельцы говорят, что, пришед было им к Москве звать ее, царевну, по-прежнему в правительство, и то де не по письму от нее, а знатно по тому, что она со 190 года (т. е. с 1682) была в правительстве“». Привезенные Петром свидетели говорили о другом. Они утверждали, что в полках было прочтено письмо, переданное Софьей через нищую. Софья решительно отклонила это обвинение: «А она, царевна, ему, государю сказала: „такова де письма она, царевна, чрез нищую ему, Ваське, не отдавывала и его, Васьки, и Артюшки и Васьки Игнатьева не знает“».
Допросы другой своей сестры тоже вел сам Петр. Царевна Марфа Алексеевна, часто общавшаяся с Софьей, обвинялась в том, что служила посредницей между нею и стрельцами, что именно через нее старшая сестра переправила письмо к стрельцам. Марфа Алексеевна призналась лишь в том, что она сообщила Софье известие о приходе в Москву беглых стрельцов, однако обвинение в передаче письма упорно отрицала.
Еще не было закончено следствие, а уже приступили к казням. Первая партия стрельцов общей численностью в 201 человек подверглась казни 30 сентября. Кортеж из десятков телег, на каждой из которых сидели по два стрельца с зажженными восковыми свечами в руках, медленно двигался из Преображенского в Москву. У Покровских ворот в присутствии Петра, высших сановников и иностранных дипломатов стрельцам зачитали царский приговор о предании «воров и изменников и крестопреступников и бунтовщиков» смертной казни. Осужденных развезли по разным районам столицы, все они были повешены.
Следующая массовая казнь состоялась 11 октября. На этот раз стрельцов вешали не только на специально сооруженных виселицах, но и на бревнах, вставленных в бойницы Белого города. Вся группа казненных, а их насчитывалось 144 человека, не подвергалась розыску. Стрельцов казнили за то, что они служили в одном из четырех полков, участвовавших в мятеже.
В общей сложности в конце сентября и в октябре месяцах казням подверглось 799 стрельцов. Более половины из них казнили без предварительных допросов. Сохранена была жизнь только малолетним стрельцам в возрасте от 14 до 20 лет, которых после наказания отправили в ссылку. В казнях принимал участие Петр и его приближенные. Царь выражал недовольство, когда бояре нетвердой рукой, без должной сноровки рубили головы мятежникам.
Столица долгое время находилась под впечатлением массовых казней. Трупы повешенных и колесованных не убирались в течение пяти месяцев. Трое мертвецов мерно раскачивались у окон кельи Сусанны – так назвали царевну Софью после ее пострижения. В руки стрельцов были вложены листы бумаги. Они должны были напоминать монахине о ее письме, адресованном стрельцам.