Большая часть жизни Пифагора (до сорока или даже пятидесяти шести лет), о которой менее всего известно, была связана с островом Самос, откуда он, возможно, совершал ближние и дальние путешествия. По отцу Пифагор был потомком ионийских колонистов, заселивших остров и центральную часть побережья соседней Малой Азии в XI в. до н.э., по матери же — лелегом (коренные обитатели этой и других островных территорий Эгейского моря). То, что семейные предания уводили родословную в такую глубокую старину, позволяет видеть в Пифагоре человека, связанного с Самосом тесными узами. Профессия отца — резчик драгоценных камней или торговец — указывает на то, что семья Пифагора не принадлежала к крупным землевладельцам, экономическое и политическое могущество которых при жизни Пифагора было сломлено самосским тираном Поликратом. Этот талантливый политик сумел в те годы, когда персы завоёвывали другие ионийские города, создать при поддержке египетского фараона Амасиса островную морскую державу с сильным военным флотом. Все малоазийские ионийские города, кроме Самоса, попали в рабство к персам. Самос же при Поликрате был островом свободы и надежды ионийцев. При дворе Поликрата нашли убежище многие ионийцы, и среди них певец Эроса Анакреонт.
Таковы координаты места и времени, позволяющие ввести самосского мыслителя в реальную социальную и политическую среду, связать его с кардинальными событиями десятилетий, предшествовавших хрестоматийным греко-персидским войнам. Обитателям Афин и Спарты, за которыми пас приучила следить наша школьная память, персидская опасность виделась едва ли осознаваемой угрозой, для ионийцев она была уже пережитой катастрофой.
Самос был отделён от азиатского материка проливом шириной всего в полтора километра и отстоял от главного культурного центра ионийского двенадцатиградья Милета менее чем на полдня пути. Естественно было бы ожидать, что юноша Пифагор должен был быть связан с отцом ионийской философии Фалесом и его учениками Анаксименом и Анаксимандром. Однако, скорее всего, этого не произошло из-за зависимости Милета и других материковых центров Ионии от персов.
Так, Ямблих и Порфирий приводят ряд легенд, связывающих учение Пифагора с Финикией. Ямблих вводит Пифагора в тайные секты Тира, Библа и других городов Финикии, заставляет его посетить храм на горе Кармел. И вряд ли в этом можно увидеть проявление местного патриотизма (Ямблих и Порфирий были сирийцами), поскольку нам хорошо известно, что Финикия была родиной греческого письма и страной высочайшей культуры. Древнейшему финикийскому мудрецу Моху, жизнь которого относили примерно к X в. до н.э., приписывали учение о разделении материи па атомы, развитое впоследствии Демокритом.
Менее доверия, на наш взгляд, заслуживают сведения об обучении Пифагора в Египте. Поскольку Египет считался классической страной мудрости, античные биографы Пифагора не могли устоять перед соблазном сделать его учеником египетских жрецов, тем более что тиран Самоса Поликрат был союзником египетского фараона. Согласно Порфирию Пифагор добился от Поликрата письма к фараону с просьбой рекомендовать его жрецам, и те открыли перед ним свои тайны. Нереальность предлагаемой Порфирием ситуации явствует уже из хронологического несоответствия — в годы прихода Поликрата к власти и дружбы его с Амасисом Пифагор был уже далеко не юношей. К тому же в самом учении Пифагора мы не находим каких-либо характерных для Египта элементов. Учение о переселении душ, составлявшее основу религиозных взглядов Пифагора, египтянам было неизвестно. Распространено оно было в Индии, и Пифагору могло стать известно через халдеев в Финикии или Вавилоне, с которым его также связывают древние биографы, сообщая, что в этом великом городе он провёл двенадцать лет.
Ко времени возвращения Пифагора на Самос после двадцатилетних странствий, о чём говорят все античные биографы, остров находился во власти Поликрата. Диоген Лаэртский и Порфирий утверждали, что именно нежелание находиться под властью тирана вынудило философа покинуть родину и переселиться в италийский Кротон. Однако в такой аргументации следует видеть отношение к факту тирании тех из использованных биографами авторов, которые жили в период поздних тираний, формировавших отрицательное отношение и к ранним тиранам. Между тем у Пифагора вряд ли могло возникнуть негативное отношение. Достаточно вспомнить, что время тирании Поликрата было временем наивысшего экономического и культурного расцвета острова, о чём свидетельствуют и античная традиция, и археология. Па нем были возведены такие описанные Геродотом великие сооружения, как восьмисотметровый тоннель, прорезавший гору, храм Геры, равного которому не было во всём эллинском мире, искусственный волнолом. Они не уступали тем сооружениям, которые впоследствии стали считаться чудесами света. О том, что Пифагор при Поликрате вписался в культурную жизнь острова, свидетельствует сообщение Ямблиха об организации им в городе школы, в которой необеспеченные ученики содержались на его средства, и Порфирия о том, что, кроме училища в самом городе, он приспособил за городской стеной для занятий философией одну из пещер, «где проводил почти все свои дни и ночи, беседуя с друзьями». Утверждению Порфирия о том, что тем не менее Пифагор покидает остров, находя тиранию «слишком суровой, чтобы свободный человек мог её выносить», явно противоречит также отсутствие каких-либо данных о проявлении Поликратом жестокости в период расцвета его власти. Если говорить о «суровости» во время прихода к власти, то она относилась к крупным землевладельцам-аристократам (геоморам), которые были изгнаны с острова с конфискацией земель, превращённых в пастбища. Что касается семьи Пифагора, кем бы ни был его отец — камнерезом или торговцем, — она от политики Поликрата пострадать не могла.