В конце 1680-х годов, Петр, высокий, здоровый, своевольный и весьма умный молодой человек, становится важной и активной личностью в политической ситуации. В январе 1689 года он женился на Евдокии Лопухиной, молодой дворянке, которая была выбрана для него его матерью и к которой ок никогда не питал никакой привязанности. Он начал выказывать наконец неустойчивый интерес к делам государства и в 1688 году стал посещать заседания боярской Думы, совета помещиков и высокопоставленных должностных лиц, который должен был давать советы правителю. Дальше уже невозможно было утверждать, что он еще не дорос до управления царством. Кроме того, две плохо организованные кампании против Крыма в 1687 и 1689 годах поколебали престиж и самоуверенность режима Софьи. Однако было ясно, что без борьбы она власть не отдаст. Она уже приняла титул самодержицы, демонстративно уравняв себя таким образом непосредственно с Петром и Иваном. В январе 1684 года она организовала брак Ивана с девицей из влиятельной семьи Салтыковых, надеясь, что это может быстро привести к рождению сына и, таким образом, разрушит надежды Петра на восхождение на трон, то есть продлит ее собственную власть. В 1687 году были даже предложения от некоторых из ее сторонников совершить государственный переворот, что сделало бы возможной ее коронацию как правительницы.
К лету 1689 года борьба между Софьей и ее сводным братом становилась неизбежной. После полуночи 7 августа Петр был внезапно разбужен новостью, что стрельцы уже на пути из Москвы, чтобы захватить и уничтожить его. В приступе ужаса он выпрыгнул из своей постели, нашел убежище в близлежащем лесу, где торопливо оделся, а затем для большей безопасности проделал еще около сорока миль, чтобы спрятаться в Троице-Сергиевом монастыре. Почти месяц Нарышкины со своими сторонниками, укрепившись в монастыре, наращивали свои силы. С другой стороны, стрельцы были теперь разделены и неуверены в своей позиции. Постепенно Софья начала терять их поддержку, а наряду с этим и поддержку других сторонников. В начале сентября ее вынудили уйти в Новодевичий женский монастырь за пределы Кремля, предав на суд Петра советников, которые были больше других связаны с ее режимом. Голицын был сослан на дальний север, где он провел четверть века до своей смерти в 1714 году, непрощенный несмотря на постоянные прошения.
Петр, всего лишь семнадцати лет от роду, играл не очень активную роль в этой борьбе. Он скорее был ее символом, центром сплочения одной из противоборствующих сторон, чем реальным участником. Он теперь правил в России без чьих бы то ни было возражений: при самой искренней привязанности к сводному брату, Иван ничего не значил. Но он по-прежнему не управлял, и прежде всего потому, что сам не желал этого. В следующие пять лет управление находилось в руках его матери, женщины посредственных способностей, и ряда традиционно мыслящих бояр. Из них дядя Петра, Лев Нарышкин, и князь Борис Голицын, дальний родственник свергнутого министра Софьи, были наиболее важными. Смена режима принесла во многих отношениях решительную консервативную реакцию, уводившую далеко от подлинной борьбы за прогресс, которая велась при Софье и Голицыне. Иезуиты были почти сразу удалены из России. Когда патриарх Иоаким, сам будучи врагом перемен и иностранцев, умер в марте 1690 года, его преемником стал против воли Петра безграмотный и в высшей степени консервативный Адриан, митрополит Казанский. Российские договоры с внешним миром, особенно с Польшей, стали подвергаться более строгому контролю, чем в 1680-х годах.